More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0764 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  84.25 
 
 		 423 aa  700    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  85.2 
 
 		 423 aa  706    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  84.73 
 
 		 423 aa  701    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0764  diguanylate cyclase  100 
 
 		 424 aa  853    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.52083  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0692  diguanylate cyclase  66.19 
 
 		 422 aa  548  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49890  hypothetical protein  58.5 
 
 		 435 aa  472  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.943756 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4249  hypothetical protein  58.21 
 
 		 434 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0673  diguanylate cyclase  56.42 
 
 		 415 aa  447  1.0000000000000001e-124  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.685567 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3487  GGDEF domain-containing protein  57.18 
 
 		 425 aa  437  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3616  diguanylate cyclase  57.18 
 
 		 436 aa  438  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0820  GGDEF domain-containing protein  57.18 
 
 		 433 aa  437  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5027  diguanylate cyclase  52.32 
 
 		 422 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.750126  normal  0.244127 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3340  diguanylate cyclase  52.32 
 
 		 422 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5257  diguanylate cyclase  52.32 
 
 		 422 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2245  diguanylate cyclase  51.36 
 
 		 426 aa  375  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.310334 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4956  diguanylate cyclase  52.24 
 
 		 422 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.888162 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4436  diguanylate cyclase  52.74 
 
 		 422 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  hitchhiker  0.000180692 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2222  GGDEF  52.7 
 
 		 424 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0644  diguanylate cyclase  51.7 
 
 		 422 aa  351  2e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.596641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  52.37 
 
 		 422 aa  331  2e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  45.5 
 
 		 409 aa  309  6.999999999999999e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0238  diguanylate cyclase  39.85 
 
 		 408 aa  267  2.9999999999999995e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.146038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  36.66 
 
 		 423 aa  241  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2756  hypothetical protein  36.62 
 
 		 407 aa  230  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0689329  decreased coverage  0.00382869 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02493  predicted diguanylate cyclase  37.03 
 
 		 408 aa  229  9e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.196527  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02457  hypothetical protein  37.03 
 
 		 408 aa  229  9e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.150678  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1079  hypothetical protein  37.03 
 
 		 408 aa  229  9e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1070  diguanylate cyclase  37.03 
 
 		 407 aa  229  1e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0137194  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2763  hypothetical protein  37.03 
 
 		 407 aa  229  1e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000512321  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2888  hypothetical protein  37.03 
 
 		 407 aa  229  1e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00499837  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3843  hypothetical protein  36.62 
 
 		 407 aa  227  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2886  hypothetical protein  36.46 
 
 		 406 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2817  hypothetical protein  36.46 
 
 		 406 aa  224  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.890106  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2867  hypothetical protein  36.63 
 
 		 379 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00679598 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3083  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 406 aa  219  5e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3000  hypothetical protein  36.9 
 
 		 379 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2888  hypothetical protein  36.63 
 
 		 379 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186144  normal  0.300292 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  46.67 
 
 		 1245 aa  159  7e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  52.69 
 
 		 1244 aa  159  8e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 		 703 aa  157  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  46.15 
 
 		 1245 aa  157  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 565 aa  156  9e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.76 
 
 		 827 aa  155  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.33 
 
 		 768 aa  155  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50 
 
 		 1094 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  41 
 
 		 572 aa  155  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  47.13 
 
 		 557 aa  153  7e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.7 
 
 		 1247 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.19 
 
 		 947 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2534  sensory box/response regulator  45.45 
 
 		 452 aa  151  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.15 
 
 		 1247 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.88 
 
 		 556 aa  150  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 604 aa  150  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.99 
 
 		 689 aa  150  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0054  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.06 
 
 		 467 aa  150  6e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  45.29 
 
 		 759 aa  149  7e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.59 
 
 		 860 aa  149  7e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.43 
 
 		 648 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.45 
 
 		 705 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.44 
 
 		 1212 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.82 
 
 		 1109 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1183  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.09 
 
 		 722 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  45.05 
 
 		 1247 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.05 
 
 		 1247 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  47.88 
 
 		 863 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.213956  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.12 
 
 		 568 aa  147  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252669 
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  44.13 
 
 		 578 aa  147  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2393  signal transduction protein  38.01 
 
 		 817 aa  146  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.512634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.27 
 
 		 718 aa  146  5e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  49.04 
 
 		 799 aa  146  6e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 737 aa  146  6e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3445  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.17 
 
 		 1094 aa  146  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1641  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.83 
 
 		 755 aa  146  7.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.130236 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2057  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.41 
 
 		 699 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.19 
 
 		 1248 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 882 aa  146  9e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.04 
 
 		 1144 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.85 
 
 		 699 aa  145  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 432 aa  145  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2193  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 1196 aa  144  2e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.941342  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.06 
 
 		 681 aa  144  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  43.1 
 
 		 944 aa  144  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  43.32 
 
 		 873 aa  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.86 
 
 		 698 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.330245  normal  0.58075 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1605  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.85 
 
 		 688 aa  144  2e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0013251  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.47 
 
 		 494 aa  145  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.27 
 
 		 499 aa  145  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462189  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  46.06 
 
 		 873 aa  144  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0495  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.8 
 
 		 907 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.128556 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.31 
 
 		 714 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.95 
 
 		 738 aa  144  3e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.127866 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0508  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.8 
 
 		 917 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0729931 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.8 
 
 		 951 aa  144  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000925868 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  39.73 
 
 		 604 aa  144  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  49.68 
 
 		 523 aa  144  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0304  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.05 
 
 		 806 aa  144  4e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.318704  normal  0.0663849 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  44.25 
 
 		 1141 aa  144  4e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.66 
 
 		 862 aa  144  4e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  39.3 
 
 		 1006 aa  144  4e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.96 
 
 		 1504 aa  143  5e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>