More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3241 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  100 
 
 
572 aa  1160    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  42.71 
 
 
604 aa  479  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  41.8 
 
 
603 aa  464  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  44.05 
 
 
565 aa  461  9.999999999999999e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  43.06 
 
 
604 aa  457  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4389  diguanylate cyclase  40.84 
 
 
594 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162634 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4158  diguanylate cyclase  40.88 
 
 
649 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.870155  normal  0.271744 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4490  diguanylate cyclase  40.52 
 
 
590 aa  411  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5814  diguanylate cyclase  40.33 
 
 
590 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.479896  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3879  diguanylate cyclase  40.52 
 
 
590 aa  411  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.47914  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3925  diguanylate cyclase  40.67 
 
 
594 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1361  diguanylate cyclase  40.29 
 
 
598 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0181036 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  31.35 
 
 
557 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2637  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  56.11 
 
 
678 aa  200  7e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.5465  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.78 
 
 
705 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  52.46 
 
 
648 aa  196  9e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.54 
 
 
1109 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  50.83 
 
 
882 aa  191  4e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  55.75 
 
 
757 aa  191  5e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  41.76 
 
 
921 aa  189  8e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3604  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.76 
 
 
498 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.352008 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0881  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.76 
 
 
498 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0929  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  54.34 
 
 
464 aa  188  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.240329 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3481  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.18 
 
 
488 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3406  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  53.18 
 
 
493 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.2 
 
 
768 aa  186  8e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  54.34 
 
 
480 aa  186  9e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.339991  normal  0.187596 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1055  sensory box protein  53.76 
 
 
462 aa  186  9e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  52.6 
 
 
523 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0894  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  53.76 
 
 
482 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.156047 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.87 
 
 
699 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3018  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  52.02 
 
 
475 aa  184  3e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.44 
 
 
1511 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.44 
 
 
1504 aa  183  7e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  50.86 
 
 
432 aa  183  8.000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  49.44 
 
 
1515 aa  183  9.000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  49.18 
 
 
578 aa  182  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.44 
 
 
1504 aa  182  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45 
 
 
1508 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1605  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.11 
 
 
688 aa  182  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0013251  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2297  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  48.11 
 
 
1025 aa  182  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.93563  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45 
 
 
1508 aa  182  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45 
 
 
1508 aa  182  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45 
 
 
1508 aa  182  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.44 
 
 
1505 aa  182  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.92 
 
 
652 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.92 
 
 
652 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.83 
 
 
1094 aa  181  4e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  44.19 
 
 
944 aa  181  4e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.45 
 
 
450 aa  181  4e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3376  GGDEF domain-containing protein  35.67 
 
 
480 aa  180  5.999999999999999e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.37 
 
 
696 aa  179  9e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.37 
 
 
696 aa  179  9e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1183  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.33 
 
 
722 aa  179  9e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  48.33 
 
 
1494 aa  179  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.24 
 
 
876 aa  179  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  51.16 
 
 
1486 aa  179  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3250  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.22 
 
 
768 aa  178  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0054  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.88 
 
 
467 aa  177  4e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.63 
 
 
292 aa  177  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  0.000000000880766 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.35 
 
 
821 aa  177  5e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  47.78 
 
 
808 aa  177  6e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.7 
 
 
461 aa  177  7e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.36 
 
 
947 aa  176  7e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  51.81 
 
 
517 aa  176  7e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2534  sensory box/response regulator  50.28 
 
 
452 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.16 
 
 
827 aa  176  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  44.5 
 
 
1502 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  39.06 
 
 
721 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.05 
 
 
754 aa  174  3.9999999999999995e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3437  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.73 
 
 
684 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  58.33 
 
 
449 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.67 
 
 
721 aa  174  5e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.16 
 
 
494 aa  174  5e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  51.12 
 
 
799 aa  174  5.999999999999999e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3626  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.3 
 
 
840 aa  173  6.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1075  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.83 
 
 
505 aa  173  7.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1933  sensory box protein  47.06 
 
 
692 aa  173  7.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0364295  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2044  sensory box/GGDEF family protein  48.91 
 
 
762 aa  172  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1311  hypothetical protein  45.3 
 
 
792 aa  172  1e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1308  hypothetical protein  45.3 
 
 
792 aa  172  1e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.67 
 
 
458 aa  172  1e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3064  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.76 
 
 
504 aa  172  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.55248  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1211  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.42 
 
 
504 aa  172  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1641  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.12 
 
 
755 aa  172  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.130236 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  42.13 
 
 
1141 aa  171  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50.6 
 
 
556 aa  171  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2487  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.33 
 
 
735 aa  172  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.62 
 
 
729 aa  172  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  44.51 
 
 
892 aa  171  3e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0987  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.28 
 
 
739 aa  171  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000757549  decreased coverage  0.00276789 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1062  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.05 
 
 
1027 aa  171  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.782086  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0064  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.24 
 
 
803 aa  171  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.59154e-21 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0946  sensory box/GGDEF family protein  47.78 
 
 
842 aa  171  4e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  48.33 
 
 
759 aa  171  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  44.51 
 
 
814 aa  171  4e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0495  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.4 
 
 
907 aa  171  4e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.128556 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.19 
 
 
830 aa  171  4e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45 
 
 
571 aa  171  5e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100102  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  51.43 
 
 
685 aa  170  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>