More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4956 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_5027  diguanylate cyclase  86.02 
 
 
422 aa  697    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.750126  normal  0.244127 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4436  diguanylate cyclase  98.82 
 
 
422 aa  832    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  hitchhiker  0.000180692 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4956  diguanylate cyclase  100 
 
 
422 aa  840    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.888162 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3340  diguanylate cyclase  86.02 
 
 
422 aa  697    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0644  diguanylate cyclase  87.14 
 
 
422 aa  650    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.596641  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5257  diguanylate cyclase  86.73 
 
 
422 aa  703    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  83.33 
 
 
422 aa  588  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0673  diguanylate cyclase  53.37 
 
 
415 aa  410  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.685567 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0692  diguanylate cyclase  53.37 
 
 
422 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4249  hypothetical protein  52.37 
 
 
434 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  51.96 
 
 
423 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  51.96 
 
 
423 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  51.97 
 
 
423 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49890  hypothetical protein  52.37 
 
 
435 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.943756 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0764  diguanylate cyclase  52.24 
 
 
424 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.52083  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0820  GGDEF domain-containing protein  48.47 
 
 
433 aa  368  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3616  diguanylate cyclase  48.47 
 
 
436 aa  368  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3487  GGDEF domain-containing protein  48.47 
 
 
425 aa  367  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2245  diguanylate cyclase  49.15 
 
 
426 aa  360  4e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.310334 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2222  GGDEF  48.76 
 
 
424 aa  331  1e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  44.78 
 
 
409 aa  280  5e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0238  diguanylate cyclase  38.73 
 
 
408 aa  242  1e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.146038  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  34.4 
 
 
423 aa  222  8e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02493  predicted diguanylate cyclase  34.25 
 
 
408 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.196527  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1070  diguanylate cyclase  34.25 
 
 
407 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0137194  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02457  hypothetical protein  34.25 
 
 
408 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.150678  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2888  hypothetical protein  34.25 
 
 
407 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00499837  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1079  hypothetical protein  34.25 
 
 
408 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2763  hypothetical protein  34.25 
 
 
407 aa  221  3e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000512321  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2756  hypothetical protein  33.67 
 
 
407 aa  220  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0689329  decreased coverage  0.00382869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3843  hypothetical protein  33.67 
 
 
407 aa  219  8.999999999999998e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156897  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2867  hypothetical protein  36.68 
 
 
379 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00679598 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2886  hypothetical protein  35.35 
 
 
406 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2817  hypothetical protein  35.35 
 
 
406 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.890106  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3083  diguanylate cyclase  33.17 
 
 
406 aa  204  2e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2888  hypothetical protein  36.14 
 
 
379 aa  203  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186144  normal  0.300292 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3000  hypothetical protein  36.14 
 
 
379 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  33.6 
 
 
721 aa  168  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.63 
 
 
721 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.93 
 
 
681 aa  156  8e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  46.67 
 
 
814 aa  154  2e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.22 
 
 
682 aa  154  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  46.67 
 
 
735 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.09 
 
 
499 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462189  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  45.78 
 
 
892 aa  152  7e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.39 
 
 
892 aa  152  8e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  39 
 
 
572 aa  151  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.66 
 
 
1147 aa  149  7e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.18 
 
 
1247 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.78 
 
 
1247 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  46.06 
 
 
604 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.44 
 
 
703 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  44.58 
 
 
1247 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.58 
 
 
1247 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.83 
 
 
461 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  45.78 
 
 
892 aa  145  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  45.78 
 
 
892 aa  145  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  46.06 
 
 
735 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53310  hypothetical protein  51.28 
 
 
681 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.615657 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  45.78 
 
 
892 aa  145  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4673  hypothetical protein  51.92 
 
 
651 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  45.78 
 
 
892 aa  145  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3445  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50 
 
 
1094 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.44 
 
 
1109 aa  143  5e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.91 
 
 
754 aa  143  5e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.17 
 
 
947 aa  142  8e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.59 
 
 
802 aa  142  9e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  44.74 
 
 
565 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.25 
 
 
1212 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.02 
 
 
891 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  45.18 
 
 
1245 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  45.18 
 
 
1245 aa  141  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.7 
 
 
954 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.11 
 
 
768 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.43 
 
 
720 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.559949  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.77 
 
 
1244 aa  140  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.25 
 
 
844 aa  139  7e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.24 
 
 
1059 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.84 
 
 
1094 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  40.56 
 
 
557 aa  138  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6173  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.83 
 
 
837 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2728  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.9 
 
 
858 aa  138  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5944  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.83 
 
 
745 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  42.49 
 
 
603 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.58 
 
 
1020 aa  138  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.1 
 
 
699 aa  138  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  34.21 
 
 
873 aa  138  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.28 
 
 
1144 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.58 
 
 
1006 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0322  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
1481 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0210085 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.4 
 
 
1264 aa  137  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.75 
 
 
757 aa  137  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.3 
 
 
1027 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1605  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.17 
 
 
688 aa  137  5e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0013251  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.42 
 
 
556 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  41.92 
 
 
737 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.98 
 
 
1248 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2332  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  41.57 
 
 
884 aa  136  8e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44 
 
 
876 aa  136  9e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.51 
 
 
571 aa  135  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>