More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2993 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001637  EcDH1_1070  diguanylate cyclase  98.56 
 
 
407 aa  291  2e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0137194  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2993  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein, truncated  100 
 
 
139 aa  291  2e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0213133  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2888  hypothetical protein  98.56 
 
 
407 aa  291  2e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00499837  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02493  predicted diguanylate cyclase  97.84 
 
 
408 aa  288  2e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.196527  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1079  hypothetical protein  97.84 
 
 
408 aa  288  2e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2763  hypothetical protein  97.84 
 
 
407 aa  288  2e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000512321  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02457  hypothetical protein  97.84 
 
 
408 aa  288  2e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.150678  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2756  hypothetical protein  96.4 
 
 
407 aa  285  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0689329  decreased coverage  0.00382869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3843  hypothetical protein  96.4 
 
 
407 aa  283  8e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156897  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2886  hypothetical protein  76.47 
 
 
406 aa  229  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2888  hypothetical protein  77.21 
 
 
379 aa  229  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186144  normal  0.300292 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2817  hypothetical protein  76.47 
 
 
406 aa  229  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.890106  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3000  hypothetical protein  76.47 
 
 
379 aa  228  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2867  hypothetical protein  75.74 
 
 
379 aa  228  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00679598 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3083  diguanylate cyclase  60.74 
 
 
406 aa  181  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  45.08 
 
 
423 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0820  GGDEF domain-containing protein  42.31 
 
 
433 aa  97.1  7e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3616  diguanylate cyclase  42.31 
 
 
436 aa  97.1  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3487  GGDEF domain-containing protein  42.31 
 
 
425 aa  97.1  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.91 
 
 
757 aa  95.1  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  43.09 
 
 
423 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0257  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.55 
 
 
703 aa  93.2  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.84 
 
 
917 aa  92.8  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0673  diguanylate cyclase  44.35 
 
 
415 aa  92.8  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.685567 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05220  diguanylate cyclase  39.55 
 
 
501 aa  91.7  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.141837  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3585  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.28 
 
 
701 aa  91.7  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  41.6 
 
 
423 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  41.46 
 
 
423 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4673  hypothetical protein  46.03 
 
 
651 aa  90.1  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4696  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.52 
 
 
603 aa  90.1  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2447  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 
409 aa  88.2  3e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1010  putative response regulator  40.71 
 
 
628 aa  88.2  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0322  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.16 
 
 
1481 aa  88.2  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0210085 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.09 
 
 
921 aa  88.2  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.65 
 
 
592 aa  87.4  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0626  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.26 
 
 
856 aa  87.8  5e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49890  hypothetical protein  40.6 
 
 
435 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.943756 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53310  hypothetical protein  44.72 
 
 
681 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.615657 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0461  CBS/GGDEF/EAL domain-containing protein  42.62 
 
 
594 aa  87.4  6e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5422  sensory box/GGDEF family protein  38.58 
 
 
909 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.500636  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2766  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.84 
 
 
782 aa  86.7  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.793665  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.34 
 
 
1484 aa  86.7  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.978359  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3077  diguanylate cyclase  39.02 
 
 
437 aa  86.7  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.27291 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.02 
 
 
537 aa  86.3  1e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369823  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0256  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.17 
 
 
703 aa  86.7  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.31 
 
 
706 aa  86.3  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.15 
 
 
607 aa  86.7  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0979  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.59 
 
 
816 aa  86.7  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0813  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.83 
 
 
837 aa  86.3  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.461679  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  43.2 
 
 
930 aa  86.3  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0764  diguanylate cyclase  43.09 
 
 
424 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.52083  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4269  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.09 
 
 
706 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.10557 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4552  sensory box protein  41.41 
 
 
705 aa  85.9  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1641  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.64 
 
 
755 aa  85.5  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.130236 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.06 
 
 
909 aa  85.9  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2405  sensory box protein  39.37 
 
 
751 aa  85.9  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.547326  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4249  hypothetical protein  41.41 
 
 
434 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.09 
 
 
706 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.996105  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.09 
 
 
706 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4136  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.09 
 
 
706 aa  85.1  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3711  sensory box protein  40.46 
 
 
503 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0503901 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7611  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.59 
 
 
671 aa  85.1  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.837679  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.6 
 
 
719 aa  85.1  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357603 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2647  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  41.6 
 
 
658 aa  84.7  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.62 
 
 
706 aa  85.1  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 
310 aa  85.1  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.809417  hitchhiker  0.000987173 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3748  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.62 
 
 
706 aa  85.1  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2788  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.1 
 
 
572 aa  85.1  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000414241  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0089  diguanylate cyclase  38.17 
 
 
407 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.181863  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001930  sensory box/GGDEF family protein  39.52 
 
 
815 aa  85.1  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.84 
 
 
783 aa  84.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.16 
 
 
664 aa  84.3  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3580  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.28 
 
 
873 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.16 
 
 
664 aa  84.3  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.52 
 
 
823 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.655002 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
1144 aa  84.7  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.16 
 
 
664 aa  84.3  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.06 
 
 
906 aa  84.3  5e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3569  sensory box protein  35.83 
 
 
1071 aa  84.3  5e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.16 
 
 
664 aa  84.3  5e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5528  sensory box/GGDEF family protein  39.06 
 
 
909 aa  84.3  5e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.024998  hitchhiker  0.000000585102 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6017  PAS:GGDEF  35 
 
 
671 aa  84.3  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3276  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.94 
 
 
615 aa  84.3  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.84 
 
 
407 aa  84  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2835  diguanylate cyclase  40.16 
 
 
231 aa  84  6e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1286  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.52 
 
 
706 aa  84  6e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.780244 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
1030 aa  84  6e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4983  sensory box/GGDEF family protein  38.28 
 
 
909 aa  83.6  7e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  35.66 
 
 
1057 aa  84  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00559  signal transduction protein  37.5 
 
 
815 aa  83.6  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3543  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.31 
 
 
659 aa  84  7e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.98 
 
 
761 aa  83.6  8e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.67 
 
 
830 aa  83.6  8e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0553  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.17 
 
 
699 aa  83.6  8e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0141  sensory box protein  38.1 
 
 
1077 aa  83.6  9e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.69 
 
 
738 aa  83.6  9e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.127866 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  41.54 
 
 
814 aa  83.6  9e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1138  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  39.84 
 
 
756 aa  83.6  9e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0305477  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.59 
 
 
714 aa  83.6  9e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1618  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.83 
 
 
315 aa  83.6  9e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.465864  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>