More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5894 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
689 aa  1395    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  65.34 
 
 
688 aa  867    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  65.04 
 
 
688 aa  865    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  65.19 
 
 
688 aa  866    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  65.34 
 
 
688 aa  867    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.02 
 
 
689 aa  999    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  65.34 
 
 
688 aa  867    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  65.19 
 
 
688 aa  866    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  87.52 
 
 
689 aa  1218    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  49.19 
 
 
685 aa  608  9.999999999999999e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  49.05 
 
 
685 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.93 
 
 
683 aa  600  1e-170  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.9 
 
 
693 aa  593  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  47.14 
 
 
689 aa  590  1e-167  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  48.1 
 
 
687 aa  589  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.1 
 
 
685 aa  586  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  48.24 
 
 
701 aa  581  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.39 
 
 
694 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.93 
 
 
686 aa  575  1.0000000000000001e-162  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4985  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  45.88 
 
 
699 aa  572  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73967  normal  0.0333981 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.51 
 
 
709 aa  569  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.79 
 
 
692 aa  568  1e-160  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  48.05 
 
 
695 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  45.04 
 
 
699 aa  562  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.68 
 
 
695 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.36 
 
 
693 aa  557  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  44.9 
 
 
699 aa  558  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  44.9 
 
 
699 aa  557  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.9 
 
 
695 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  44.75 
 
 
699 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  44.75 
 
 
691 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.36 
 
 
693 aa  553  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.53 
 
 
695 aa  548  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.69 
 
 
716 aa  544  1e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.43 
 
 
710 aa  537  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  44.96 
 
 
703 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  45.01 
 
 
703 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  45.04 
 
 
696 aa  486  1e-136  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  45.04 
 
 
696 aa  486  1e-136  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4349  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.25 
 
 
695 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.967572  normal  0.71364 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.82 
 
 
724 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4239  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.25 
 
 
695 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  38.91 
 
 
678 aa  457  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02603  hypothetical protein  47.87 
 
 
695 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0697753  normal  0.14382 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.67 
 
 
709 aa  439  9.999999999999999e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.94 
 
 
726 aa  423  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  37.43 
 
 
726 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.32 
 
 
760 aa  422  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  37.16 
 
 
785 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.73 
 
 
1508 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.73 
 
 
1508 aa  411  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.73 
 
 
1508 aa  411  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.5 
 
 
1508 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.62 
 
 
1504 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  46.26 
 
 
1515 aa  405  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.62 
 
 
1504 aa  405  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.39 
 
 
1505 aa  404  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.82 
 
 
1511 aa  399  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  46.17 
 
 
1093 aa  395  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.85 
 
 
1466 aa  394  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.62 
 
 
827 aa  392  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.73 
 
 
1486 aa  391  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  34.16 
 
 
756 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.27 
 
 
736 aa  386  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.89 
 
 
947 aa  386  1e-106  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  45.77 
 
 
799 aa  384  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.98 
 
 
860 aa  385  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.22 
 
 
1040 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  44.65 
 
 
1494 aa  381  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.81 
 
 
1037 aa  382  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  46.28 
 
 
1006 aa  379  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  43.79 
 
 
1502 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  42.35 
 
 
921 aa  377  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.93 
 
 
805 aa  377  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00432386  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.14 
 
 
633 aa  377  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2332  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  43.64 
 
 
884 aa  376  1e-103  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.09 
 
 
905 aa  379  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.93 
 
 
1036 aa  377  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4032  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.7 
 
 
1036 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.661545 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.14 
 
 
862 aa  373  1e-102  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.24 
 
 
862 aa  374  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.36 
 
 
962 aa  372  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.68 
 
 
754 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2716  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.16 
 
 
629 aa  374  1e-102  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.01 
 
 
860 aa  375  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.71 
 
 
1107 aa  374  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.01 
 
 
860 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.79 
 
 
712 aa  374  1e-102  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  33.38 
 
 
763 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.82 
 
 
1212 aa  370  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.98 
 
 
754 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.35 
 
 
869 aa  371  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.26 
 
 
890 aa  370  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.24 
 
 
736 aa  372  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0760  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.19 
 
 
1404 aa  370  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.231921  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0461  CBS/GGDEF/EAL domain-containing protein  43.52 
 
 
594 aa  369  1e-100  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2728  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.49 
 
 
858 aa  369  1e-100  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4871  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.16 
 
 
684 aa  366  1e-100  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.92 
 
 
869 aa  369  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.22 
 
 
696 aa  366  1e-100  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>