More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_7110 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  54.28 
 
 
691 aa  728    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.77 
 
 
695 aa  766    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.55 
 
 
710 aa  722    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  61 
 
 
689 aa  830    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  60.77 
 
 
695 aa  774    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  54.28 
 
 
699 aa  729    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  69.32 
 
 
701 aa  904    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  57.08 
 
 
686 aa  734    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  56.93 
 
 
703 aa  717    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.76 
 
 
683 aa  801    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  57.52 
 
 
703 aa  717    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  54.14 
 
 
699 aa  724    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.77 
 
 
695 aa  773    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  66.86 
 
 
687 aa  885    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.38 
 
 
692 aa  761    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.21 
 
 
693 aa  812    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
694 aa  1394    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  65.79 
 
 
685 aa  889    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  67.5 
 
 
685 aa  880    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  65.64 
 
 
685 aa  888    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  54.43 
 
 
699 aa  731    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.18 
 
 
695 aa  763    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  54.14 
 
 
699 aa  726    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  65.93 
 
 
693 aa  878    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  65.04 
 
 
693 aa  862    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.52 
 
 
709 aa  813    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  46.31 
 
 
678 aa  600  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  51.76 
 
 
696 aa  599  1e-170  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  51.76 
 
 
696 aa  599  1e-170  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.39 
 
 
689 aa  590  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.91 
 
 
689 aa  578  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.92 
 
 
716 aa  570  1e-161  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.38 
 
 
689 aa  569  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.09 
 
 
709 aa  549  1e-155  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  45.77 
 
 
688 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  45.77 
 
 
688 aa  528  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  45.77 
 
 
688 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  45.77 
 
 
688 aa  528  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  45.63 
 
 
688 aa  528  1e-148  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  45.77 
 
 
688 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.8 
 
 
724 aa  521  1e-146  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.4 
 
 
760 aa  478  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  68.93 
 
 
326 aa  459  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  38.99 
 
 
785 aa  450  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  39.42 
 
 
726 aa  450  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4985  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  38.44 
 
 
699 aa  438  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73967  normal  0.0333981 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.46 
 
 
947 aa  431  1e-119  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.45 
 
 
754 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.77 
 
 
726 aa  429  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  39.28 
 
 
754 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.83 
 
 
754 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  49.05 
 
 
1055 aa  420  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  36.53 
 
 
756 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.89 
 
 
1212 aa  418  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.57 
 
 
754 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.36 
 
 
790 aa  410  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0803  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.04 
 
 
694 aa  410  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.85 
 
 
869 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.26 
 
 
585 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.45 
 
 
860 aa  409  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  36.48 
 
 
763 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.87 
 
 
869 aa  405  1e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.18 
 
 
685 aa  404  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.56 
 
 
876 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.24 
 
 
1093 aa  402  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.71 
 
 
740 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.19 
 
 
844 aa  401  9.999999999999999e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.71 
 
 
756 aa  401  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.55 
 
 
981 aa  402  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.687258 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.96 
 
 
1037 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1563  putative integral membrane sensor protein  64.16 
 
 
367 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  35.1 
 
 
694 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  42.34 
 
 
921 aa  396  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.23 
 
 
890 aa  399  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.68 
 
 
925 aa  398  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.18 
 
 
582 aa  397  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.61 
 
 
633 aa  398  1e-109  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.85 
 
 
905 aa  397  1e-109  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.9 
 
 
1063 aa  397  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.180042  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.94 
 
 
713 aa  397  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00871841 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.82 
 
 
736 aa  396  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.02 
 
 
1504 aa  393  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  45.09 
 
 
1515 aa  393  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60870  motility regulator  45.85 
 
 
1415 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.739569  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5242  motility regulator  45.85 
 
 
1410 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.435118  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2297  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  45.48 
 
 
1025 aa  393  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.93563  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.54 
 
 
962 aa  395  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0703  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.51 
 
 
703 aa  395  1e-108  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.73 
 
 
1508 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0172  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.88 
 
 
685 aa  395  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.74 
 
 
617 aa  390  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  46.96 
 
 
1245 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4631  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  45.77 
 
 
1278 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0760  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.42 
 
 
1404 aa  390  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.231921  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.07 
 
 
827 aa  392  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2223  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.4 
 
 
725 aa  392  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.847933  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.26 
 
 
1069 aa  389  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00515556 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.92 
 
 
736 aa  392  1e-107  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.73 
 
 
729 aa  391  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.73 
 
 
1508 aa  392  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>