More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0692 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0692  diguanylate cyclase  100 
 
 
422 aa  842    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  66.03 
 
 
423 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0764  diguanylate cyclase  66.19 
 
 
424 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.52083  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  65.07 
 
 
423 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  65.55 
 
 
423 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0673  diguanylate cyclase  58.29 
 
 
415 aa  473  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.685567 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49890  hypothetical protein  60.39 
 
 
435 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.943756 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4249  hypothetical protein  59.52 
 
 
434 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3487  GGDEF domain-containing protein  56.68 
 
 
425 aa  444  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0820  GGDEF domain-containing protein  56.68 
 
 
433 aa  444  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3616  diguanylate cyclase  56.68 
 
 
436 aa  444  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5027  diguanylate cyclase  52.71 
 
 
422 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.750126  normal  0.244127 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3340  diguanylate cyclase  52.71 
 
 
422 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5257  diguanylate cyclase  52.46 
 
 
422 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2245  diguanylate cyclase  51.68 
 
 
426 aa  375  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.310334 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4956  diguanylate cyclase  53.37 
 
 
422 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.888162 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4436  diguanylate cyclase  53.87 
 
 
422 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  hitchhiker  0.000180692 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2222  GGDEF  52.37 
 
 
424 aa  355  1e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0644  diguanylate cyclase  52.12 
 
 
422 aa  345  6e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.596641  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  51.99 
 
 
422 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  44.99 
 
 
409 aa  310  2.9999999999999997e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
423 aa  268  2e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0238  diguanylate cyclase  40.25 
 
 
408 aa  266  5e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.146038  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2817  hypothetical protein  35.34 
 
 
406 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.890106  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2886  hypothetical protein  35.34 
 
 
406 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2867  hypothetical protein  35.88 
 
 
379 aa  226  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00679598 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3083  diguanylate cyclase  36.29 
 
 
406 aa  221  9.999999999999999e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2756  hypothetical protein  34.61 
 
 
407 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0689329  decreased coverage  0.00382869 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1070  diguanylate cyclase  34.58 
 
 
407 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0137194  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2888  hypothetical protein  34.58 
 
 
407 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00499837  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02493  predicted diguanylate cyclase  34.58 
 
 
408 aa  219  5e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.196527  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2763  hypothetical protein  34.58 
 
 
407 aa  219  5e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000512321  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1079  hypothetical protein  34.58 
 
 
408 aa  219  5e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02457  hypothetical protein  34.58 
 
 
408 aa  219  5e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.150678  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3843  hypothetical protein  34.58 
 
 
407 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156897  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3000  hypothetical protein  36.41 
 
 
379 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2888  hypothetical protein  36.15 
 
 
379 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186144  normal  0.300292 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50.29 
 
 
1147 aa  164  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  34.21 
 
 
604 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.13 
 
 
499 aa  162  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462189  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  40.64 
 
 
572 aa  162  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.61 
 
 
682 aa  161  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  38.08 
 
 
603 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  31.39 
 
 
721 aa  160  4e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  37.61 
 
 
604 aa  160  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  52.8 
 
 
1247 aa  160  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  52.17 
 
 
1247 aa  160  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  52.17 
 
 
1247 aa  160  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50 
 
 
1247 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.15 
 
 
721 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  53.09 
 
 
1245 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  52.47 
 
 
1245 aa  153  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0029  hypothetical protein  43.16 
 
 
976 aa  152  1e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.4 
 
 
568 aa  152  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252669 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3954  PAS:GGDEF:hemerythrin HHE cation binding region  46.54 
 
 
667 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.567366  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  50.93 
 
 
1244 aa  152  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.95 
 
 
947 aa  151  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  47.59 
 
 
735 aa  151  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.86 
 
 
1511 aa  151  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2332  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  46.75 
 
 
884 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.35 
 
 
768 aa  151  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.12 
 
 
571 aa  152  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1183  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.67 
 
 
722 aa  151  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.78 
 
 
648 aa  151  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  46.81 
 
 
828 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  45.03 
 
 
737 aa  150  3e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.24 
 
 
1504 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  46.99 
 
 
892 aa  150  4e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0689  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.09 
 
 
723 aa  150  4e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.452404 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0030  hypothetical protein  42.63 
 
 
976 aa  150  4e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50.32 
 
 
827 aa  150  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.24 
 
 
1505 aa  150  5e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  40.89 
 
 
565 aa  150  5e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  48.24 
 
 
1515 aa  150  6e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.24 
 
 
1504 aa  150  6e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  46.99 
 
 
814 aa  149  8e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.39 
 
 
892 aa  149  9e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.1 
 
 
494 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.71 
 
 
891 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.69 
 
 
862 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.39 
 
 
1094 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.06 
 
 
1508 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.06 
 
 
1508 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.65 
 
 
1248 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.17 
 
 
1487 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.89086 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.06 
 
 
1508 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.65 
 
 
1486 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.03 
 
 
703 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.06 
 
 
1508 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.06 
 
 
458 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  45.74 
 
 
829 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3727  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.19 
 
 
748 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.78 
 
 
1109 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3910  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.96 
 
 
1497 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  46.67 
 
 
873 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.93 
 
 
1066 aa  147  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0010376 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  46.59 
 
 
517 aa  147  5e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.02 
 
 
803 aa  147  5e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  45.56 
 
 
944 aa  146  6e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  48.24 
 
 
1141 aa  146  6e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>