More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2245 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2245  diguanylate cyclase  100 
 
 		 426 aa  851    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.310334 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2222  GGDEF  69.73 
 
 		 424 aa  523  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49890  hypothetical protein  55.31 
 
 		 435 aa  420  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.943756 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4249  hypothetical protein  55.06 
 
 		 434 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0692  diguanylate cyclase  51.68 
 
 		 422 aa  385  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0764  diguanylate cyclase  51.36 
 
 		 424 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.52083  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  51.33 
 
 		 423 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  51.33 
 
 		 423 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  51.33 
 
 		 423 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0673  diguanylate cyclase  49.5 
 
 		 415 aa  365  1e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.685567 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3616  diguanylate cyclase  46.32 
 
 		 436 aa  364  2e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0820  GGDEF domain-containing protein  46.32 
 
 		 433 aa  364  2e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3487  GGDEF domain-containing protein  46.53 
 
 		 425 aa  363  3e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5027  diguanylate cyclase  48.91 
 
 		 422 aa  351  1e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.750126  normal  0.244127 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3340  diguanylate cyclase  48.91 
 
 		 422 aa  351  1e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5257  diguanylate cyclase  48.67 
 
 		 422 aa  350  4e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0644  diguanylate cyclase  50 
 
 		 422 aa  348  1e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.596641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4956  diguanylate cyclase  49.27 
 
 		 422 aa  346  6e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.888162 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4436  diguanylate cyclase  50 
 
 		 422 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  hitchhiker  0.000180692 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  48.79 
 
 		 422 aa  320  3e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  42.75 
 
 		 409 aa  275  8e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0238  diguanylate cyclase  40.92 
 
 		 408 aa  251  2e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.146038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 423 aa  238  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3843  hypothetical protein  34.66 
 
 		 407 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2756  hypothetical protein  34.66 
 
 		 407 aa  233  6e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0689329  decreased coverage  0.00382869 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1070  diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 407 aa  231  2e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0137194  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2763  hypothetical protein  34.41 
 
 		 407 aa  231  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000512321  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2888  hypothetical protein  34.41 
 
 		 407 aa  231  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00499837  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02493  predicted diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 408 aa  231  3e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.196527  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02457  hypothetical protein  34.41 
 
 		 408 aa  231  3e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.150678  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1079  hypothetical protein  34.41 
 
 		 408 aa  231  3e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2886  hypothetical protein  35.81 
 
 		 406 aa  219  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2817  hypothetical protein  35.81 
 
 		 406 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.890106  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2867  hypothetical protein  36.13 
 
 		 379 aa  213  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00679598 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3083  diguanylate cyclase  34.61 
 
 		 406 aa  211  3e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2888  hypothetical protein  36.41 
 
 		 379 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186144  normal  0.300292 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3000  hypothetical protein  36.69 
 
 		 379 aa  203  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 572 aa  152  8e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 604 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2534  sensory box/response regulator  47.83 
 
 		 452 aa  147  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.36 
 
 		 682 aa  147  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 565 aa  145  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 603 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.48 
 
 		 696 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  45.73 
 
 		 892 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  45.73 
 
 		 892 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  45.73 
 
 		 892 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.48 
 
 		 696 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  45.73 
 
 		 735 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  45.73 
 
 		 892 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.36 
 
 		 319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  45.73 
 
 		 604 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.77 
 
 		 891 aa  140  4.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 604 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.87 
 
 		 681 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 614 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1183  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.94 
 
 		 722 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1311  hypothetical protein  44.03 
 
 		 792 aa  139  1e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1308  hypothetical protein  44.03 
 
 		 792 aa  139  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4158  diguanylate cyclase  38.84 
 
 		 649 aa  139  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.870155  normal  0.271744 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.02 
 
 		 461 aa  138  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.9 
 
 		 892 aa  138  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3319  sensory box protein  41.9 
 
 		 733 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0669106 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  44.51 
 
 		 892 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2332  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  41.62 
 
 		 884 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.82 
 
 		 633 aa  137  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50.33 
 
 		 919 aa  137  4e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  43.29 
 
 		 814 aa  137  5e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.08 
 
 		 921 aa  136  7.000000000000001e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  43.29 
 
 		 735 aa  136  8e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0495  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.75 
 
 		 907 aa  136  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.128556 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.11 
 
 		 359 aa  136  9e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.454902  normal  0.027524 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0508  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.18 
 
 		 917 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0729931 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  48.77 
 
 		 517 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.18 
 
 		 1147 aa  135  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.6 
 
 		 689 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0929  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 464 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.240329 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 480 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.339991  normal  0.187596 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  41.38 
 
 		 429 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.62 
 
 		 1094 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.98 
 
 		 1027 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3776  diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 427 aa  134  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0588  hypothetical protein  43.93 
 
 		 903 aa  134  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31 
 
 		 721 aa  134  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.06 
 
 		 757 aa  134  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.39 
 
 		 863 aa  134  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.213956  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  31 
 
 		 721 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4389  diguanylate cyclase  40.18 
 
 		 594 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162634 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.44 
 
 		 905 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3727  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.2 
 
 		 748 aa  133  5e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.33 
 
 		 790 aa  133  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.252746  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.13 
 
 		 583 aa  133  6e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2044  sensory box/GGDEF family protein  42.86 
 
 		 762 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.57 
 
 		 827 aa  133  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  46.41 
 
 		 1494 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.41 
 
 		 1486 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  40.57 
 
 		 955 aa  133  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0894  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.61 
 
 		 482 aa  132  9e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.156047 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 737 aa  132  9e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.53 
 
 		 494 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464201 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>