More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3581 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.77 
 
 
694 aa  778    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.17 
 
 
710 aa  693    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  57.96 
 
 
692 aa  764    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
695 aa  1400    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  63.34 
 
 
701 aa  839    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  65.79 
 
 
685 aa  891    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  55.23 
 
 
691 aa  723    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  97.55 
 
 
695 aa  1310    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  99.57 
 
 
695 aa  1396    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  71.14 
 
 
703 aa  934    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  63.01 
 
 
685 aa  827    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.41 
 
 
683 aa  991    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  59.21 
 
 
686 aa  770    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  69.93 
 
 
703 aa  922    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  54.93 
 
 
699 aa  719    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  55.08 
 
 
699 aa  720    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  63.49 
 
 
693 aa  852    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  55.08 
 
 
699 aa  720    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  66.08 
 
 
685 aa  898    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  53.39 
 
 
696 aa  645    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  80.12 
 
 
693 aa  1109    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  92.66 
 
 
695 aa  1254    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  55.08 
 
 
699 aa  720    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  62.59 
 
 
693 aa  844    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  63.2 
 
 
689 aa  867    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  63.53 
 
 
709 aa  862    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  61.66 
 
 
687 aa  823    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  53.39 
 
 
696 aa  645    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.97 
 
 
716 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.06 
 
 
689 aa  580  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.05 
 
 
689 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  45.06 
 
 
678 aa  570  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.75 
 
 
724 aa  559  1e-158  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.81 
 
 
689 aa  556  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.65 
 
 
709 aa  535  1e-151  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  45.89 
 
 
688 aa  532  1e-150  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  45.9 
 
 
688 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  46.03 
 
 
688 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  46.03 
 
 
688 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  45.89 
 
 
688 aa  532  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  45.89 
 
 
688 aa  532  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  41.73 
 
 
785 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  41.24 
 
 
726 aa  486  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.71 
 
 
760 aa  488  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  66.98 
 
 
326 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.57 
 
 
726 aa  451  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4985  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  38.22 
 
 
699 aa  432  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73967  normal  0.0333981 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.32 
 
 
876 aa  429  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  36.25 
 
 
756 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  36 
 
 
763 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50.71 
 
 
585 aa  423  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.61 
 
 
947 aa  420  1e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.88 
 
 
827 aa  414  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.94 
 
 
754 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.08 
 
 
736 aa  411  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.07 
 
 
905 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0803  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.07 
 
 
694 aa  408  1.0000000000000001e-112  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.21 
 
 
633 aa  403  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  48.47 
 
 
792 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.33 
 
 
582 aa  399  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  49.19 
 
 
981 aa  402  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.687258 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  47.45 
 
 
1502 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.62 
 
 
805 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00432386  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.98 
 
 
860 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  49.06 
 
 
799 aa  397  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.39 
 
 
869 aa  399  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.73 
 
 
754 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.34 
 
 
1212 aa  397  1e-109  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.29 
 
 
965 aa  397  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  44.75 
 
 
1055 aa  397  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.49 
 
 
844 aa  396  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.79 
 
 
1037 aa  396  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2332  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  46.7 
 
 
884 aa  394  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.22 
 
 
1063 aa  394  1e-108  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.180042  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.64 
 
 
1093 aa  392  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3588  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.97 
 
 
827 aa  392  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0360121 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.88 
 
 
1486 aa  392  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.71 
 
 
699 aa  395  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  47.13 
 
 
1245 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.19 
 
 
713 aa  395  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00871841 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.69 
 
 
1070 aa  395  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4871  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.07 
 
 
684 aa  392  1e-107  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  45.27 
 
 
721 aa  390  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  44.71 
 
 
873 aa  390  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0672  sensory box protein  44.6 
 
 
1276 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321974  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  36.6 
 
 
754 aa  392  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0704  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.6 
 
 
1276 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.116377  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  45.98 
 
 
829 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.03 
 
 
720 aa  390  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.425295  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.45 
 
 
921 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.79 
 
 
1275 aa  391  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.98 
 
 
925 aa  391  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  47.13 
 
 
1245 aa  391  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.64 
 
 
1499 aa  391  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.6 
 
 
1282 aa  390  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0958088  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.6 
 
 
1276 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.26462  normal  0.0640291 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.11 
 
 
790 aa  392  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.62 
 
 
862 aa  389  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.91 
 
 
1109 aa  389  1e-107  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.73 
 
 
1244 aa  389  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>