More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1178 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  98.14 
 
 
754 aa  1504    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
754 aa  1536    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  93.76 
 
 
754 aa  1382    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  52.45 
 
 
785 aa  716    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  60.14 
 
 
756 aa  879    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  60.11 
 
 
763 aa  848    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  52.88 
 
 
726 aa  714    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  81.83 
 
 
754 aa  1206    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.69 
 
 
760 aa  932    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.94 
 
 
726 aa  758    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.85 
 
 
685 aa  465  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  39.3 
 
 
687 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  39.35 
 
 
701 aa  444  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.95 
 
 
694 aa  444  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.1 
 
 
683 aa  436  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  38.83 
 
 
685 aa  439  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  37.41 
 
 
689 aa  437  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.85 
 
 
710 aa  439  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.3 
 
 
692 aa  427  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.96 
 
 
693 aa  427  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.12 
 
 
709 aa  426  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  38.39 
 
 
685 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  37.13 
 
 
699 aa  425  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  37.5 
 
 
691 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.74 
 
 
686 aa  419  1e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  36.98 
 
 
699 aa  421  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  36.98 
 
 
699 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  37.35 
 
 
699 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.4 
 
 
693 aa  422  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.65 
 
 
695 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.53 
 
 
693 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  37.3 
 
 
695 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.23 
 
 
695 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.3 
 
 
695 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  38.03 
 
 
703 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  36.81 
 
 
703 aa  396  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.68 
 
 
689 aa  388  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.18 
 
 
947 aa  386  1e-106  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.91 
 
 
709 aa  385  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.88 
 
 
685 aa  384  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.72 
 
 
716 aa  379  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.36 
 
 
689 aa  379  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.83 
 
 
689 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  37.43 
 
 
696 aa  369  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  37.43 
 
 
696 aa  369  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.04 
 
 
633 aa  370  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.26 
 
 
876 aa  371  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2044  sensory box/GGDEF family protein  43.58 
 
 
762 aa  366  1e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.73 
 
 
1107 aa  365  1e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  33.43 
 
 
678 aa  364  3e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  43.19 
 
 
721 aa  358  1.9999999999999998e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  43.05 
 
 
1093 aa  356  8.999999999999999e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  35.12 
 
 
688 aa  355  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.71 
 
 
1499 aa  355  1e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.96 
 
 
721 aa  355  1e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.32 
 
 
855 aa  356  1e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0876  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.89 
 
 
709 aa  356  1e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0730078  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.51 
 
 
704 aa  355  2e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  34.98 
 
 
688 aa  355  2e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1138  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  41.61 
 
 
756 aa  355  2e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0305477  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  42.34 
 
 
873 aa  353  5e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.98 
 
 
688 aa  353  7e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.98 
 
 
688 aa  353  7e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.95 
 
 
965 aa  353  7e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.98 
 
 
688 aa  353  7e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.98 
 
 
688 aa  353  8e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.94 
 
 
729 aa  352  2e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03720  sensory box GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 
760 aa  352  2e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164821 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4631  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  41.02 
 
 
1278 aa  351  3e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  40.98 
 
 
1055 aa  351  3e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.19 
 
 
1092 aa  350  4e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  41.78 
 
 
1502 aa  350  4e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3722  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.65 
 
 
727 aa  350  5e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0537  sensory box/GGDEF family protein  42.05 
 
 
682 aa  350  8e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7582  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.96 
 
 
690 aa  350  8e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.961635 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  38.62 
 
 
921 aa  349  9e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.94 
 
 
724 aa  349  9e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4265  PAS:GGDEF  40.95 
 
 
1278 aa  348  2e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0019  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.45 
 
 
835 aa  348  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.85 
 
 
1276 aa  348  2e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.292373  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.86 
 
 
1098 aa  348  2e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.91 
 
 
1508 aa  348  3e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  40.72 
 
 
1515 aa  347  4e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.91 
 
 
1508 aa  347  4e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.91 
 
 
1508 aa  347  4e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0472  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.77 
 
 
853 aa  347  5e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000400428 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.91 
 
 
1508 aa  347  5e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1592  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.61 
 
 
823 aa  347  5e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000214692  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.64 
 
 
1093 aa  347  6e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.38 
 
 
704 aa  347  6e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00325078 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  41.83 
 
 
1136 aa  346  8e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.86 
 
 
1098 aa  346  8.999999999999999e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.91 
 
 
1504 aa  345  1e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.91 
 
 
1505 aa  345  1e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.26 
 
 
582 aa  345  1e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0041  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.77 
 
 
1094 aa  345  1e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  32.77 
 
 
694 aa  345  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.29 
 
 
886 aa  345  2e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3572  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.19 
 
 
658 aa  345  2e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1311  hypothetical protein  40.37 
 
 
792 aa  344  2.9999999999999997e-93  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>