More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3546 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
438 aa  887    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.46 
 
 
444 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.06 
 
 
827 aa  162  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.35 
 
 
1000 aa  159  9e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.04 
 
 
730 aa  159  9e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.33 
 
 
769 aa  158  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  35.28 
 
 
632 aa  157  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.94 
 
 
710 aa  156  8e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.82 
 
 
578 aa  155  1e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.33 
 
 
698 aa  152  8.999999999999999e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3545  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  59.84 
 
 
603 aa  152  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00514005 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  30.94 
 
 
540 aa  152  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.44 
 
 
531 aa  150  5e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  46.63 
 
 
350 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.93 
 
 
797 aa  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  43.9 
 
 
612 aa  148  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.66 
 
 
751 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  28.1 
 
 
428 aa  145  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.11 
 
 
820 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  49.15 
 
 
395 aa  144  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.58 
 
 
326 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  34.69 
 
 
548 aa  144  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41 
 
 
550 aa  144  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.15 
 
 
424 aa  144  5e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.18 
 
 
419 aa  143  5e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  46.07 
 
 
345 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  41.03 
 
 
497 aa  142  9e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  46.15 
 
 
464 aa  142  9e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.24 
 
 
308 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.24 
 
 
308 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.12 
 
 
469 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.99 
 
 
306 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.22 
 
 
689 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  43.68 
 
 
357 aa  142  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  44.62 
 
 
396 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.58 
 
 
324 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.03 
 
 
312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.65 
 
 
315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  48.57 
 
 
395 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.45 
 
 
304 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.99 
 
 
306 aa  141  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.26 
 
 
519 aa  141  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.68 
 
 
469 aa  140  4.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  42.22 
 
 
492 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  31.23 
 
 
319 aa  140  4.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  48.12 
 
 
318 aa  140  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  32.87 
 
 
418 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  45.36 
 
 
559 aa  139  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  34.29 
 
 
398 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  42.47 
 
 
360 aa  139  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  33.43 
 
 
437 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.28 
 
 
686 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.09 
 
 
464 aa  139  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.24 
 
 
313 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  45.25 
 
 
1004 aa  138  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  44.63 
 
 
247 aa  138  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.24 
 
 
313 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  46.81 
 
 
525 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  44.19 
 
 
623 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  46.07 
 
 
571 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  45 
 
 
501 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.1 
 
 
505 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  46.39 
 
 
381 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  44.71 
 
 
411 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40.78 
 
 
611 aa  137  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  31.6 
 
 
316 aa  137  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  44.91 
 
 
411 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.05 
 
 
324 aa  137  5e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  36.61 
 
 
554 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  42.2 
 
 
374 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  45.61 
 
 
496 aa  136  8e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  39.74 
 
 
680 aa  136  8e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  44.25 
 
 
559 aa  136  8e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.91 
 
 
313 aa  136  9e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  39.59 
 
 
1637 aa  136  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.09 
 
 
564 aa  135  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  47.44 
 
 
638 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  42.69 
 
 
278 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.53 
 
 
512 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  46.24 
 
 
525 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  48.12 
 
 
530 aa  134  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  30.77 
 
 
425 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.33 
 
 
322 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 
312 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.33 
 
 
322 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.91 
 
 
312 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.91 
 
 
642 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  44.38 
 
 
384 aa  135  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  31.61 
 
 
334 aa  134  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  40.34 
 
 
1037 aa  134  3e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  42.25 
 
 
312 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  48.24 
 
 
586 aa  134  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.87 
 
 
571 aa  134  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  45.29 
 
 
523 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.33 
 
 
351 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.94 
 
 
843 aa  133  5e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  45.91 
 
 
626 aa  133  6e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  43.18 
 
 
614 aa  133  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.12 
 
 
1774 aa  133  6e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  45.9 
 
 
539 aa  133  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.256126 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>