More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2593 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  100 
 
 		 569 aa  1152    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  54.88 
 
 		 582 aa  633  1e-180  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  28.31 
 
 		 612 aa  167  4e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  25.58 
 
 		 566 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  27.35 
 
 		 611 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 303 aa  147  6e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  30.29 
 
 		 525 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 623 aa  144  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 350 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  45.62 
 
 		 525 aa  141  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  24.14 
 
 		 614 aa  141  3e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  43.71 
 
 		 548 aa  141  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 308 aa  140  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 308 aa  140  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.86 
 
 		 769 aa  140  7e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.7 
 
 		 792 aa  139  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 322 aa  138  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 569 aa  137  5e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  25.95 
 
 		 578 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  48.19 
 
 		 681 aa  136  8e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.64 
 
 		 827 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  47.27 
 
 		 680 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  25.17 
 
 		 588 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.99 
 
 		 1000 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 381 aa  134  3e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  44.26 
 
 		 412 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1205  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.62 
 
 		 307 aa  134  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.618681  normal  0.182798 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.85 
 
 		 797 aa  134  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  41.61 
 
 		 334 aa  134  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  45.68 
 
 		 382 aa  134  6e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.93 
 
 		 550 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 345 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  45.35 
 
 		 320 aa  132  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 322 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 320 aa  131  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 323 aa  131  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2537  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  20.25 
 
 		 602 aa  131  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 487 aa  131  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.45 
 
 		 348 aa  130  6e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.45 
 
 		 348 aa  130  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.93 
 
 		 578 aa  130  8.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 547 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 1774 aa  129  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 1037 aa  129  1.0000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 312 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 321 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  41.36 
 
 		 459 aa  129  1.0000000000000001e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.73 
 
 		 531 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 751 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 302 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 632 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 263 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  24.69 
 
 		 603 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  40.36 
 
 		 358 aa  128  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.75 
 
 		 367 aa  128  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 620 aa  128  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 382 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 464 aa  127  4.0000000000000003e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 307 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 373 aa  128  4.0000000000000003e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  35.07 
 
 		 278 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 464 aa  127  5e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 764 aa  127  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 519 aa  127  5e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 342 aa  127  5e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 324 aa  127  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.47 
 
 		 730 aa  127  5e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 324 aa  127  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 764 aa  127  5e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  41.57 
 
 		 358 aa  127  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.83 
 
 		 557 aa  127  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.86 
 
 		 483 aa  127  6e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  26.2 
 
 		 565 aa  127  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1198  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 394 aa  127  6e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000754903  normal  0.715416 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.6 
 
 		 438 aa  127  6e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  46.78 
 
 		 448 aa  127  7e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 324 aa  127  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  42.24 
 
 		 451 aa  126  8.000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 317 aa  126  8.000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 467 aa  127  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 764 aa  127  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.07 
 
 		 407 aa  126  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  35.62 
 
 		 301 aa  126  8.000000000000001e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.25 
 
 		 308 aa  126  9e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0443  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 378 aa  126  9e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 395 aa  126  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  34.97 
 
 		 385 aa  126  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  40.62 
 
 		 428 aa  126  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 395 aa  126  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 354 aa  126  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 492 aa  126  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.26 
 
 		 710 aa  126  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  41.42 
 
 		 321 aa  126  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 405 aa  126  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 312 aa  126  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  44.44 
 
 		 319 aa  126  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 374 aa  125  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 319 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  47.47 
 
 		 243 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>