More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4460 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.52 
 
 
694 aa  791    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  63.53 
 
 
695 aa  840    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  59.53 
 
 
686 aa  740    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  65.64 
 
 
701 aa  854    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  53.11 
 
 
699 aa  693    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  57.04 
 
 
703 aa  730    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
709 aa  1426    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  53.25 
 
 
699 aa  697    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  58.21 
 
 
703 aa  741    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  52.96 
 
 
699 aa  693    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.47 
 
 
692 aa  736    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  63.69 
 
 
693 aa  852    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  63.68 
 
 
695 aa  816    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  63.24 
 
 
695 aa  836    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  62.32 
 
 
693 aa  852    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  65.29 
 
 
685 aa  868    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  53.25 
 
 
691 aa  695    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  62.06 
 
 
695 aa  810    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  64.56 
 
 
685 aa  867    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.91 
 
 
710 aa  680    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  64.28 
 
 
693 aa  863    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  53.11 
 
 
699 aa  693    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  64.61 
 
 
685 aa  847    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  61.05 
 
 
689 aa  825    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  64.42 
 
 
687 aa  856    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  62.11 
 
 
683 aa  823    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  51.33 
 
 
696 aa  602  1.0000000000000001e-171  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  51.33 
 
 
696 aa  602  1.0000000000000001e-171  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  44.51 
 
 
678 aa  592  1e-168  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.06 
 
 
689 aa  570  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.51 
 
 
689 aa  569  1e-161  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.12 
 
 
716 aa  556  1e-157  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.74 
 
 
689 aa  553  1e-156  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.13 
 
 
709 aa  548  1e-154  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  46.69 
 
 
688 aa  533  1e-150  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  46.69 
 
 
688 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  46.69 
 
 
688 aa  533  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  46.69 
 
 
688 aa  534  1e-150  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  46.69 
 
 
688 aa  534  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  46.69 
 
 
688 aa  533  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.57 
 
 
724 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.86 
 
 
760 aa  473  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  39.54 
 
 
785 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  39.39 
 
 
726 aa  465  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  37.77 
 
 
756 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  38.04 
 
 
763 aa  450  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.52 
 
 
726 aa  432  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.13 
 
 
754 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.88 
 
 
827 aa  424  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4985  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  38.66 
 
 
699 aa  424  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73967  normal  0.0333981 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.83 
 
 
754 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  63.41 
 
 
326 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1563  putative integral membrane sensor protein  62.36 
 
 
367 aa  415  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0803  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.14 
 
 
694 aa  413  1e-114  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.55 
 
 
1063 aa  412  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.180042  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.99 
 
 
947 aa  414  1e-114  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.72 
 
 
1069 aa  404  1e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00515556 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  36.12 
 
 
754 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.58 
 
 
585 aa  400  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.18 
 
 
890 aa  397  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  50 
 
 
1006 aa  397  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.12 
 
 
754 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.29 
 
 
736 aa  396  1e-109  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.79 
 
 
633 aa  397  1e-109  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.15 
 
 
891 aa  396  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3140  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.1 
 
 
754 aa  392  1e-108  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.43 
 
 
1244 aa  395  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  46.68 
 
 
1245 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.39 
 
 
582 aa  395  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.07 
 
 
1212 aa  394  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.11 
 
 
713 aa  392  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00871841 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.6 
 
 
844 aa  395  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.65 
 
 
826 aa  392  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  45.18 
 
 
1055 aa  390  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.57 
 
 
790 aa  390  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  47.27 
 
 
1093 aa  389  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.33 
 
 
886 aa  391  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.43 
 
 
869 aa  389  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2044  sensory box/GGDEF family protein  46.73 
 
 
762 aa  389  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  42.38 
 
 
921 aa  389  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  46.82 
 
 
829 aa  388  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0409  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor  44.86 
 
 
925 aa  387  1e-106  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.231334  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.58 
 
 
1248 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.84 
 
 
905 aa  387  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50 
 
 
855 aa  387  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.2 
 
 
1037 aa  389  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  46.68 
 
 
1245 aa  389  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0760  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.76 
 
 
1404 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.231921  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.75 
 
 
756 aa  384  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4239  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.84 
 
 
695 aa  383  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.18 
 
 
1094 aa  385  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1297  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  48.75 
 
 
926 aa  385  1e-105  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4631  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  46.4 
 
 
1278 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  46.35 
 
 
828 aa  385  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3727  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.68 
 
 
748 aa  384  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.94 
 
 
1093 aa  382  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.39 
 
 
954 aa  385  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  45.73 
 
 
1502 aa  384  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.71 
 
 
860 aa  385  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4349  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.84 
 
 
695 aa  383  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.967572  normal  0.71364 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>