More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0260 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  100 
 
 
611 aa  1251    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  29.36 
 
 
565 aa  249  1e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  30.05 
 
 
588 aa  247  4.9999999999999997e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  30.15 
 
 
636 aa  246  8e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  30.55 
 
 
612 aa  241  2e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  30.21 
 
 
623 aa  239  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  30.19 
 
 
628 aa  239  1e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  28.57 
 
 
630 aa  228  3e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  30.9 
 
 
614 aa  228  3e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  28.9 
 
 
631 aa  228  3e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  29.96 
 
 
631 aa  221  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  30.89 
 
 
601 aa  220  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  29.65 
 
 
624 aa  220  7e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  29.12 
 
 
641 aa  209  1e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  27.45 
 
 
621 aa  207  6e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  27.46 
 
 
638 aa  204  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  28.38 
 
 
627 aa  203  7e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  27.65 
 
 
603 aa  202  9.999999999999999e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  28.91 
 
 
625 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  28.18 
 
 
624 aa  200  6e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  29.64 
 
 
610 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  27.26 
 
 
673 aa  197  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  28.69 
 
 
629 aa  196  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  29.07 
 
 
622 aa  194  3e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  26.75 
 
 
566 aa  189  1e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  27.84 
 
 
641 aa  189  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  27.27 
 
 
625 aa  188  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  27.95 
 
 
625 aa  188  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  28.25 
 
 
621 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  27.95 
 
 
625 aa  187  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  28.08 
 
 
628 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  28.08 
 
 
628 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  28.96 
 
 
564 aa  184  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  28.05 
 
 
628 aa  183  6e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  27.6 
 
 
569 aa  181  4.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  47.85 
 
 
422 aa  177  5e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4796  sensor histidine kinase  29.77 
 
 
668 aa  174  5e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  28.1 
 
 
782 aa  172  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4339  sensor histidine kinase  29.73 
 
 
677 aa  171  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.691571  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.83 
 
 
802 aa  169  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  26.16 
 
 
629 aa  168  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  28.49 
 
 
634 aa  167  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.24 
 
 
662 aa  166  9e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.28 
 
 
663 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.51 
 
 
662 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  27.65 
 
 
795 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  38.32 
 
 
427 aa  160  8e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.22 
 
 
578 aa  159  1e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  26.96 
 
 
557 aa  159  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  26.07 
 
 
726 aa  158  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  25.8 
 
 
570 aa  157  7e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.28 
 
 
662 aa  156  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  27.86 
 
 
571 aa  156  8e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  44.83 
 
 
405 aa  156  9e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 
730 aa  156  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  26.97 
 
 
578 aa  154  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.25 
 
 
827 aa  154  4e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  45.81 
 
 
424 aa  154  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  44.83 
 
 
361 aa  153  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  47.83 
 
 
495 aa  151  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  42.11 
 
 
323 aa  150  9e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 
317 aa  150  9e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 
317 aa  150  9e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  26.99 
 
 
564 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.5 
 
 
1000 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.43 
 
 
331 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  29.2 
 
 
561 aa  148  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.5 
 
 
751 aa  148  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  27.35 
 
 
569 aa  148  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.97 
 
 
317 aa  148  3e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  46.88 
 
 
681 aa  147  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  45.6 
 
 
318 aa  147  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  45.68 
 
 
425 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  40.44 
 
 
426 aa  147  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  41.34 
 
 
430 aa  147  6e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5597  Diverse 7TM receptor transmembrane region  28.47 
 
 
634 aa  147  8.000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  46.15 
 
 
417 aa  146  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.63 
 
 
519 aa  146  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.86 
 
 
301 aa  146  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  45.81 
 
 
415 aa  145  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  43.56 
 
 
525 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  44.57 
 
 
417 aa  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  25.22 
 
 
577 aa  145  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  42.53 
 
 
387 aa  145  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  44.17 
 
 
525 aa  144  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  39.9 
 
 
559 aa  144  4e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  44.19 
 
 
451 aa  144  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.61 
 
 
322 aa  144  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  35.29 
 
 
659 aa  144  5e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  43.53 
 
 
360 aa  144  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  41.85 
 
 
487 aa  143  7e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.58 
 
 
769 aa  143  7e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  42.95 
 
 
318 aa  143  8e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  43.02 
 
 
496 aa  143  8e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  42.47 
 
 
377 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  45.62 
 
 
680 aa  143  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.59 
 
 
797 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  44.2 
 
 
237 aa  142  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  45.18 
 
 
396 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  43.53 
 
 
413 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0388472 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>