More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2434 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  48.97 
 
 		 934 aa  941    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  85.06 
 
 		 937 aa  1677    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  48.35 
 
 		 923 aa  922    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 937 aa  1920    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  74.7 
 
 		 928 aa  1442    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2576  diguanylate cyclase  47.7 
 
 		 931 aa  933    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000375627  hitchhiker  0.0011212 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  84.31 
 
 		 937 aa  1647    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  73.75 
 
 		 937 aa  1445    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  53.19 
 
 		 941 aa  1023    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  74.81 
 
 		 928 aa  1450    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  54.78 
 
 		 932 aa  1062    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  84.2 
 
 		 937 aa  1644    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2029  diguanylate cyclase  50.11 
 
 		 932 aa  987    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0571217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  74.38 
 
 		 928 aa  1440    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  48.71 
 
 		 930 aa  919    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  75.71 
 
 		 912 aa  1436    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  32.03 
 
 		 955 aa  534  1e-150  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  27.64 
 
 		 775 aa  189  3e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  23.41 
 
 		 714 aa  182  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  22.95 
 
 		 935 aa  179  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  26.42 
 
 		 483 aa  178  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  51.98 
 
 		 882 aa  176  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  26.93 
 
 		 489 aa  175  5e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  27.29 
 
 		 482 aa  172  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.21 
 
 		 556 aa  170  1e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  26.83 
 
 		 482 aa  169  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  46.45 
 
 		 572 aa  167  8e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  29.18 
 
 		 778 aa  166  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  28.01 
 
 		 474 aa  166  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0054  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.4 
 
 		 467 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50.29 
 
 		 821 aa  165  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.69 
 
 		 292 aa  165  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  0.000000000880766 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  49.71 
 
 		 712 aa  164  8.000000000000001e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  44.5 
 
 		 523 aa  164  8.000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.92 
 
 		 768 aa  164  9e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 324 aa  163  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  28.77 
 
 		 507 aa  163  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3924  sensory box protein  40 
 
 		 1086 aa  163  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.16 
 
 		 648 aa  163  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.55 
 
 		 294 aa  162  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3437  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.78 
 
 		 684 aa  162  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3089  sensory box protein  45.45 
 
 		 858 aa  162  4e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168178  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  26.98 
 
 		 507 aa  162  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2637  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50 
 
 		 678 aa  161  7e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.5465  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.76 
 
 		 947 aa  160  9e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.59 
 
 		 826 aa  160  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1291  sensory box protein  40.8 
 
 		 284 aa  160  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.43 
 
 		 458 aa  160  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.75 
 
 		 844 aa  160  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  28.48 
 
 		 488 aa  160  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.43 
 
 		 1486 aa  159  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  28.54 
 
 		 484 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1622  sensory box protein  40.97 
 
 		 1075 aa  159  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.2 
 
 		 714 aa  159  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.02 
 
 		 761 aa  159  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1184  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.37 
 
 		 738 aa  159  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.91 
 
 		 1238 aa  159  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  47.43 
 
 		 1502 aa  159  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  46.24 
 
 		 944 aa  158  4e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  26.44 
 
 		 464 aa  158  4e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.29 
 
 		 1508 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.29 
 
 		 1508 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.22 
 
 		 1020 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2222  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 847 aa  158  5.0000000000000005e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.162543  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.71 
 
 		 1511 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3217  signal transduction protein  43.58 
 
 		 951 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00711667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.4 
 
 		 1289 aa  157  6e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.29 
 
 		 1508 aa  158  6e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.29 
 
 		 1508 aa  157  7e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1999  GGDEF domain-containing protein  41.58 
 
 		 292 aa  157  7e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.99 
 
 		 1143 aa  157  8e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.99 
 
 		 1143 aa  157  9e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  46.02 
 
 		 799 aa  157  1e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  41.35 
 
 		 523 aa  157  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1835  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.35 
 
 		 654 aa  157  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0773497  normal  0.315507 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.89 
 
 		 840 aa  156  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0081  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.2 
 
 		 804 aa  155  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  42.79 
 
 		 685 aa  156  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3507  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.44 
 
 		 1012 aa  155  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.22 
 
 		 1006 aa  156  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.92 
 
 		 693 aa  156  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0064  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.63 
 
 		 803 aa  155  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.59154e-21 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.71 
 
 		 664 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.71 
 
 		 664 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.71 
 
 		 664 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3250  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.07 
 
 		 768 aa  155  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  47.83 
 
 		 565 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.76 
 
 		 1094 aa  155  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.71 
 
 		 664 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.26 
 
 		 882 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.51 
 
 		 450 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.94 
 
 		 953 aa  155  4e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.84 
 
 		 652 aa  155  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.26 
 
 		 882 aa  155  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.84 
 
 		 652 aa  155  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.26 
 
 		 882 aa  155  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  46.3 
 
 		 780 aa  155  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3261  GGDEF domain-containing protein  45.61 
 
 		 702 aa  154  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.012427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 737 aa  154  5e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.88 
 
 		 890 aa  154  5.9999999999999996e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>