More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_3481 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0929  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  80.22 
 
 
464 aa  766    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.240329 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0881  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  97.39 
 
 
498 aa  989    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1055  sensory box protein  75.59 
 
 
462 aa  739    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3604  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  97.39 
 
 
498 aa  990    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.352008 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3406  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  98.38 
 
 
493 aa  991    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3481  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
488 aa  1005    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  77.57 
 
 
480 aa  759    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.339991  normal  0.187596 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3018  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  84.1 
 
 
475 aa  811    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0894  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  80.31 
 
 
482 aa  766    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.156047 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3376  GGDEF domain-containing protein  60.8 
 
 
480 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  53.11 
 
 
449 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.58 
 
 
1413 aa  211  3e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2963  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.65 
 
 
1251 aa  208  2e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.246733 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4411  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain-containing protein  34.25 
 
 
831 aa  206  7e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.523822  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.76 
 
 
875 aa  199  9e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00996719  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.2 
 
 
874 aa  197  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.89 
 
 
882 aa  196  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.212751  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2637  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.45 
 
 
678 aa  196  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.5465  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.45 
 
 
882 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.04 
 
 
648 aa  195  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.45 
 
 
882 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.45 
 
 
882 aa  194  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  35.62 
 
 
873 aa  194  3e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3598  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.36 
 
 
877 aa  192  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00077  Intracellular signaling protein (GAF,GGDEF,EAL domains)  31.97 
 
 
866 aa  191  4e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.21 
 
 
873 aa  189  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0483164  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  53.18 
 
 
572 aa  187  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4324  GGDEF domain-containing protein  30.98 
 
 
876 aa  187  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0377  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.71 
 
 
876 aa  186  9e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0140415  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.15 
 
 
294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.46 
 
 
876 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.413916  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.09 
 
 
874 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.71 
 
 
876 aa  184  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.02582  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2332  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  39.41 
 
 
884 aa  183  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1611  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.93 
 
 
946 aa  182  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.319418  normal  0.0964053 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.07 
 
 
863 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.213956  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3599  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.6 
 
 
944 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.477673  normal  0.896375 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.17 
 
 
1101 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  34.11 
 
 
862 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.15 
 
 
768 aa  179  7e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2699  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  33.17 
 
 
819 aa  179  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182626  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.91 
 
 
1665 aa  179  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  31.97 
 
 
808 aa  178  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.21 
 
 
844 aa  177  3e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2432  GGDEF  30.2 
 
 
969 aa  177  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00712215 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.05 
 
 
757 aa  176  6e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.54 
 
 
292 aa  173  5.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  0.000000000880766 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.29 
 
 
1109 aa  173  5.999999999999999e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0054  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.43 
 
 
467 aa  172  1e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.11 
 
 
696 aa  172  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.11 
 
 
696 aa  172  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  31.9 
 
 
1494 aa  171  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2297  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  42.36 
 
 
1025 aa  170  5e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.93563  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  49.4 
 
 
523 aa  170  6e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.22 
 
 
947 aa  169  7e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.09 
 
 
705 aa  169  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3089  sensory box protein  46.24 
 
 
858 aa  168  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168178  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.35 
 
 
1094 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.81 
 
 
862 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  46.07 
 
 
432 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1605  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.51 
 
 
688 aa  166  6.9999999999999995e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0013251  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  46.2 
 
 
557 aa  166  8e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3626  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.83 
 
 
840 aa  166  9e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.94 
 
 
568 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2534  sensory box/response regulator  39.74 
 
 
452 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.28 
 
 
1486 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.97 
 
 
965 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  48.47 
 
 
604 aa  164  3e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.93 
 
 
699 aa  164  3e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.65 
 
 
664 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  47.4 
 
 
1515 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  47.09 
 
 
1502 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0030  hypothetical protein  26.88 
 
 
976 aa  163  6e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  48.47 
 
 
892 aa  163  7e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  47.24 
 
 
735 aa  163  7e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  47.24 
 
 
814 aa  163  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.4 
 
 
1504 aa  162  9e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  47.24 
 
 
735 aa  162  9e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.78 
 
 
664 aa  162  9e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  47.85 
 
 
892 aa  162  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.79 
 
 
876 aa  162  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.15 
 
 
860 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.78 
 
 
664 aa  162  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0233  cyclic nucleotide-binding protein  42.6 
 
 
592 aa  162  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000891781  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.94 
 
 
664 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  49.11 
 
 
799 aa  162  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0581  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 
659 aa  161  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1499  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  47.47 
 
 
854 aa  161  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0164548  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  47.24 
 
 
892 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  47.24 
 
 
892 aa  161  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.47 
 
 
827 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.82 
 
 
1504 aa  161  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.51 
 
 
898 aa  162  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.7 
 
 
821 aa  161  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  47.24 
 
 
892 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.43 
 
 
898 aa  161  2e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2227  diguanylate cyclase  47.34 
 
 
803 aa  161  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0876  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.01 
 
 
709 aa  161  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0730078  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.82 
 
 
1505 aa  161  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.72 
 
 
494 aa  161  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.464201 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>