More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A2886 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011149  SeAg_B2817  hypothetical protein  99.75 
 
 		 406 aa  829    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.890106  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3000  hypothetical protein  99.47 
 
 		 379 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2867  hypothetical protein  99.21 
 
 		 379 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00679598 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2886  hypothetical protein  100 
 
 		 406 aa  831    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2888  hypothetical protein  99.74 
 
 		 379 aa  778    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186144  normal  0.300292 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02493  predicted diguanylate cyclase  75.25 
 
 		 408 aa  630  1e-179  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.196527  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1070  diguanylate cyclase  75.25 
 
 		 407 aa  630  1e-179  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0137194  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2888  hypothetical protein  75.25 
 
 		 407 aa  630  1e-179  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00499837  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2763  hypothetical protein  75.25 
 
 		 407 aa  629  1e-179  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000512321  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1079  hypothetical protein  75.25 
 
 		 408 aa  630  1e-179  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02457  hypothetical protein  75.25 
 
 		 408 aa  630  1e-179  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.150678  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2756  hypothetical protein  74.5 
 
 		 407 aa  624  1e-178  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0689329  decreased coverage  0.00382869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3843  hypothetical protein  74.5 
 
 		 407 aa  624  1e-177  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3083  diguanylate cyclase  69.98 
 
 		 406 aa  570  1e-161  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  45.15 
 
 		 423 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0673  diguanylate cyclase  37.15 
 
 		 415 aa  271  1e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.685567 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3487  GGDEF domain-containing protein  37.53 
 
 		 425 aa  267  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0820  GGDEF domain-containing protein  37.53 
 
 		 433 aa  267  2e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3616  diguanylate cyclase  37.53 
 
 		 436 aa  268  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49890  hypothetical protein  37.68 
 
 		 435 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.943756 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4249  hypothetical protein  37.16 
 
 		 434 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0692  diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 422 aa  241  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 423 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 423 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  36.2 
 
 		 423 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2993  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein, truncated  76.47 
 
 		 139 aa  229  6e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0213133  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0764  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 424 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.52083  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2245  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 426 aa  220  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.310334 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3340  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 422 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5027  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 422 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.750126  normal  0.244127 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5257  diguanylate cyclase  35.7 
 
 		 422 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4956  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 422 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.888162 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4436  diguanylate cyclase  36 
 
 		 422 aa  209  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  hitchhiker  0.000180692 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2222  GGDEF  35.88 
 
 		 424 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0644  diguanylate cyclase  35.1 
 
 		 422 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.596641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  35.95 
 
 		 409 aa  189  9e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  35.86 
 
 		 422 aa  189  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0238  diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 408 aa  177  4e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.146038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.1 
 
 		 721 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  28.36 
 
 		 721 aa  123  5e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.21 
 
 		 729 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.52 
 
 		 682 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.14 
 
 		 757 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05220  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 501 aa  114  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.141837  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.72 
 
 		 537 aa  114  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369823  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3484  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.56 
 
 		 717 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.049586 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53310  hypothetical protein  46.99 
 
 		 681 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.615657 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.42 
 
 		 742 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0534462  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0626  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.87 
 
 		 856 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.82 
 
 		 884 aa  110  3e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5814  diguanylate cyclase  33.18 
 
 		 590 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.479896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0257  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.99 
 
 		 703 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3879  diguanylate cyclase  33.18 
 
 		 590 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.47914  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4490  diguanylate cyclase  33.18 
 
 		 590 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0256  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.26 
 
 		 703 aa  108  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3523  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.86 
 
 		 872 aa  107  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.738639 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.49 
 
 		 850 aa  107  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.739626 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5422  sensory box/GGDEF family protein  40.65 
 
 		 909 aa  107  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.500636  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 614 aa  107  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5528  sensory box/GGDEF family protein  40.38 
 
 		 909 aa  106  6e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.024998  hitchhiker  0.000000585102 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 882 aa  106  6e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  40.85 
 
 		 892 aa  106  7e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  37.88 
 
 		 921 aa  106  7e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4471  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 505 aa  106  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.896589  normal  0.717977 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.77 
 
 		 921 aa  106  8e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.88 
 
 		 1785 aa  106  8e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0203  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.56 
 
 		 718 aa  105  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5477  sensory box/GGDEF family protein  39.74 
 
 		 909 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5426  sensory box/GGDEF family protein  39.74 
 
 		 909 aa  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.35 
 
 		 1101 aa  105  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 604 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4552  sensory box protein  40.49 
 
 		 705 aa  104  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5151  sensory box/GGDEF family protein  39.74 
 
 		 909 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.954767  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3580  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.69 
 
 		 873 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5543  sensory box/GGDEF family protein  39.74 
 
 		 909 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.129042  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.74 
 
 		 909 aa  105  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3748  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.88 
 
 		 706 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.88 
 
 		 706 aa  105  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  39.76 
 
 		 814 aa  104  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0256  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.62 
 
 		 653 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4983  sensory box/GGDEF family protein  39.1 
 
 		 909 aa  104  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.62 
 
 		 706 aa  104  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.13 
 
 		 1144 aa  104  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.4 
 
 		 842 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.223359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.25 
 
 		 706 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3545  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.06 
 
 		 569 aa  104  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4673  hypothetical protein  43.45 
 
 		 651 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4136  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.25 
 
 		 706 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0233  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  36.55 
 
 		 513 aa  103  5e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5392  sensory box/GGDEF family protein  39.1 
 
 		 909 aa  103  5e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.98335e-28 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.75 
 
 		 714 aa  103  5e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6017  PAS:GGDEF  36.46 
 
 		 671 aa  103  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0228  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.5 
 
 		 653 aa  103  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5001  sensory box/GGDEF family protein  39.1 
 
 		 909 aa  103  7e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.129859  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.92 
 
 		 849 aa  103  7e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.483333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4389  diguanylate cyclase  34.82 
 
 		 594 aa  103  7e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162634 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4269  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.25 
 
 		 706 aa  103  7e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.10557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.25 
 
 		 706 aa  103  7e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.996105  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3414  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 444 aa  103  7e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  39.76 
 
 		 604 aa  103  8e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>