More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_0933 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  100 
 
 
423 aa  868    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1070  diguanylate cyclase  45.62 
 
 
407 aa  354  2e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0137194  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2888  hypothetical protein  45.62 
 
 
407 aa  354  2e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00499837  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2756  hypothetical protein  45.36 
 
 
407 aa  352  7e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0689329  decreased coverage  0.00382869 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02493  predicted diguanylate cyclase  45.36 
 
 
408 aa  350  2e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.196527  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2763  hypothetical protein  45.36 
 
 
407 aa  350  2e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000512321  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1079  hypothetical protein  45.36 
 
 
408 aa  350  2e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02457  hypothetical protein  45.36 
 
 
408 aa  350  2e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.150678  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3843  hypothetical protein  45.36 
 
 
407 aa  350  2e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156897  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3083  diguanylate cyclase  44.7 
 
 
406 aa  343  4e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2886  hypothetical protein  44.85 
 
 
406 aa  339  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2817  hypothetical protein  44.85 
 
 
406 aa  339  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.890106  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2867  hypothetical protein  45.33 
 
 
379 aa  339  7e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00679598 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2888  hypothetical protein  45.28 
 
 
379 aa  324  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186144  normal  0.300292 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3000  hypothetical protein  44.74 
 
 
379 aa  323  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3616  diguanylate cyclase  38.85 
 
 
436 aa  302  7.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0820  GGDEF domain-containing protein  38.89 
 
 
433 aa  301  1e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3487  GGDEF domain-containing protein  39.8 
 
 
425 aa  300  3e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49890  hypothetical protein  40.34 
 
 
435 aa  296  4e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.943756 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4249  hypothetical protein  40.3 
 
 
434 aa  293  5e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0673  diguanylate cyclase  39.39 
 
 
415 aa  292  7e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.685567 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0692  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
422 aa  278  1e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  36.64 
 
 
423 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  37.4 
 
 
423 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  37.15 
 
 
423 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2245  diguanylate cyclase  37.76 
 
 
426 aa  244  3e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.310334 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0764  diguanylate cyclase  36.66 
 
 
424 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.52083  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2222  GGDEF  37.44 
 
 
424 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5027  diguanylate cyclase  33.83 
 
 
422 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.750126  normal  0.244127 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3340  diguanylate cyclase  33.83 
 
 
422 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5257  diguanylate cyclase  33.99 
 
 
422 aa  223  7e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4956  diguanylate cyclase  36.09 
 
 
422 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.888162 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4436  diguanylate cyclase  33.66 
 
 
422 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  hitchhiker  0.000180692 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0238  diguanylate cyclase  33.68 
 
 
408 aa  204  2e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.146038  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0644  diguanylate cyclase  35.54 
 
 
422 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.596641  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  31.04 
 
 
409 aa  197  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  33.42 
 
 
422 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
681 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  26.7 
 
 
721 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  44.97 
 
 
614 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.46 
 
 
721 aa  126  7e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.1 
 
 
836 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.5 
 
 
682 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5036  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.13 
 
 
296 aa  120  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.62 
 
 
850 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.739626 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1219  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.07 
 
 
792 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1678  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.92 
 
 
612 aa  117  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2151  ammonium transporter  43.6 
 
 
611 aa  117  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4345  diguanylate cyclase  43.51 
 
 
613 aa  117  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.609147  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.85 
 
 
884 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  46.45 
 
 
1036 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1949  sensory box protein  39.2 
 
 
654 aa  116  7.999999999999999e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  42.77 
 
 
601 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3110  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.31 
 
 
347 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00186939  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  33.19 
 
 
623 aa  114  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0233  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  38.92 
 
 
513 aa  114  3e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4490  diguanylate cyclase  28.38 
 
 
590 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5814  diguanylate cyclase  28.38 
 
 
590 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.479896  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 
862 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3879  diguanylate cyclase  28.38 
 
 
590 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.47914  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2835  diguanylate cyclase  40.36 
 
 
231 aa  113  5e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.39 
 
 
1144 aa  113  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  41.48 
 
 
557 aa  113  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.49 
 
 
878 aa  113  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00150219 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.07 
 
 
874 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0490  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.33 
 
 
681 aa  113  8.000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.853397  normal  0.203863 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3057  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  42.07 
 
 
841 aa  113  8.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2092  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.62 
 
 
545 aa  113  8.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.403433  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  40.11 
 
 
641 aa  112  9e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  31.56 
 
 
604 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  38.27 
 
 
297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2111  diguanylate cyclase  42 
 
 
290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.672445  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00065  GGDEF/EAL domain protein  37.31 
 
 
814 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.35 
 
 
757 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.91 
 
 
972 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2797  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.6 
 
 
1020 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  39.76 
 
 
618 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3774  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.29 
 
 
1487 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.293426  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.21 
 
 
1020 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2993  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein, truncated  45.08 
 
 
139 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0213133  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.11 
 
 
537 aa  111  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369823  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.27 
 
 
794 aa  110  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.176969  normal  0.629284 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.42 
 
 
461 aa  111  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2753  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.6 
 
 
1009 aa  111  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.6 
 
 
1009 aa  111  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0279  GGDEF family protein  40.25 
 
 
457 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1500  sensory box protein  37.8 
 
 
998 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.6 
 
 
1015 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.6 
 
 
1015 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.595031 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7031  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.24 
 
 
1327 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153977  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  42.86 
 
 
715 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  41.48 
 
 
624 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1481  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.78 
 
 
949 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  29.78 
 
 
572 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.6 
 
 
1015 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3532  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
744 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.543005 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4974  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.96 
 
 
877 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.98 
 
 
631 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.76 
 
 
849 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.483333  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2203  PAS:GGDEF  39.13 
 
 
673 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.239318  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>