More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2920 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  100 
 
 		 623 aa  1283    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  30.5 
 
 		 611 aa  234  3e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 631 aa  194  6e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  29.36 
 
 		 610 aa  176  8e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  27.04 
 
 		 588 aa  175  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 621 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  27.71 
 
 		 612 aa  175  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  27.69 
 
 		 631 aa  169  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  27.79 
 
 		 614 aa  167  4e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  30.56 
 
 		 624 aa  166  9e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  27.52 
 
 		 622 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  27.69 
 
 		 565 aa  163  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  26.24 
 
 		 636 aa  161  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  26.84 
 
 		 630 aa  158  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  27.13 
 
 		 624 aa  159  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  30.4 
 
 		 625 aa  158  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  26.52 
 
 		 638 aa  157  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 641 aa  157  6e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  28.21 
 
 		 628 aa  157  7e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  42.79 
 
 		 431 aa  155  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  25.7 
 
 		 566 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  30.63 
 
 		 625 aa  154  4e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 540 aa  153  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 625 aa  153  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 625 aa  153  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  35.02 
 
 		 628 aa  150  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  43.46 
 
 		 422 aa  150  6e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  47.27 
 
 		 396 aa  150  7e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  27 
 
 		 601 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 621 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 628 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  27.64 
 
 		 673 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  26.39 
 
 		 603 aa  147  6e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 629 aa  146  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 357 aa  145  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 628 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  45.95 
 
 		 507 aa  144  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  48.04 
 
 		 492 aa  144  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  44.67 
 
 		 732 aa  144  5e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.6 
 
 		 1000 aa  144  6e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 569 aa  144  6e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  48.04 
 
 		 492 aa  144  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.5 
 
 		 827 aa  143  8e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 298 aa  143  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 360 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 295 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  24.3 
 
 		 641 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  25.65 
 
 		 557 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.34 
 
 		 572 aa  140  6e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  45.76 
 
 		 492 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  45.76 
 
 		 492 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.24 
 
 		 730 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  45.76 
 
 		 492 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  44.12 
 
 		 493 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 559 aa  139  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 574 aa  139  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  26.99 
 
 		 569 aa  139  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 493 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 464 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  45 
 
 		 261 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 436 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 459 aa  138  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  47.77 
 
 		 307 aa  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  44.69 
 
 		 492 aa  137  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  27.68 
 
 		 627 aa  137  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  49.03 
 
 		 496 aa  137  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  47.77 
 
 		 306 aa  137  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.19 
 
 		 438 aa  137  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 493 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 1037 aa  137  6.0000000000000005e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 304 aa  137  7.000000000000001e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  42.19 
 
 		 320 aa  136  9e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 680 aa  136  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  42.08 
 
 		 381 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 263 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  43.37 
 
 		 485 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 495 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  41.54 
 
 		 538 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 495 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  36.79 
 
 		 346 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  39.89 
 
 		 949 aa  135  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 681 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  43.58 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.71 
 
 		 531 aa  135  3e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2626  diguanylate cyclase  44.22 
 
 		 591 aa  134  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.0100044 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  47.95 
 
 		 525 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 395 aa  133  7.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 259 aa  133  7.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  45.76 
 
 		 492 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  41.62 
 
 		 424 aa  133  9e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  40.5 
 
 		 408 aa  133  9e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  24.92 
 
 		 564 aa  133  9e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 324 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 361 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  30.34 
 
 		 381 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  45.76 
 
 		 492 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 324 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 324 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 492 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  48.41 
 
 		 318 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>