More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_2308 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  99.03 
 
 
928 aa  1892    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  98.49 
 
 
928 aa  1884    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  74.7 
 
 
937 aa  1433    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  100 
 
 
928 aa  1906    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  76.75 
 
 
937 aa  1498    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  78.75 
 
 
937 aa  1532    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2576  diguanylate cyclase  48.81 
 
 
931 aa  934    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000375627  hitchhiker  0.0011212 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  53.85 
 
 
932 aa  1055    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  49.95 
 
 
934 aa  939    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  76.43 
 
 
937 aa  1462    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  54.08 
 
 
941 aa  1075    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2029  diguanylate cyclase  52.48 
 
 
932 aa  1008    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0571217  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  98.79 
 
 
912 aa  1852    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  47.58 
 
 
923 aa  934    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  48.54 
 
 
930 aa  935    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  76.21 
 
 
937 aa  1461    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  32.45 
 
 
955 aa  551  1e-155  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  23.93 
 
 
714 aa  195  4e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  28.6 
 
 
775 aa  192  2.9999999999999997e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  28.54 
 
 
489 aa  181  5.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  29 
 
 
482 aa  180  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  27.09 
 
 
464 aa  180  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.2 
 
 
761 aa  177  8e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  27.37 
 
 
483 aa  177  8e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  28.31 
 
 
482 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  22.26 
 
 
935 aa  172  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  28.96 
 
 
488 aa  171  8e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.95 
 
 
292 aa  169  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  0.000000000880766 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  48.59 
 
 
882 aa  169  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  28.83 
 
 
507 aa  167  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  28.44 
 
 
507 aa  165  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.2 
 
 
324 aa  165  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.4 
 
 
1289 aa  165  3e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3437  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.86 
 
 
684 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.92 
 
 
556 aa  164  6e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0054  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.16 
 
 
467 aa  164  7e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  47.98 
 
 
944 aa  164  7e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3924  sensory box protein  44.69 
 
 
1086 aa  164  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  28.44 
 
 
484 aa  163  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.65 
 
 
882 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1622  sensory box protein  44.69 
 
 
1075 aa  162  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.65 
 
 
882 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.65 
 
 
882 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.89 
 
 
947 aa  163  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.14 
 
 
571 aa  162  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100102  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1999  GGDEF domain-containing protein  45.61 
 
 
292 aa  162  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  27.65 
 
 
474 aa  163  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  49.71 
 
 
712 aa  162  3e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  48.4 
 
 
882 aa  162  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.212751  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  48.57 
 
 
523 aa  162  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.99 
 
 
1020 aa  161  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1291  sensory box protein  44.71 
 
 
284 aa  161  4e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.45 
 
 
844 aa  162  4e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.86 
 
 
1508 aa  161  5e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.86 
 
 
1508 aa  161  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3492  diguanylate cyclase  44.94 
 
 
474 aa  161  6e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.2 
 
 
294 aa  161  6e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.86 
 
 
1508 aa  161  6e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1184  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.33 
 
 
738 aa  161  6e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  42.21 
 
 
523 aa  161  6e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.86 
 
 
1508 aa  161  6e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0081  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.2 
 
 
804 aa  161  6e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.59 
 
 
718 aa  160  9e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  44.38 
 
 
799 aa  160  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.21 
 
 
876 aa  160  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.413916  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.39 
 
 
693 aa  160  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.59 
 
 
826 aa  160  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0922  hypothetical protein  47.43 
 
 
771 aa  159  2e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.83 
 
 
1109 aa  159  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  48.19 
 
 
572 aa  159  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.47 
 
 
860 aa  159  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  48 
 
 
1502 aa  159  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.21 
 
 
876 aa  159  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.02582  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0377  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.21 
 
 
876 aa  159  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0140415  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0064  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.5 
 
 
803 aa  158  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.59154e-21 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.02 
 
 
876 aa  159  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0952  hypothetical protein  47.43 
 
 
771 aa  158  5.0000000000000005e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.43 
 
 
1486 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.71 
 
 
1511 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.47 
 
 
664 aa  157  6e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.41 
 
 
1212 aa  158  6e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.86 
 
 
821 aa  157  6e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.47 
 
 
664 aa  157  7e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.47 
 
 
664 aa  157  7e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.12 
 
 
714 aa  157  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.47 
 
 
664 aa  157  7e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  47.02 
 
 
759 aa  157  8e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  45.3 
 
 
921 aa  157  8e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1265  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.59 
 
 
758 aa  157  8e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.98 
 
 
696 aa  157  9e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.98 
 
 
696 aa  157  9e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.94 
 
 
1143 aa  157  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.07 
 
 
729 aa  157  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.62 
 
 
874 aa  157  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  47.28 
 
 
862 aa  156  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.88 
 
 
790 aa  156  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.94 
 
 
1143 aa  157  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4324  GGDEF domain-containing protein  44.15 
 
 
876 aa  156  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.14 
 
 
648 aa  156  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1835  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.98 
 
 
654 aa  156  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0773497  normal  0.315507 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>