More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1888 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  49 
 
 
912 aa  927    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  49.36 
 
 
937 aa  938    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  48.71 
 
 
937 aa  907    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  42.45 
 
 
923 aa  782    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  48.92 
 
 
937 aa  929    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2029  diguanylate cyclase  44.9 
 
 
932 aa  832    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0571217  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  48.54 
 
 
928 aa  939    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  48.54 
 
 
928 aa  937    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  44.02 
 
 
934 aa  813    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  48.71 
 
 
937 aa  927    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  48.11 
 
 
928 aa  931    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  49.41 
 
 
937 aa  942    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  50.43 
 
 
941 aa  999    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2576  diguanylate cyclase  42.66 
 
 
931 aa  787    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000375627  hitchhiker  0.0011212 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  46.73 
 
 
932 aa  867    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
930 aa  1900    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  31.38 
 
 
955 aa  537  1e-151  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  49.14 
 
 
921 aa  166  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.37 
 
 
1289 aa  164  5.0000000000000005e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.4 
 
 
768 aa  163  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  25.84 
 
 
775 aa  163  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  49.4 
 
 
572 aa  163  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  23.8 
 
 
714 aa  162  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.56 
 
 
292 aa  163  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  0.000000000880766 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.89 
 
 
324 aa  160  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.7 
 
 
1027 aa  160  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  25.34 
 
 
464 aa  159  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  40.59 
 
 
685 aa  159  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  46.07 
 
 
557 aa  159  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  40.59 
 
 
685 aa  159  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.71 
 
 
648 aa  158  5.0000000000000005e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.34 
 
 
947 aa  158  5.0000000000000005e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1291  sensory box protein  45 
 
 
284 aa  158  6e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  48.81 
 
 
882 aa  157  8e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  27.52 
 
 
458 aa  157  8e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  47.62 
 
 
944 aa  157  9e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  46.11 
 
 
432 aa  157  9e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.11 
 
 
718 aa  157  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.71 
 
 
693 aa  156  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.26 
 
 
761 aa  155  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  48.21 
 
 
565 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3924  sensory box protein  41.52 
 
 
1086 aa  155  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.65 
 
 
971 aa  155  2.9999999999999998e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00060546  normal  0.0976665 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00077  Intracellular signaling protein (GAF,GGDEF,EAL domains)  50 
 
 
866 aa  155  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.12 
 
 
568 aa  155  4e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.31 
 
 
729 aa  155  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2297  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  48.47 
 
 
1025 aa  154  5.9999999999999996e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.93563  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.83 
 
 
863 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.213956  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.95 
 
 
1665 aa  154  7e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1641  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.81 
 
 
755 aa  154  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.130236 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  47.9 
 
 
799 aa  154  8.999999999999999e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.49 
 
 
685 aa  153  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0508  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.81 
 
 
917 aa  153  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0729931 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 
571 aa  153  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100102  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1622  sensory box protein  41.18 
 
 
1075 aa  152  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  26.22 
 
 
794 aa  153  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.68 
 
 
1514 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0081  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.56 
 
 
804 aa  152  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  45.24 
 
 
1502 aa  153  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  39.33 
 
 
701 aa  152  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.53 
 
 
840 aa  152  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.05 
 
 
1508 aa  152  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  46.99 
 
 
794 aa  152  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.71 
 
 
705 aa  152  3e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.68 
 
 
1514 aa  152  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.05 
 
 
1508 aa  152  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.05 
 
 
1508 aa  152  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.05 
 
 
1508 aa  152  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0495  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.81 
 
 
907 aa  152  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.128556 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.6 
 
 
714 aa  152  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1835  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.93 
 
 
654 aa  151  4e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0773497  normal  0.315507 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.09 
 
 
461 aa  151  5e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.6 
 
 
757 aa  151  5e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.05 
 
 
1504 aa  151  5e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.6 
 
 
693 aa  151  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.45 
 
 
1511 aa  151  6e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.05 
 
 
1505 aa  151  6e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.65 
 
 
1070 aa  151  6e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.05 
 
 
1504 aa  151  6e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.71 
 
 
1144 aa  150  7e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0588  hypothetical protein  48.78 
 
 
903 aa  150  9e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2637  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.78 
 
 
678 aa  150  9e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.5465  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.06 
 
 
1264 aa  150  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.34 
 
 
1275 aa  150  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50.96 
 
 
830 aa  150  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  48.86 
 
 
862 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.64 
 
 
1486 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  46.41 
 
 
523 aa  150  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1265  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.22 
 
 
758 aa  150  1.0000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.44 
 
 
699 aa  150  1.0000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.89 
 
 
876 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.413916  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.85 
 
 
736 aa  150  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  28.79 
 
 
778 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.12 
 
 
855 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0703  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.71 
 
 
703 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.24 
 
 
664 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.32 
 
 
876 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.02582  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3598  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.76 
 
 
877 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0377  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.89 
 
 
876 aa  150  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0140415  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.24 
 
 
664 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>