More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0743 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  75.11 
 
 
681 aa  998    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  100 
 
 
680 aa  1384    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.69 
 
 
792 aa  223  9.999999999999999e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.83 
 
 
586 aa  221  3.9999999999999997e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.68 
 
 
797 aa  212  2e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  26.99 
 
 
733 aa  195  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  25.6 
 
 
785 aa  192  1e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  27.22 
 
 
717 aa  193  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.02 
 
 
756 aa  188  3e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  35.53 
 
 
1774 aa  185  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.33 
 
 
732 aa  184  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  34.2 
 
 
764 aa  182  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  34.03 
 
 
764 aa  180  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 
1073 aa  180  5.999999999999999e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  33.94 
 
 
764 aa  180  7e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.54 
 
 
312 aa  167  4e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.57 
 
 
710 aa  167  4e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  33.13 
 
 
554 aa  166  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  32.38 
 
 
758 aa  166  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  40.81 
 
 
374 aa  163  8.000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  40.81 
 
 
732 aa  162  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  44.95 
 
 
753 aa  160  8e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  45.78 
 
 
458 aa  159  2e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.24 
 
 
308 aa  158  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.24 
 
 
308 aa  158  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  49.39 
 
 
321 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.52 
 
 
558 aa  156  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  39.17 
 
 
510 aa  156  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.41 
 
 
301 aa  156  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  45.18 
 
 
458 aa  155  2e-36  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.92 
 
 
730 aa  155  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  39.18 
 
 
308 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.01 
 
 
348 aa  155  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  41.05 
 
 
615 aa  155  2.9999999999999998e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.01 
 
 
348 aa  155  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.78 
 
 
769 aa  155  2.9999999999999998e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  45.89 
 
 
587 aa  155  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  46.67 
 
 
635 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.73 
 
 
550 aa  154  4e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  38.37 
 
 
308 aa  154  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  48.77 
 
 
461 aa  154  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.39 
 
 
457 aa  154  7e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.38 
 
 
457 aa  153  8e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0691  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.9 
 
 
742 aa  153  8.999999999999999e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.02 
 
 
563 aa  153  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  40.67 
 
 
356 aa  152  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  48.48 
 
 
392 aa  152  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.91 
 
 
531 aa  152  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  49.39 
 
 
753 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  39.62 
 
 
356 aa  152  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.18 
 
 
499 aa  152  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  48.24 
 
 
622 aa  151  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  50 
 
 
307 aa  151  4e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  50.58 
 
 
1000 aa  151  4e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  44.57 
 
 
413 aa  151  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  46.59 
 
 
462 aa  150  5e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.63 
 
 
550 aa  150  6e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.1 
 
 
353 aa  150  7e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.95 
 
 
407 aa  150  8e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  42.72 
 
 
306 aa  150  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50 
 
 
578 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  30.6 
 
 
471 aa  149  1.0000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  41.53 
 
 
389 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  37.12 
 
 
499 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  48.39 
 
 
569 aa  149  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  43.6 
 
 
650 aa  149  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.53 
 
 
457 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  49.08 
 
 
457 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  50.31 
 
 
382 aa  149  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  42.72 
 
 
307 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  46.3 
 
 
294 aa  148  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  39.09 
 
 
461 aa  148  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  47.2 
 
 
387 aa  148  3e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  48.59 
 
 
555 aa  148  3e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3097  diguanylate cyclase  40.59 
 
 
458 aa  148  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.948135  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  38.4 
 
 
342 aa  148  4.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.68 
 
 
322 aa  148  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  39.42 
 
 
308 aa  147  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1165  diguanylate cyclase  31.91 
 
 
459 aa  147  5e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000192138 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  46.67 
 
 
621 aa  147  7.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  39.17 
 
 
498 aa  147  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  32.84 
 
 
439 aa  147  8.000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  41.75 
 
 
1826 aa  147  8.000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  40.38 
 
 
308 aa  147  9e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.79 
 
 
469 aa  147  9e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  39.5 
 
 
372 aa  146  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  43.86 
 
 
247 aa  146  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  49.09 
 
 
350 aa  146  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  49.38 
 
 
378 aa  146  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  36.67 
 
 
353 aa  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  43.98 
 
 
582 aa  145  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  47.53 
 
 
345 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.15 
 
 
917 aa  145  3e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  47.31 
 
 
328 aa  145  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.62 
 
 
317 aa  144  4e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  47.34 
 
 
357 aa  144  4e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  46.47 
 
 
237 aa  145  4e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.77 
 
 
301 aa  143  8e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  40.45 
 
 
381 aa  144  8e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  47.53 
 
 
316 aa  143  9e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>