More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1844 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2029  diguanylate cyclase  48.88 
 
 		 932 aa  950    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0571217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  53.05 
 
 		 937 aa  1042    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  48.81 
 
 		 934 aa  917    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  54.54 
 
 		 937 aa  1065    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  54.11 
 
 		 937 aa  1062    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  53.85 
 
 		 928 aa  1058    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  54.43 
 
 		 937 aa  1080    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  53.85 
 
 		 928 aa  1058    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  54.29 
 
 		 912 aa  1066    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  54.07 
 
 		 928 aa  1063    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 932 aa  1909    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  54 
 
 		 937 aa  1061    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2576  diguanylate cyclase  46.32 
 
 		 931 aa  895    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000375627  hitchhiker  0.0011212 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  49.12 
 
 		 941 aa  949    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  46.73 
 
 		 930 aa  868    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  44.81 
 
 		 923 aa  897    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  31.2 
 
 		 955 aa  532  1e-149  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  27.87 
 
 		 775 aa  196  2e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  28.94 
 
 		 483 aa  189  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  29.03 
 
 		 489 aa  188  5e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 482 aa  187  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 482 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  29.12 
 
 		 484 aa  180  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  28.97 
 
 		 507 aa  177  9e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  23.03 
 
 		 935 aa  177  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  29.2 
 
 		 507 aa  177  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  23.74 
 
 		 714 aa  172  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  28.85 
 
 		 488 aa  168  4e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  28.76 
 
 		 778 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  49.72 
 
 		 882 aa  167  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.59 
 
 		 556 aa  167  1.0000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  45.86 
 
 		 921 aa  164  5.0000000000000005e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  44.17 
 
 		 685 aa  162  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.31 
 
 		 1109 aa  162  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.73 
 
 		 761 aa  161  5e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.6 
 
 		 699 aa  161  5e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  44.17 
 
 		 685 aa  161  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.89 
 
 		 1020 aa  160  7e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5660  hypothetical protein  46.86 
 
 		 839 aa  160  8e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.32582 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1767  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48 
 
 		 716 aa  160  9e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00167565  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.09 
 
 		 1006 aa  160  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.26 
 
 		 294 aa  160  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.24 
 
 		 736 aa  159  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.43 
 
 		 821 aa  159  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1605  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.6 
 
 		 688 aa  159  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0013251  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  47.13 
 
 		 759 aa  159  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.09 
 
 		 292 aa  159  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  0.000000000880766 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48 
 
 		 494 aa  158  5.0000000000000005e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 324 aa  157  6e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.14 
 
 		 855 aa  157  6e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 557 aa  157  7e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.82 
 
 		 575 aa  157  7e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  47.16 
 
 		 578 aa  157  7e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  26.79 
 
 		 474 aa  157  7e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.51 
 
 		 929 aa  157  7e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.57 
 
 		 705 aa  157  7e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.2 
 
 		 571 aa  157  8e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  47.7 
 
 		 432 aa  157  8e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  46.39 
 
 		 1006 aa  157  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  44.9 
 
 		 523 aa  157  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0019  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.71 
 
 		 835 aa  157  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.57 
 
 		 862 aa  156  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 572 aa  157  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.73 
 
 		 718 aa  157  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.89 
 
 		 1010 aa  156  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  24.32 
 
 		 464 aa  156  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3261  GGDEF domain-containing protein  49.14 
 
 		 702 aa  156  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.012427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  46.29 
 
 		 1141 aa  156  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3924  sensory box protein  41.24 
 
 		 1086 aa  155  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.53 
 
 		 840 aa  155  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  42.08 
 
 		 523 aa  155  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1641  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.77 
 
 		 755 aa  155  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.130236 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  46.86 
 
 		 1502 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  45.36 
 
 		 862 aa  155  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.59 
 
 		 652 aa  155  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.4 
 
 		 714 aa  155  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.82 
 
 		 1212 aa  155  4e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.59 
 
 		 652 aa  155  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.86 
 
 		 1486 aa  154  5e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3507  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.07 
 
 		 1012 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1688  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 546 aa  154  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3492  diguanylate cyclase  46.59 
 
 		 474 aa  154  8e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.96 
 
 		 891 aa  154  8.999999999999999e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  45.71 
 
 		 799 aa  153  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4985  sensory box protein  44.57 
 
 		 1534 aa  153  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.48 
 
 		 882 aa  153  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.48 
 
 		 882 aa  153  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.63 
 
 		 1064 aa  153  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.83 
 
 		 790 aa  153  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  44.26 
 
 		 1093 aa  152  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.09 
 
 		 450 aa  152  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.48 
 
 		 882 aa  153  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.69 
 
 		 685 aa  152  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.66 
 
 		 805 aa  152  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00432386  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  43.02 
 
 		 792 aa  151  5e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  46.59 
 
 		 712 aa  151  5e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3081  sensory box protein/response regulator  44.2 
 
 		 710 aa  151  5e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.789878  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.84 
 
 		 965 aa  151  5e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.63 
 
 		 1015 aa  151  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.63 
 
 		 1015 aa  151  5e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.595031 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>