More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_5257 on replicon NC_010515
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4956  diguanylate cyclase  86.73 
 
 
422 aa  685    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.888162 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5027  diguanylate cyclase  98.34 
 
 
422 aa  821    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.750126  normal  0.244127 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0644  diguanylate cyclase  91.43 
 
 
422 aa  678    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.596641  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4436  diguanylate cyclase  86.49 
 
 
422 aa  677    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  hitchhiker  0.000180692 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5257  diguanylate cyclase  100 
 
 
422 aa  837    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3340  diguanylate cyclase  98.34 
 
 
422 aa  821    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  81.9 
 
 
422 aa  570  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49890  hypothetical protein  52.62 
 
 
435 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.943756 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4249  hypothetical protein  52.12 
 
 
434 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  51.58 
 
 
423 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0764  diguanylate cyclase  52.32 
 
 
424 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.52083  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0692  diguanylate cyclase  52.46 
 
 
422 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  51.34 
 
 
423 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  51.09 
 
 
423 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0673  diguanylate cyclase  51.87 
 
 
415 aa  388  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.685567 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3616  diguanylate cyclase  47.83 
 
 
436 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0820  GGDEF domain-containing protein  47.83 
 
 
433 aa  357  2.9999999999999997e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3487  GGDEF domain-containing protein  47.83 
 
 
425 aa  356  3.9999999999999996e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2245  diguanylate cyclase  48.67 
 
 
426 aa  355  6.999999999999999e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.310334 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2222  GGDEF  48.29 
 
 
424 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  44.94 
 
 
409 aa  298  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0238  diguanylate cyclase  39.39 
 
 
408 aa  242  1e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.146038  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  34.47 
 
 
423 aa  219  5e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1070  diguanylate cyclase  33.67 
 
 
407 aa  216  5e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0137194  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2888  hypothetical protein  33.67 
 
 
407 aa  216  5e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00499837  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2756  hypothetical protein  33.42 
 
 
407 aa  216  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0689329  decreased coverage  0.00382869 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02493  predicted diguanylate cyclase  33.67 
 
 
408 aa  216  8e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.196527  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02457  hypothetical protein  33.67 
 
 
408 aa  216  8e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.150678  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1079  hypothetical protein  33.67 
 
 
408 aa  216  8e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2763  hypothetical protein  33.67 
 
 
407 aa  216  9e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000512321  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3843  hypothetical protein  33.67 
 
 
407 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156897  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2867  hypothetical protein  36.27 
 
 
379 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00679598 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2886  hypothetical protein  35.7 
 
 
406 aa  213  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2817  hypothetical protein  35.7 
 
 
406 aa  212  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.890106  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3083  diguanylate cyclase  34.34 
 
 
406 aa  209  5e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2888  hypothetical protein  36.27 
 
 
379 aa  203  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186144  normal  0.300292 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3000  hypothetical protein  35.73 
 
 
379 aa  201  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  35.77 
 
 
721 aa  178  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.22 
 
 
721 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.48 
 
 
499 aa  155  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462189  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  46.39 
 
 
892 aa  155  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.99 
 
 
892 aa  155  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.16 
 
 
682 aa  155  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  46.67 
 
 
814 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  46.67 
 
 
735 aa  154  4e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  46.67 
 
 
604 aa  149  6e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.56 
 
 
1147 aa  149  7e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  39.02 
 
 
572 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  46.39 
 
 
892 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  46.39 
 
 
892 aa  147  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  46.39 
 
 
892 aa  147  3e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  46.39 
 
 
892 aa  147  3e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  46.67 
 
 
735 aa  147  3e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.75 
 
 
681 aa  146  5e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  44.58 
 
 
1247 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.43 
 
 
703 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.18 
 
 
1247 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.58 
 
 
1247 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1499  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  44.74 
 
 
854 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0164548  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4673  hypothetical protein  51.28 
 
 
651 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.91 
 
 
754 aa  144  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.98 
 
 
1247 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  46.39 
 
 
1245 aa  144  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  46.39 
 
 
1245 aa  144  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53310  hypothetical protein  50 
 
 
681 aa  143  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.615657 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.62 
 
 
1212 aa  142  8e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2227  diguanylate cyclase  48.47 
 
 
803 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.17 
 
 
947 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.5 
 
 
802 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3588  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.58 
 
 
827 aa  140  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0360121 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  41.01 
 
 
737 aa  140  3e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.06 
 
 
891 aa  141  3e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2728  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50.94 
 
 
858 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.58 
 
 
1248 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.18 
 
 
1006 aa  140  6e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6173  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.57 
 
 
837 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5944  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.57 
 
 
745 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.45 
 
 
757 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  43.98 
 
 
828 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.3 
 
 
1027 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.37 
 
 
1244 aa  138  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0689  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.28 
 
 
723 aa  138  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.452404 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.69 
 
 
777 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.290622  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  42.78 
 
 
565 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  41.62 
 
 
882 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0029  hypothetical protein  40.46 
 
 
976 aa  137  4e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.13 
 
 
844 aa  137  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.45 
 
 
720 aa  137  4e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.559949  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.46 
 
 
1109 aa  137  4e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.58 
 
 
1020 aa  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1246  methyltransferase CheR, putative  38.5 
 
 
1378 aa  137  5e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271052  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  43.98 
 
 
829 aa  137  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  40.3 
 
 
1494 aa  137  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.4 
 
 
1264 aa  136  6.0000000000000005e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2699  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  37.25 
 
 
819 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182626  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0322  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.44 
 
 
1481 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0210085 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.73 
 
 
1076 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0293553 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1184  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.87 
 
 
738 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.53 
 
 
768 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2242  diguanylate cyclase  42.26 
 
 
961 aa  136  7.000000000000001e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.031286  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>