More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4534 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  100 
 
 		 423 aa  847    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  98.58 
 
 		 423 aa  836    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0764  diguanylate cyclase  84.73 
 
 		 424 aa  705    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.52083  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  95.04 
 
 		 423 aa  786    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0692  diguanylate cyclase  65.55 
 
 		 422 aa  542  1e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49890  hypothetical protein  60.6 
 
 		 435 aa  478  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.943756 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4249  hypothetical protein  59.27 
 
 		 434 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0673  diguanylate cyclase  57.56 
 
 		 415 aa  459  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.685567 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0820  GGDEF domain-containing protein  55.28 
 
 		 433 aa  429  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3616  diguanylate cyclase  55.28 
 
 		 436 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3487  GGDEF domain-containing protein  55.28 
 
 		 425 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5257  diguanylate cyclase  51.09 
 
 		 422 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5027  diguanylate cyclase  50.61 
 
 		 422 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.750126  normal  0.244127 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3340  diguanylate cyclase  50.61 
 
 		 422 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4956  diguanylate cyclase  52.1 
 
 		 422 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.888162 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4436  diguanylate cyclase  52.35 
 
 		 422 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  hitchhiker  0.000180692 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2245  diguanylate cyclase  51.33 
 
 		 426 aa  377  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.310334 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0644  diguanylate cyclase  51.23 
 
 		 422 aa  358  9e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.596641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2222  GGDEF  51.69 
 
 		 424 aa  356  5e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  51.24 
 
 		 422 aa  333  3e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 409 aa  296  5e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0238  diguanylate cyclase  38.96 
 
 		 408 aa  270  4e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.146038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  37.15 
 
 		 423 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2756  hypothetical protein  35.53 
 
 		 407 aa  233  6e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0689329  decreased coverage  0.00382869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3843  hypothetical protein  35.79 
 
 		 407 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156897  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02493  predicted diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 408 aa  232  1e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.196527  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1070  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 407 aa  232  1e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0137194  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02457  hypothetical protein  35.53 
 
 		 408 aa  232  1e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.150678  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1079  hypothetical protein  35.53 
 
 		 408 aa  232  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2763  hypothetical protein  35.53 
 
 		 407 aa  232  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000512321  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2888  hypothetical protein  35.53 
 
 		 407 aa  232  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00499837  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3083  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 406 aa  223  4.9999999999999996e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2886  hypothetical protein  36.04 
 
 		 406 aa  222  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2817  hypothetical protein  36.04 
 
 		 406 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.890106  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2867  hypothetical protein  35.66 
 
 		 379 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00679598 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3000  hypothetical protein  36.19 
 
 		 379 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2888  hypothetical protein  35.92 
 
 		 379 aa  211  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186144  normal  0.300292 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.46 
 
 		 827 aa  166  8e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.92 
 
 		 703 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  39.92 
 
 		 565 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 572 aa  162  9e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  50 
 
 		 1245 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.8 
 
 		 556 aa  161  3e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  50 
 
 		 1245 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0304  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.51 
 
 		 806 aa  160  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.318704  normal  0.0663849 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  51.85 
 
 		 1094 aa  160  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.3 
 
 		 494 aa  159  7e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.82 
 
 		 1244 aa  159  8e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 604 aa  159  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.13 
 
 		 947 aa  158  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  29.44 
 
 		 721 aa  157  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0029  hypothetical protein  39.81 
 
 		 976 aa  157  3e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.33 
 
 		 768 aa  157  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.67 
 
 		 699 aa  156  7e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1605  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.02 
 
 		 688 aa  155  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0013251  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.55 
 
 		 1109 aa  155  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.45 
 
 		 689 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  41.44 
 
 		 863 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.213956  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.82 
 
 		 1247 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 432 aa  155  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1183  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.29 
 
 		 722 aa  154  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.02 
 
 		 1107 aa  154  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05220  diguanylate cyclase  47.17 
 
 		 501 aa  154  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.141837  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.29 
 
 		 1144 aa  154  4e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.24 
 
 		 1247 aa  154  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.78 
 
 		 855 aa  153  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  46.11 
 
 		 799 aa  153  5e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  50 
 
 		 523 aa  153  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.05 
 
 		 696 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  42.53 
 
 		 862 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.05 
 
 		 696 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2193  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 1196 aa  152  7e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.941342  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0030  hypothetical protein  38.89 
 
 		 976 aa  152  7e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  43.78 
 
 		 921 aa  152  8e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.43 
 
 		 840 aa  152  8e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  46.86 
 
 		 759 aa  152  8e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  47.65 
 
 		 1247 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.65 
 
 		 1247 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  44.09 
 
 		 892 aa  152  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0054  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.06 
 
 		 467 aa  152  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.4 
 
 		 738 aa  152  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.127866 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 737 aa  152  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  44.09 
 
 		 814 aa  152  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.93 
 
 		 705 aa  152  1e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.46 
 
 		 721 aa  152  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 604 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2044  sensory box/GGDEF family protein  40.97 
 
 		 762 aa  151  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1806  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.68 
 
 		 574 aa  151  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.55767  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  44.09 
 
 		 735 aa  151  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  45.16 
 
 		 517 aa  151  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3380  GGDEF domain-containing protein  36.3 
 
 		 1479 aa  151  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.35 
 
 		 1264 aa  150  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.24 
 
 		 568 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.93 
 
 		 718 aa  150  4e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.85 
 
 		 714 aa  150  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.9 
 
 		 891 aa  150  4e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  43.58 
 
 		 892 aa  150  5e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0081  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.83 
 
 		 804 aa  150  5e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.03 
 
 		 712 aa  150  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  43.58 
 
 		 604 aa  150  6e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>