More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2525 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  54.53 
 
 
699 aa  720    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  54.68 
 
 
699 aa  721    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  80.47 
 
 
695 aa  1068    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  80.12 
 
 
695 aa  1079    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.21 
 
 
694 aa  797    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  64.22 
 
 
701 aa  837    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  62.19 
 
 
693 aa  840    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  71.68 
 
 
703 aa  949    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.15 
 
 
710 aa  696    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  71.05 
 
 
703 aa  937    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  72.71 
 
 
683 aa  981    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  54.82 
 
 
691 aa  723    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  62.32 
 
 
689 aa  856    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  62.34 
 
 
693 aa  847    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  65.4 
 
 
685 aa  893    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
693 aa  1404    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  58.85 
 
 
692 aa  785    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  79.97 
 
 
695 aa  1077    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  62.54 
 
 
685 aa  815    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  61.76 
 
 
687 aa  819    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  54.68 
 
 
699 aa  721    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  66.13 
 
 
685 aa  894    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  58.83 
 
 
686 aa  763    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  80.91 
 
 
695 aa  1064    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  54.68 
 
 
699 aa  722    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  62.32 
 
 
709 aa  852    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  51.97 
 
 
696 aa  635  1e-180  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  51.97 
 
 
696 aa  635  1e-180  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.85 
 
 
689 aa  598  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.9 
 
 
689 aa  593  1e-168  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.52 
 
 
716 aa  585  1.0000000000000001e-165  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  45.43 
 
 
678 aa  581  1e-164  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.36 
 
 
724 aa  581  1e-164  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.65 
 
 
689 aa  570  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  46.84 
 
 
688 aa  550  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  46.84 
 
 
688 aa  550  1e-155  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  46.84 
 
 
688 aa  550  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  46.99 
 
 
688 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  46.99 
 
 
688 aa  551  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  46.7 
 
 
688 aa  548  1e-154  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.74 
 
 
709 aa  517  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  40.68 
 
 
785 aa  481  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  40.68 
 
 
726 aa  478  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.91 
 
 
760 aa  475  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  38.12 
 
 
756 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  38.03 
 
 
763 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4985  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  40.2 
 
 
699 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73967  normal  0.0333981 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  65.03 
 
 
326 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.4 
 
 
726 aa  444  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.18 
 
 
582 aa  416  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.72 
 
 
1212 aa  417  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.16 
 
 
876 aa  415  1e-114  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.79 
 
 
947 aa  411  1e-113  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.64 
 
 
827 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.22 
 
 
713 aa  405  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00871841 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.29 
 
 
585 aa  404  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.37 
 
 
754 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0803  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.08 
 
 
694 aa  404  1e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.81 
 
 
754 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.51 
 
 
790 aa  401  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.4 
 
 
869 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.44 
 
 
685 aa  398  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  43.68 
 
 
921 aa  396  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3588  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.94 
 
 
827 aa  395  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0360121 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  48.82 
 
 
799 aa  394  1e-108  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.03 
 
 
965 aa  394  1e-108  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.59 
 
 
1508 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.92 
 
 
869 aa  393  1e-108  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.41 
 
 
736 aa  394  1e-108  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.59 
 
 
1508 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.66 
 
 
905 aa  395  1e-108  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.22 
 
 
754 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.84 
 
 
805 aa  394  1e-108  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00432386  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.59 
 
 
1508 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.14 
 
 
1508 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  37.22 
 
 
754 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.45 
 
 
925 aa  390  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.56 
 
 
1248 aa  392  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.52 
 
 
1063 aa  391  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.180042  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.8 
 
 
1094 aa  391  1e-107  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  46.33 
 
 
1245 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.02 
 
 
1037 aa  391  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.61 
 
 
721 aa  386  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.08 
 
 
826 aa  387  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  46.1 
 
 
1245 aa  389  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.79 
 
 
1244 aa  389  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  44.08 
 
 
1055 aa  388  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2297  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  46.23 
 
 
1025 aa  386  1e-106  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.93563  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  44.73 
 
 
712 aa  384  1e-105  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  46.7 
 
 
1515 aa  385  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  45.64 
 
 
829 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  46.46 
 
 
1502 aa  384  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.52 
 
 
617 aa  382  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60870  motility regulator  45.24 
 
 
1415 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.739569  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4412  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.61 
 
 
574 aa  384  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0317543  normal  0.165306 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  44.94 
 
 
721 aa  384  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.24 
 
 
713 aa  384  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.430006  normal  0.473788 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2332  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  47.48 
 
 
884 aa  384  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.2 
 
 
1070 aa  385  1e-105  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.32 
 
 
1282 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0958088  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>