More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5430 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010086  Bmul_4158  diguanylate cyclase  62.67 
 
 
649 aa  671    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.870155  normal  0.271744 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4490  diguanylate cyclase  61.27 
 
 
590 aa  687    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3925  diguanylate cyclase  61.46 
 
 
594 aa  665    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5814  diguanylate cyclase  61.27 
 
 
590 aa  687    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.479896  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1361  diguanylate cyclase  61.63 
 
 
598 aa  672    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0181036 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  71.03 
 
 
604 aa  857    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4389  diguanylate cyclase  62.33 
 
 
594 aa  684    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162634 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  100 
 
 
603 aa  1208    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  70.49 
 
 
604 aa  829    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3879  diguanylate cyclase  61.27 
 
 
590 aa  687    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.47914  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  41.8 
 
 
572 aa  464  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  41.42 
 
 
565 aa  408  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.91 
 
 
954 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  27.21 
 
 
555 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  43.52 
 
 
721 aa  162  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0692  diguanylate cyclase  38.08 
 
 
422 aa  160  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.52 
 
 
721 aa  159  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.75 
 
 
947 aa  159  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.13 
 
 
860 aa  158  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.86 
 
 
891 aa  158  3e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.13 
 
 
860 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3385  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.19 
 
 
677 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.093446  hitchhiker  0.00322897 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.79 
 
 
695 aa  156  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0965  GGDEF domain-containing protein  36.63 
 
 
680 aa  155  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00724002  normal  0.0458332 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  46.41 
 
 
1076 aa  155  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3890  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.4 
 
 
824 aa  155  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0437  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.47 
 
 
659 aa  154  4e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  42.61 
 
 
604 aa  154  5e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.67 
 
 
802 aa  154  5.9999999999999996e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.4 
 
 
677 aa  153  8e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.992425  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  40.61 
 
 
873 aa  153  8e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  34.75 
 
 
921 aa  152  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.91 
 
 
1508 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  40.65 
 
 
423 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.91 
 
 
1508 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.91 
 
 
1508 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.06 
 
 
450 aa  152  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.91 
 
 
1508 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  41.21 
 
 
892 aa  151  3e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  41.57 
 
 
892 aa  151  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 
423 aa  151  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  41.01 
 
 
892 aa  151  4e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 
324 aa  151  4e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  45.25 
 
 
712 aa  150  5e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  41.01 
 
 
892 aa  150  5e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  47.27 
 
 
944 aa  150  5e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  41.01 
 
 
892 aa  150  5e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1499  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  42.15 
 
 
854 aa  150  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0164548  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  42.69 
 
 
735 aa  150  5e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.55 
 
 
818 aa  150  6e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.376785  normal  0.0371729 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.3 
 
 
1511 aa  150  7e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3557  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.12 
 
 
677 aa  150  8e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.026762  decreased coverage  0.00000188852 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3598  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.21 
 
 
877 aa  150  9e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.69 
 
 
876 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.02582  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.74 
 
 
770 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000215856  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  39.84 
 
 
423 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6140  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.91 
 
 
705 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0593107  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0377  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.29 
 
 
876 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0140415  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  44.97 
 
 
429 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.29 
 
 
876 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.413916  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3137  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.39 
 
 
855 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.045119  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  42.86 
 
 
1006 aa  148  3e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.73 
 
 
664 aa  148  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  46.3 
 
 
1494 aa  148  3e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2830  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.6 
 
 
682 aa  148  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0701966  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.01 
 
 
892 aa  148  3e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.93 
 
 
1244 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  44 
 
 
703 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.5 
 
 
863 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.213956  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.06 
 
 
821 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4324  GGDEF domain-containing protein  40.19 
 
 
876 aa  147  5e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  43.62 
 
 
685 aa  147  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1716  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.16 
 
 
1238 aa  147  5e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  42.86 
 
 
759 aa  147  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2479  putative diguanylate cyclase  36.46 
 
 
584 aa  147  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.74 
 
 
684 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0216958  hitchhiker  0.00000239027 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.74 
 
 
684 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.10926  normal  0.0282645 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1034  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.17 
 
 
674 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20154  hitchhiker  0.000000435621 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.01 
 
 
876 aa  146  9e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  43.43 
 
 
703 aa  146  9e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.9 
 
 
1486 aa  146  9e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0540  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.77 
 
 
693 aa  146  9e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00344022 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  38.64 
 
 
862 aa  146  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  38.43 
 
 
1055 aa  146  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  41.01 
 
 
814 aa  146  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.32 
 
 
766 aa  146  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  41.01 
 
 
735 aa  146  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.9 
 
 
882 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1208  GGDEF domain-containing protein  36.17 
 
 
684 aa  145  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2716  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.98 
 
 
629 aa  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.33 
 
 
873 aa  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0483164  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.56 
 
 
742 aa  145  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.47145e-25 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.04 
 
 
742 aa  145  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.9 
 
 
882 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.77 
 
 
1109 aa  145  2e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  44.55 
 
 
1245 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3263  GGDEF domain-containing protein  43.1 
 
 
823 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505272  normal  0.0188665 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.9 
 
 
882 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  35.82 
 
 
409 aa  144  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  43.01 
 
 
685 aa  145  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>