More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2576 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  47.66 
 
 
937 aa  900    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  48.48 
 
 
928 aa  918    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  47.59 
 
 
937 aa  910    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  44.42 
 
 
923 aa  836    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  47.7 
 
 
937 aa  918    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  49.4 
 
 
934 aa  937    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  47.7 
 
 
937 aa  915    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  48.81 
 
 
928 aa  922    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  49.67 
 
 
912 aa  922    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  46.41 
 
 
932 aa  875    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2576  diguanylate cyclase  100 
 
 
931 aa  1911    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000375627  hitchhiker  0.0011212 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  47.81 
 
 
937 aa  928    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  48.81 
 
 
928 aa  921    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  46.55 
 
 
941 aa  867    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2029  diguanylate cyclase  59.91 
 
 
932 aa  1145    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0571217  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  42.66 
 
 
930 aa  772    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  30.83 
 
 
955 aa  502  1e-140  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.7 
 
 
294 aa  152  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.22 
 
 
1109 aa  150  7e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  20.63 
 
 
935 aa  149  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0703  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.71 
 
 
703 aa  149  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  24.1 
 
 
775 aa  149  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.82 
 
 
761 aa  147  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  40.68 
 
 
432 aa  145  3e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.26 
 
 
693 aa  145  5e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.9 
 
 
292 aa  144  6e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  0.000000000880766 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  38.07 
 
 
944 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.39 
 
 
689 aa  143  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.91 
 
 
705 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.78 
 
 
876 aa  141  4.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.95 
 
 
768 aa  141  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0946  sensory box/GGDEF family protein  35.23 
 
 
842 aa  141  6e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.38 
 
 
568 aa  141  7e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  32.89 
 
 
799 aa  140  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.51 
 
 
790 aa  140  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2242  diguanylate cyclase  32.73 
 
 
961 aa  140  1e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.031286  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  26.82 
 
 
507 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.48 
 
 
947 aa  139  2e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.95 
 
 
696 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  41.14 
 
 
882 aa  140  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.95 
 
 
696 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  37.2 
 
 
685 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.95 
 
 
971 aa  138  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00060546  normal  0.0976665 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.68 
 
 
736 aa  138  6.0000000000000005e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 
1502 aa  138  6.0000000000000005e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  39.2 
 
 
712 aa  137  7.000000000000001e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0352  hypothetical protein  36.24 
 
 
507 aa  137  7.000000000000001e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  39.66 
 
 
873 aa  137  8e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0329  hypothetical protein  40.57 
 
 
740 aa  137  8e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.76 
 
 
699 aa  137  9e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.29 
 
 
556 aa  137  9.999999999999999e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3089  sensory box protein  38.86 
 
 
858 aa  137  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168178  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  37.2 
 
 
685 aa  137  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  26.48 
 
 
507 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.38 
 
 
695 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  39.44 
 
 
1006 aa  136  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.68 
 
 
571 aa  136  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.9 
 
 
324 aa  136  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2637  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.35 
 
 
678 aa  136  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.5465  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.46 
 
 
659 aa  136  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0537  sensory box/GGDEF family protein  43.43 
 
 
682 aa  135  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.33 
 
 
1143 aa  135  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  40.82 
 
 
557 aa  135  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.57 
 
 
754 aa  135  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3481  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.42 
 
 
488 aa  135  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  38.98 
 
 
572 aa  135  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3406  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.42 
 
 
493 aa  135  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.89 
 
 
1027 aa  135  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.89 
 
 
683 aa  135  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.66 
 
 
860 aa  135  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0881  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.42 
 
 
498 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3604  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.42 
 
 
498 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.352008 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.29 
 
 
571 aa  135  3.9999999999999996e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100102  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.33 
 
 
1143 aa  135  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.45 
 
 
1514 aa  135  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1767  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.02 
 
 
716 aa  135  5e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00167565  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.43 
 
 
1508 aa  134  6e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  26.48 
 
 
484 aa  134  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.43 
 
 
1508 aa  134  6e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.66 
 
 
860 aa  134  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.42 
 
 
689 aa  134  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44 
 
 
1466 aa  134  6e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.57 
 
 
1514 aa  134  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.43 
 
 
1508 aa  134  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  23.09 
 
 
714 aa  134  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.76 
 
 
821 aa  134  6.999999999999999e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.45 
 
 
855 aa  134  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  25.98 
 
 
483 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.43 
 
 
1508 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.01 
 
 
953 aa  134  7.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.01 
 
 
953 aa  134  7.999999999999999e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.24 
 
 
633 aa  134  9e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.27 
 
 
1275 aa  133  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
1066 aa  134  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0010376 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  38.55 
 
 
792 aa  133  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.07 
 
 
714 aa  133  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.62 
 
 
890 aa  133  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  25.75 
 
 
482 aa  133  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
840 aa  132  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  25.46 
 
 
489 aa  132  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>