More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5950 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_4490  diguanylate cyclase  62.85 
 
 
590 aa  703    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4158  diguanylate cyclase  61.57 
 
 
649 aa  669    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.870155  normal  0.271744 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5814  diguanylate cyclase  62.67 
 
 
590 aa  701    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.479896  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  100 
 
 
604 aa  1225    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3925  diguanylate cyclase  62.09 
 
 
594 aa  684    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1361  diguanylate cyclase  60.87 
 
 
598 aa  681    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0181036 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  71.03 
 
 
603 aa  857    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4389  diguanylate cyclase  62.43 
 
 
594 aa  694    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162634 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  88.08 
 
 
604 aa  1061    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3879  diguanylate cyclase  62.85 
 
 
590 aa  703    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.47914  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  42.71 
 
 
572 aa  479  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  42.5 
 
 
565 aa  438  1e-121  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  37.4 
 
 
921 aa  176  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  38.11 
 
 
721 aa  168  2.9999999999999998e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0663  putative sensory box/response regulator  42.42 
 
 
717 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.65 
 
 
891 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.88 
 
 
770 aa  163  7e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000215856  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0692  diguanylate cyclase  34.21 
 
 
422 aa  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 
423 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3385  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.95 
 
 
677 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.093446  hitchhiker  0.00322897 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  41.09 
 
 
892 aa  162  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.3 
 
 
721 aa  162  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  39.84 
 
 
423 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  41.23 
 
 
685 aa  162  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.98 
 
 
1508 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.98 
 
 
1508 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.98 
 
 
1508 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.98 
 
 
1508 aa  161  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4985  sensory box protein  40.91 
 
 
1534 aa  160  7e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.62 
 
 
954 aa  160  8e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  40.1 
 
 
814 aa  159  9e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  42.47 
 
 
892 aa  159  1e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.07 
 
 
1514 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.07 
 
 
1514 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.73 
 
 
965 aa  159  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  41.94 
 
 
892 aa  159  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  41.94 
 
 
892 aa  159  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  39.43 
 
 
423 aa  159  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  40.28 
 
 
685 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  41.94 
 
 
892 aa  159  2e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  41.58 
 
 
735 aa  159  2e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.74 
 
 
677 aa  158  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.992425  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  40.59 
 
 
735 aa  158  3e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  48.31 
 
 
1245 aa  158  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.75 
 
 
699 aa  157  4e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.7 
 
 
882 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.212751  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3557  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.74 
 
 
677 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.026762  decreased coverage  0.00000188852 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.08 
 
 
643 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  43.89 
 
 
759 aa  157  6e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.71 
 
 
802 aa  157  6e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1933  sensory box protein  44.12 
 
 
692 aa  157  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0364295  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  41.58 
 
 
604 aa  157  7e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0304  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.72 
 
 
806 aa  157  7e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.318704  normal  0.0663849 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.59 
 
 
450 aa  156  8e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.76 
 
 
826 aa  156  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.6 
 
 
699 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  47.19 
 
 
1245 aa  156  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.28 
 
 
695 aa  156  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.25 
 
 
1511 aa  156  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1605  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.46 
 
 
688 aa  156  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0013251  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.41 
 
 
1109 aa  156  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0233  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.93 
 
 
631 aa  156  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.992209 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.26 
 
 
1244 aa  156  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3056  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.08 
 
 
679 aa  156  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.029022  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.68 
 
 
1504 aa  155  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  43.65 
 
 
944 aa  155  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.46 
 
 
947 aa  155  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.12 
 
 
1524 aa  155  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.482461  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.68 
 
 
1505 aa  155  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.68 
 
 
1504 aa  155  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0965  GGDEF domain-containing protein  35.48 
 
 
680 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00724002  normal  0.0458332 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 
324 aa  155  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  44.25 
 
 
1502 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  44.75 
 
 
928 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  40.87 
 
 
699 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  40.87 
 
 
699 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.27 
 
 
729 aa  154  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  47.06 
 
 
432 aa  154  4e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  51.53 
 
 
1101 aa  154  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  40.87 
 
 
699 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  43.1 
 
 
1515 aa  154  5e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.57 
 
 
882 aa  154  5e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.57 
 
 
882 aa  154  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.33 
 
 
874 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.32 
 
 
892 aa  154  5.9999999999999996e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.38 
 
 
819 aa  154  5.9999999999999996e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0216119  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.57 
 
 
882 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  40.87 
 
 
699 aa  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  45.76 
 
 
712 aa  154  7e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.67 
 
 
686 aa  153  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  40.87 
 
 
691 aa  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.26 
 
 
890 aa  153  7e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  44.2 
 
 
928 aa  153  7e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.59 
 
 
764 aa  153  7e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.210593  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.13 
 
 
703 aa  153  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  44.2 
 
 
928 aa  153  8e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  44.2 
 
 
912 aa  153  8e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1499  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  41.13 
 
 
854 aa  153  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0164548  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.4 
 
 
821 aa  152  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3598  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.03 
 
 
877 aa  152  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>