More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_4490 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  61.27 
 
 
603 aa  710    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5814  diguanylate cyclase  99.83 
 
 
590 aa  1180    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.479896  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4490  diguanylate cyclase  100 
 
 
590 aa  1182    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  62.85 
 
 
604 aa  726    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1361  diguanylate cyclase  86.45 
 
 
598 aa  1000    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0181036 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4158  diguanylate cyclase  82.72 
 
 
649 aa  902    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.870155  normal  0.271744 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3925  diguanylate cyclase  87.09 
 
 
594 aa  967    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  61.62 
 
 
604 aa  700    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4389  diguanylate cyclase  88.31 
 
 
594 aa  993    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162634 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3879  diguanylate cyclase  100 
 
 
590 aa  1182    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.47914  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  40.77 
 
 
572 aa  426  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  41.06 
 
 
565 aa  408  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  41.49 
 
 
721 aa  171  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 
721 aa  170  7e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  28.42 
 
 
557 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.63 
 
 
816 aa  161  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.35 
 
 
891 aa  156  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  36.64 
 
 
921 aa  154  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3385  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.62 
 
 
677 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.093446  hitchhiker  0.00322897 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.78 
 
 
450 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3557  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.19 
 
 
677 aa  154  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.026762  decreased coverage  0.00000188852 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  39.09 
 
 
423 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  39.09 
 
 
423 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  38.68 
 
 
423 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1208  GGDEF domain-containing protein  36.44 
 
 
684 aa  150  5e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.44 
 
 
684 aa  150  6e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.10926  normal  0.0282645 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.44 
 
 
684 aa  150  6e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0216958  hitchhiker  0.00000239027 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2830  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.89 
 
 
682 aa  150  6e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0701966  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1034  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.44 
 
 
674 aa  150  7e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20154  hitchhiker  0.000000435621 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.63 
 
 
965 aa  149  9e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0994  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.56 
 
 
678 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.031573  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3235  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36 
 
 
684 aa  148  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.612111  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1132  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  36 
 
 
684 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00732829  unclonable  0.0000000000153183 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2393  signal transduction protein  34.52 
 
 
817 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.512634  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.37 
 
 
677 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.992425  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3276  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36 
 
 
684 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0261711  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3413  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36 
 
 
684 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.341259  hitchhiker  0.0009308 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1641  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.15 
 
 
755 aa  147  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.130236 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0304  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.7 
 
 
806 aa  147  5e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.318704  normal  0.0663849 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  41.45 
 
 
944 aa  147  5e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  25.41 
 
 
555 aa  147  6e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0233  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.25 
 
 
631 aa  147  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.992209 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.3 
 
 
577 aa  147  7.0000000000000006e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0242  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.25 
 
 
631 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00436408  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2245  diguanylate cyclase  39.15 
 
 
426 aa  146  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.310334 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  41.96 
 
 
409 aa  145  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.56 
 
 
953 aa  145  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0965  GGDEF domain-containing protein  33.48 
 
 
680 aa  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00724002  normal  0.0458332 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3056  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.62 
 
 
679 aa  144  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.029022  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2479  putative diguanylate cyclase  36.46 
 
 
584 aa  144  4e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  48.72 
 
 
1141 aa  144  4e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2297  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  44.58 
 
 
1025 aa  144  4e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.93563  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4249  hypothetical protein  36.15 
 
 
434 aa  144  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1018  GGDEF domain-containing protein  34.67 
 
 
678 aa  143  8e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00123246  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2534  sensory box/response regulator  44.67 
 
 
452 aa  143  9e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2300  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.01 
 
 
936 aa  143  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6140  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.68 
 
 
705 aa  142  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0593107  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4985  sensory box protein  39.43 
 
 
1534 aa  142  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.71 
 
 
954 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.7 
 
 
359 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.454902  normal  0.027524 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  45.51 
 
 
1093 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.93 
 
 
860 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  49.4 
 
 
1101 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  42.33 
 
 
759 aa  141  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.04 
 
 
681 aa  141  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.01 
 
 
953 aa  141  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49890  hypothetical protein  35.81 
 
 
435 aa  141  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.943756 
 
 
-
 
NC_003296  RS05432  hypothetical protein  46.99 
 
 
915 aa  141  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.88 
 
 
1244 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4994  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.76 
 
 
631 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.135413  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.58 
 
 
754 aa  141  3.9999999999999997e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0703  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.53 
 
 
703 aa  141  3.9999999999999997e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.59 
 
 
916 aa  140  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0127578 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.33 
 
 
802 aa  140  4.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.35 
 
 
860 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2604  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.44 
 
 
678 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.59 
 
 
916 aa  140  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.7 
 
 
319 aa  140  6e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.83 
 
 
684 aa  140  6e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0218  sensory box protein  42.25 
 
 
631 aa  140  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.206215  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.69 
 
 
643 aa  140  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3727  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.78 
 
 
748 aa  140  7.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  46.01 
 
 
737 aa  140  7.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0663  putative sensory box/response regulator  44.72 
 
 
717 aa  140  8.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  40.17 
 
 
422 aa  139  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.5 
 
 
876 aa  139  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.79 
 
 
772 aa  139  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  42.08 
 
 
862 aa  139  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.68 
 
 
571 aa  139  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100102  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0680  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.47 
 
 
1301 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.344906  normal  0.0177864 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.56 
 
 
882 aa  139  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.212751  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  42.35 
 
 
892 aa  139  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  42.35 
 
 
892 aa  139  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  42.35 
 
 
892 aa  139  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  42.35 
 
 
735 aa  139  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.51 
 
 
582 aa  139  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  44.77 
 
 
880 aa  139  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0692  diguanylate cyclase  37.22 
 
 
422 aa  138  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.91 
 
 
821 aa  139  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  42.35 
 
 
892 aa  139  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>