More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0397 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  100 
 
 
555 aa  1142    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  34.27 
 
 
557 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1071  membrane associated GGDEF protein  33.4 
 
 
525 aa  289  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05442  hypothetical protein  31.93 
 
 
539 aa  266  8e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3034  diguanylate cyclase  30.9 
 
 
522 aa  223  6e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.43 
 
 
638 aa  196  1e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1945  putative PAS/PAC sensor protein  34.8 
 
 
676 aa  191  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  26.5 
 
 
565 aa  174  3.9999999999999995e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1756  PAS sensor signal transduction histidine kinase  34.63 
 
 
718 aa  169  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.977279  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1213  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.16 
 
 
1139 aa  164  5.0000000000000005e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000299101 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3778  response regulator  32.17 
 
 
629 aa  153  8e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.42 
 
 
632 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  45.73 
 
 
578 aa  150  7e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0932  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.08 
 
 
632 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0958  histidine kinase  31.08 
 
 
632 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0689  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.62 
 
 
723 aa  147  4.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.452404 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.08 
 
 
632 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.1 
 
 
1508 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.11 
 
 
442 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.9 
 
 
652 aa  146  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.1 
 
 
1508 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.1 
 
 
1508 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.9 
 
 
652 aa  146  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.1 
 
 
1508 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1667  sensor histidine kinase  37.64 
 
 
652 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.976342  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.29 
 
 
614 aa  145  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  32.13 
 
 
1187 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
1093 aa  145  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  42.68 
 
 
1093 aa  143  8e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.21 
 
 
571 aa  142  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37690  putative sensory box protein  43.11 
 
 
864 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0535605 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3221  sensory box-containing diguanylate cyclase  44.64 
 
 
858 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137629  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1078  diguanylate cyclase  41.88 
 
 
283 aa  141  3e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.239628  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  42.01 
 
 
944 aa  141  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3287  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.34 
 
 
1003 aa  141  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0867  ATPase domain-containing protein  34.57 
 
 
632 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.23 
 
 
1212 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.86 
 
 
694 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3063  diguanylate cyclase  41.34 
 
 
1003 aa  141  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964207  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1034  diguanylate cyclase  42.14 
 
 
283 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2168  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.57 
 
 
831 aa  140  6e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.273298  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.8 
 
 
1504 aa  140  6e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.8 
 
 
1505 aa  140  6e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0409  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 
643 aa  140  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.07 
 
 
772 aa  140  7e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7195  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.43 
 
 
644 aa  140  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0983  GGDEF family protein  42.7 
 
 
443 aa  140  7.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2786  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.56 
 
 
828 aa  140  8.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.532868  normal  0.92327 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.38 
 
 
1511 aa  139  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  40.12 
 
 
882 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4389  diguanylate cyclase  25.37 
 
 
594 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162634 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0619  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.61 
 
 
574 aa  139  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  40.23 
 
 
1515 aa  138  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  35.71 
 
 
523 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0581  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.09 
 
 
659 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.23 
 
 
1504 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.32 
 
 
664 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.32 
 
 
664 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.32 
 
 
664 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4158  diguanylate cyclase  27.46 
 
 
649 aa  137  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.870155  normal  0.271744 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.32 
 
 
664 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.88 
 
 
898 aa  137  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3372  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.18 
 
 
659 aa  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.2 
 
 
693 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3486  diguanylate cyclase  43.93 
 
 
449 aa  136  8e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121522  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40 
 
 
916 aa  136  8e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40 
 
 
916 aa  136  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0127578 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3543  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.18 
 
 
659 aa  136  9e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  43.9 
 
 
701 aa  136  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.86 
 
 
742 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.47145e-25 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  39.67 
 
 
1055 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1055  diguanylate cyclase  40.98 
 
 
598 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 
294 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7582  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.98 
 
 
690 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.961635 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  37.31 
 
 
937 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.46 
 
 
778 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.479414  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.86 
 
 
742 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.88 
 
 
1072 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1382  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.34 
 
 
889 aa  135  1.9999999999999998e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231857  normal  0.133175 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1767  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.99 
 
 
716 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00167565  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.91 
 
 
1040 aa  135  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  38.43 
 
 
523 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.76 
 
 
873 aa  134  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.602276 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.11 
 
 
947 aa  135  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6140  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.23 
 
 
705 aa  135  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0593107  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3985  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.9 
 
 
730 aa  134  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.310873  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1139  GGDEF/GAF/EAL domain-containing protein  35.64 
 
 
781 aa  134  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0850133  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  39.77 
 
 
429 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1361  diguanylate cyclase  25.22 
 
 
598 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0181036 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3925  diguanylate cyclase  25.18 
 
 
594 aa  134  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.66 
 
 
805 aa  134  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00432386  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4490  diguanylate cyclase  23.9 
 
 
590 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1999  GGDEF domain-containing protein  41.98 
 
 
292 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  37.44 
 
 
941 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3879  diguanylate cyclase  23.9 
 
 
590 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.47914  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0545  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.6 
 
 
572 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3485  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.6 
 
 
572 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.73 
 
 
714 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5814  diguanylate cyclase  23.9 
 
 
590 aa  133  9e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.479896  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0987  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.14 
 
 
739 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000757549  decreased coverage  0.00276789 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>