More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2756 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02493  predicted diguanylate cyclase  98.28 
 
 		 408 aa  827    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.196527  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1070  diguanylate cyclase  98.77 
 
 		 407 aa  832    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0137194  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02457  hypothetical protein  98.28 
 
 		 408 aa  827    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.150678  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2763  hypothetical protein  98.28 
 
 		 407 aa  827    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000512321  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2888  hypothetical protein  98.77 
 
 		 407 aa  832    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00499837  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3843  hypothetical protein  97.79 
 
 		 407 aa  821    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2756  hypothetical protein  100 
 
 		 407 aa  842    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0689329  decreased coverage  0.00382869 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1079  hypothetical protein  98.28 
 
 		 408 aa  827    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2817  hypothetical protein  74.5 
 
 		 406 aa  609  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.890106  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2886  hypothetical protein  74.5 
 
 		 406 aa  608  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2867  hypothetical protein  76.06 
 
 		 379 aa  597  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00679598 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2888  hypothetical protein  76.33 
 
 		 379 aa  582  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186144  normal  0.300292 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3000  hypothetical protein  76.06 
 
 		 379 aa  581  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3083  diguanylate cyclase  65.51 
 
 		 406 aa  534  1e-150  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  45.36 
 
 		 423 aa  336  3.9999999999999995e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2993  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein, truncated  96.4 
 
 		 139 aa  285  8e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0213133  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0673  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 415 aa  269  8e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.685567 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3487  GGDEF domain-containing protein  36.52 
 
 		 425 aa  269  8e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3616  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 436 aa  268  8.999999999999999e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0820  GGDEF domain-containing protein  36.52 
 
 		 433 aa  268  8.999999999999999e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49890  hypothetical protein  39.34 
 
 		 435 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.943756 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4249  hypothetical protein  38.83 
 
 		 434 aa  260  3e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 423 aa  229  8e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  35.61 
 
 		 423 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 423 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2245  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 426 aa  224  3e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.310334 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0764  diguanylate cyclase  36.62 
 
 		 424 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.52083  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0692  diguanylate cyclase  34.61 
 
 		 422 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5027  diguanylate cyclase  33.17 
 
 		 422 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.750126  normal  0.244127 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3340  diguanylate cyclase  33.17 
 
 		 422 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5257  diguanylate cyclase  33.42 
 
 		 422 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4956  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 422 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.888162 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4436  diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 422 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  hitchhiker  0.000180692 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2222  GGDEF  35.28 
 
 		 424 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0644  diguanylate cyclase  33.59 
 
 		 422 aa  192  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.596641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 422 aa  176  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  31.17 
 
 		 409 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0238  diguanylate cyclase  31.81 
 
 		 408 aa  172  1e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.146038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.99 
 
 		 682 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05220  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 501 aa  114  4.0000000000000004e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.141837  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.79 
 
 		 703 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4673  hypothetical protein  44.05 
 
 		 651 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.36 
 
 		 729 aa  113  7.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.68 
 
 		 721 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  29.82 
 
 		 721 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53310  hypothetical protein  43.03 
 
 		 681 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.615657 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.37 
 
 		 884 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0626  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.3 
 
 		 856 aa  109  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.13 
 
 		 757 aa  108  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3523  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.82 
 
 		 872 aa  108  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.738639 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3484  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.49 
 
 		 717 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.049586 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.18 
 
 		 742 aa  107  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0534462  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  39.66 
 
 		 892 aa  106  7e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  39.66 
 
 		 814 aa  106  7e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  39.66 
 
 		 892 aa  106  8e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  39.66 
 
 		 892 aa  106  8e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  39.66 
 
 		 892 aa  106  8e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  39.66 
 
 		 735 aa  106  9e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.91 
 
 		 681 aa  106  9e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.86 
 
 		 642 aa  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.376143  normal  0.346331 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1010  putative response regulator  39.46 
 
 		 628 aa  105  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2447  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.17 
 
 		 409 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  37.79 
 
 		 892 aa  105  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.06 
 
 		 537 aa  105  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0322  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.51 
 
 		 1481 aa  105  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0210085 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3580  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.85 
 
 		 873 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.04 
 
 		 921 aa  104  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1678  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.14 
 
 		 612 aa  104  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2534  sensory box/response regulator  38.16 
 
 		 452 aa  104  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  39.08 
 
 		 735 aa  104  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3414  diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 444 aa  103  5e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4471  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 505 aa  103  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.896589  normal  0.717977 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.76 
 
 		 892 aa  103  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  37.79 
 
 		 604 aa  103  6e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0257  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.75 
 
 		 703 aa  103  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.29 
 
 		 783 aa  103  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1163  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.37 
 
 		 731 aa  102  8e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.8 
 
 		 1101 aa  103  8e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.21 
 
 		 715 aa  102  9e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3711  sensory box protein  41.36 
 
 		 503 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0503901 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05442  hypothetical protein  37.28 
 
 		 539 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.75 
 
 		 592 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  38.31 
 
 		 921 aa  102  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.12 
 
 		 738 aa  101  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.127866 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2647  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  38.32 
 
 		 658 aa  101  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2835  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 231 aa  102  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2766  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.85 
 
 		 782 aa  102  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.793665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4269  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.37 
 
 		 706 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.10557 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0318  diguanylate cyclase  36.91 
 
 		 350 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.32 
 
 		 607 aa  102  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3276  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.55 
 
 		 615 aa  102  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5422  sensory box/GGDEF family protein  38.71 
 
 		 909 aa  102  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.500636  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0128  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 636 aa  101  3e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.308364  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1481  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.52 
 
 		 949 aa  100  3e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4696  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.86 
 
 		 603 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.13 
 
 		 706 aa  100  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.27 
 
 		 1484 aa  100  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.978359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3585  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.89 
 
 		 701 aa  100  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3748  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.13 
 
 		 706 aa  100  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.13 
 
 		 706 aa  100  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>