More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2081 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2029  diguanylate cyclase  51.28 
 
 
932 aa  994    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0571217  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  84.2 
 
 
937 aa  1632    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  49.47 
 
 
934 aa  959    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  77.47 
 
 
912 aa  1459    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  74.71 
 
 
937 aa  1467    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  98.19 
 
 
937 aa  1885    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  47.3 
 
 
923 aa  909    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  76.53 
 
 
928 aa  1471    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  52.17 
 
 
941 aa  1044    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  100 
 
 
937 aa  1915    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  76.43 
 
 
928 aa  1466    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  54.74 
 
 
932 aa  1052    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  48.71 
 
 
930 aa  927    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  76 
 
 
928 aa  1462    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2576  diguanylate cyclase  47.7 
 
 
931 aa  923    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000375627  hitchhiker  0.0011212 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  93.6 
 
 
937 aa  1811    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  31.92 
 
 
955 aa  543  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  28.05 
 
 
775 aa  190  1e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  24.21 
 
 
714 aa  184  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  23.45 
 
 
935 aa  180  9e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  51.41 
 
 
882 aa  176  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  28.1 
 
 
464 aa  173  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.74 
 
 
556 aa  171  8e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  46 
 
 
523 aa  169  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.29 
 
 
292 aa  168  4e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  0.000000000880766 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  47.98 
 
 
944 aa  166  1.0000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  27.23 
 
 
489 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.91 
 
 
761 aa  166  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  50 
 
 
572 aa  166  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  51.12 
 
 
844 aa  165  3e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3924  sensory box protein  44.68 
 
 
1086 aa  165  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  50 
 
 
712 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  28.31 
 
 
482 aa  164  6e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.14 
 
 
821 aa  164  8.000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  48.65 
 
 
862 aa  163  1e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.57 
 
 
458 aa  163  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.79 
 
 
882 aa  163  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.79 
 
 
882 aa  163  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.31 
 
 
768 aa  163  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  27.92 
 
 
483 aa  164  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.79 
 
 
882 aa  163  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0054  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.86 
 
 
467 aa  164  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.79 
 
 
664 aa  163  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.54 
 
 
294 aa  163  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  28.08 
 
 
482 aa  163  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48 
 
 
826 aa  163  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3437  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.13 
 
 
684 aa  163  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.84 
 
 
664 aa  162  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.84 
 
 
664 aa  162  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.29 
 
 
571 aa  162  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100102  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.84 
 
 
664 aa  162  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.89 
 
 
648 aa  162  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  26.21 
 
 
474 aa  161  4e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1291  sensory box protein  41.41 
 
 
284 aa  161  5e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1999  GGDEF domain-containing protein  41.5 
 
 
292 aa  161  5e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.93 
 
 
693 aa  161  6e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.62 
 
 
876 aa  161  6e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.413916  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0377  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.62 
 
 
876 aa  161  6e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0140415  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.56 
 
 
1143 aa  160  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.1 
 
 
876 aa  160  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.02582  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1265  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.95 
 
 
758 aa  160  1e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.15 
 
 
324 aa  160  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.71 
 
 
947 aa  160  1e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1184  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.18 
 
 
738 aa  160  1e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.56 
 
 
1143 aa  160  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.86 
 
 
1508 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.86 
 
 
1508 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.55 
 
 
694 aa  159  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3089  sensory box protein  44.07 
 
 
858 aa  159  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168178  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.86 
 
 
1508 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.86 
 
 
1508 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  28.48 
 
 
778 aa  159  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  46.86 
 
 
799 aa  159  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.06 
 
 
790 aa  159  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  36.1 
 
 
1141 aa  159  3e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.75 
 
 
1109 aa  159  3e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  41.43 
 
 
685 aa  159  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1622  sensory box protein  43.62 
 
 
1075 aa  158  4e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4324  GGDEF domain-containing protein  44.56 
 
 
876 aa  158  4e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.41 
 
 
1006 aa  158  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3261  GGDEF domain-containing protein  45.88 
 
 
702 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.012427  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.21 
 
 
1665 aa  158  5.0000000000000005e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.81 
 
 
1020 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  45.21 
 
 
523 aa  158  6e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2637  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.31 
 
 
678 aa  157  6e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.5465  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3598  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.11 
 
 
877 aa  157  7e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.86 
 
 
1486 aa  157  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.29 
 
 
1511 aa  157  8e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  47.43 
 
 
808 aa  157  8e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.71 
 
 
876 aa  157  8e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  47.34 
 
 
882 aa  157  9e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.212751  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0581  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.88 
 
 
659 aa  157  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.63 
 
 
829 aa  156  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  45.3 
 
 
921 aa  157  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.45 
 
 
696 aa  156  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.45 
 
 
696 aa  156  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  23.28 
 
 
458 aa  157  1e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.72 
 
 
1238 aa  157  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.82 
 
 
652 aa  155  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  47.83 
 
 
780 aa  156  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>