More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2113 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
955 aa  1962    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  32.88 
 
 
941 aa  546  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  32.45 
 
 
928 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  32.86 
 
 
937 aa  544  1e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  32.45 
 
 
928 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  32.45 
 
 
928 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  32.1 
 
 
937 aa  539  1e-151  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  32.79 
 
 
912 aa  538  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  31.92 
 
 
937 aa  533  1e-150  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  32.1 
 
 
937 aa  535  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  31.06 
 
 
930 aa  526  1e-148  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  31.92 
 
 
937 aa  520  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  30.98 
 
 
932 aa  519  1.0000000000000001e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  31.3 
 
 
923 aa  511  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2576  diguanylate cyclase  30.83 
 
 
931 aa  502  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000375627  hitchhiker  0.0011212 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2029  diguanylate cyclase  31.38 
 
 
932 aa  499  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0571217  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  30.25 
 
 
934 aa  492  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  22.2 
 
 
935 aa  207  6e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  27.67 
 
 
775 aa  184  5.0000000000000004e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  29.89 
 
 
778 aa  178  4e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.3 
 
 
1027 aa  176  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  47.25 
 
 
921 aa  176  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  47.7 
 
 
882 aa  176  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  28.01 
 
 
474 aa  175  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  31.05 
 
 
507 aa  174  9e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.43 
 
 
696 aa  173  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  44.95 
 
 
557 aa  173  1e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.43 
 
 
696 aa  173  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1183  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.3 
 
 
722 aa  173  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  31.45 
 
 
484 aa  171  4e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  45.76 
 
 
1141 aa  171  4e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.02 
 
 
1508 aa  171  8e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.02 
 
 
1508 aa  171  8e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.02 
 
 
1508 aa  171  9e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.02 
 
 
1508 aa  171  9e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.16 
 
 
693 aa  170  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3743  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.43 
 
 
722 aa  170  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.265049 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  31.52 
 
 
507 aa  170  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  46.29 
 
 
578 aa  169  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0689  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.73 
 
 
723 aa  169  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.452404 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.52 
 
 
876 aa  169  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.02 
 
 
890 aa  169  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.89 
 
 
1107 aa  168  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.02 
 
 
862 aa  168  4e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.46 
 
 
1511 aa  168  5e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  25.67 
 
 
458 aa  167  8e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2487  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.45 
 
 
735 aa  167  9e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  39.55 
 
 
523 aa  167  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0987  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.41 
 
 
739 aa  167  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000757549  decreased coverage  0.00276789 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.02 
 
 
821 aa  167  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  45.4 
 
 
432 aa  167  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.32 
 
 
712 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.67 
 
 
1094 aa  167  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.73 
 
 
761 aa  166  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0558  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50 
 
 
683 aa  166  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  46.15 
 
 
572 aa  166  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.33 
 
 
1504 aa  165  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.7 
 
 
768 aa  165  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.33 
 
 
1504 aa  165  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  43.75 
 
 
1006 aa  165  4.0000000000000004e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.33 
 
 
1505 aa  165  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.71 
 
 
652 aa  164  7e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.37 
 
 
757 aa  164  7e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.71 
 
 
652 aa  164  7e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  46.33 
 
 
1515 aa  164  8.000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.45 
 
 
971 aa  164  8.000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00060546  normal  0.0976665 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.02 
 
 
754 aa  164  9e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  49.11 
 
 
449 aa  164  9e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  28.41 
 
 
488 aa  164  9e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.92 
 
 
292 aa  164  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  0.000000000880766 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.7 
 
 
827 aa  164  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.9 
 
 
554 aa  163  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0929  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.11 
 
 
464 aa  163  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.240329 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 
571 aa  163  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100102  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1927  sensory box/response regulator  43.01 
 
 
660 aa  162  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.98 
 
 
819 aa  163  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0216119  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1688  diguanylate cyclase  45.76 
 
 
546 aa  162  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1578  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.93 
 
 
631 aa  162  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3727  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.59 
 
 
748 aa  162  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.08 
 
 
1006 aa  163  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  40.09 
 
 
735 aa  162  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3588  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.33 
 
 
827 aa  163  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0360121 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.39 
 
 
324 aa  162  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.37 
 
 
1109 aa  162  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  45.76 
 
 
1494 aa  162  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  40.09 
 
 
892 aa  162  3e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  40.09 
 
 
892 aa  162  3e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  40.52 
 
 
892 aa  162  3e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.76 
 
 
925 aa  162  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.75 
 
 
714 aa  162  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  40.09 
 
 
892 aa  162  3e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.4 
 
 
480 aa  162  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.339991  normal  0.187596 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.19 
 
 
294 aa  162  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3140  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.16 
 
 
754 aa  162  4e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  44.68 
 
 
799 aa  161  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.26 
 
 
556 aa  161  5e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.33 
 
 
1486 aa  161  5e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  45.45 
 
 
873 aa  161  6e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1055  sensory box protein  47.62 
 
 
462 aa  161  6e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  47.34 
 
 
429 aa  161  6e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>