More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1161 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
754 aa  1533    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  82.1 
 
 
754 aa  1214    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  53.44 
 
 
785 aa  722    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  61.38 
 
 
756 aa  872    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  58.96 
 
 
763 aa  849    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  53.69 
 
 
726 aa  723    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  63.28 
 
 
760 aa  948    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  82.58 
 
 
754 aa  1219    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  81.83 
 
 
754 aa  1205    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.08 
 
 
726 aa  761    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.26 
 
 
685 aa  455  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  39.3 
 
 
687 aa  452  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.13 
 
 
709 aa  450  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  39.71 
 
 
701 aa  449  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  40.12 
 
 
685 aa  444  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  37.87 
 
 
691 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  37.44 
 
 
699 aa  438  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.69 
 
 
694 aa  436  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  37.3 
 
 
699 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  37.44 
 
 
699 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  37.44 
 
 
699 aa  438  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.8 
 
 
693 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  39.53 
 
 
685 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  38.14 
 
 
689 aa  436  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.59 
 
 
693 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.3 
 
 
692 aa  432  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.1 
 
 
683 aa  427  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.81 
 
 
693 aa  427  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  38.05 
 
 
695 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.59 
 
 
695 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.91 
 
 
695 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.91 
 
 
695 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.09 
 
 
710 aa  419  9.999999999999999e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.96 
 
 
686 aa  407  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.13 
 
 
689 aa  397  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.06 
 
 
716 aa  388  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.47 
 
 
947 aa  382  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.73 
 
 
709 aa  382  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  36.8 
 
 
703 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  36.42 
 
 
703 aa  379  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.58 
 
 
855 aa  370  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.49 
 
 
685 aa  371  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.92 
 
 
633 aa  370  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.14 
 
 
876 aa  369  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.48 
 
 
724 aa  372  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2044  sensory box/GGDEF family protein  43.53 
 
 
762 aa  368  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.65 
 
 
1499 aa  367  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.56 
 
 
689 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.15 
 
 
689 aa  365  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  44.13 
 
 
721 aa  364  4e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0537  sensory box/GGDEF family protein  43.95 
 
 
682 aa  363  5.0000000000000005e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  36.87 
 
 
696 aa  363  6e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  36.87 
 
 
696 aa  363  6e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.76 
 
 
1107 aa  363  7.0000000000000005e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  33.38 
 
 
678 aa  363  9e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.13 
 
 
721 aa  362  1e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.63 
 
 
1093 aa  362  2e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.65 
 
 
860 aa  359  9.999999999999999e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.22 
 
 
965 aa  358  2.9999999999999997e-97  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  45.13 
 
 
873 aa  357  5e-97  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  39.73 
 
 
921 aa  357  5e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0019  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.85 
 
 
835 aa  357  5.999999999999999e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  41.46 
 
 
1515 aa  356  8.999999999999999e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.12 
 
 
1508 aa  356  1e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.12 
 
 
1508 aa  355  1e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1592  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.17 
 
 
823 aa  356  1e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000214692  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  42.76 
 
 
1502 aa  356  1e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  34.76 
 
 
688 aa  355  1e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.12 
 
 
1508 aa  355  2e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  34.76 
 
 
688 aa  355  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.12 
 
 
1508 aa  355  2e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03720  sensory box GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 
760 aa  355  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164821 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5660  hypothetical protein  45.28 
 
 
839 aa  354  2.9999999999999997e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.32582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7582  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.26 
 
 
690 aa  353  5e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.961635 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.61 
 
 
688 aa  353  7e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.67 
 
 
1505 aa  353  7e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.61 
 
 
688 aa  353  7e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.61 
 
 
688 aa  353  7e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.61 
 
 
688 aa  353  8e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.2 
 
 
696 aa  353  8.999999999999999e-96  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.2 
 
 
696 aa  353  8.999999999999999e-96  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.3 
 
 
1092 aa  353  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.44 
 
 
1504 aa  352  1e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0876  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.08 
 
 
709 aa  352  2e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0730078  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.75 
 
 
1098 aa  351  3e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  41.89 
 
 
1141 aa  351  4e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1138  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  41.39 
 
 
756 aa  350  4e-95  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0305477  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3572  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.65 
 
 
658 aa  350  4e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.81 
 
 
704 aa  350  5e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  43.28 
 
 
1093 aa  350  5e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.91 
 
 
1466 aa  349  8e-95  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3848  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.29 
 
 
703 aa  349  1e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.343403  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.77 
 
 
1490 aa  348  2e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.982948  hitchhiker  0.0000000550616 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  42.15 
 
 
1055 aa  348  2e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.29 
 
 
1486 aa  348  2e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.09 
 
 
925 aa  348  2e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.73 
 
 
729 aa  348  2e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.75 
 
 
1098 aa  348  2e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0409  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor  40.18 
 
 
925 aa  348  2e-94  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.231334  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.38 
 
 
704 aa  348  2e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00325078 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>