More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_0413 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  100 
 
 
373 aa  754    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  49.86 
 
 
354 aa  270  2.9999999999999997e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  42.91 
 
 
378 aa  175  9.999999999999999e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  45.45 
 
 
474 aa  169  5e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  46.38 
 
 
738 aa  166  5e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.41 
 
 
476 aa  165  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
487 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  40.8 
 
 
369 aa  162  7e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  48.81 
 
 
336 aa  160  3e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.33 
 
 
424 aa  159  1e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.93 
 
 
448 aa  158  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.39 
 
 
302 aa  157  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2111  diguanylate cyclase  40.67 
 
 
392 aa  157  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  39.23 
 
 
351 aa  157  4e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.65 
 
 
772 aa  156  5.0000000000000005e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  38.89 
 
 
387 aa  156  7e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.36 
 
 
796 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.85 
 
 
800 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.85 
 
 
796 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 
901 aa  154  2e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  45.66 
 
 
485 aa  153  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  48.52 
 
 
764 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.77 
 
 
322 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  48.52 
 
 
764 aa  152  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.2 
 
 
301 aa  152  8.999999999999999e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  39.25 
 
 
381 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.17 
 
 
730 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  48.52 
 
 
764 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  42.93 
 
 
464 aa  151  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
368 aa  151  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  45.09 
 
 
485 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  44.94 
 
 
368 aa  150  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  48.21 
 
 
422 aa  150  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.65 
 
 
454 aa  150  3e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  45.09 
 
 
485 aa  150  4e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  47.47 
 
 
425 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.24 
 
 
317 aa  149  6e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.07 
 
 
791 aa  149  7e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.78 
 
 
407 aa  149  8e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  46.33 
 
 
454 aa  149  8e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  41.71 
 
 
532 aa  149  8e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  42.69 
 
 
477 aa  149  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  40.21 
 
 
532 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.16 
 
 
610 aa  148  1.0000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  44.85 
 
 
565 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  45.68 
 
 
321 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  44.51 
 
 
461 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.24 
 
 
438 aa  148  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.71 
 
 
531 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  43.6 
 
 
467 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  44.17 
 
 
768 aa  147  3e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  45.66 
 
 
380 aa  147  3e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  43.35 
 
 
485 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  40 
 
 
659 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  39.67 
 
 
380 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.24 
 
 
307 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  46.2 
 
 
418 aa  146  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.4 
 
 
796 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  40.72 
 
 
237 aa  146  7.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  45.4 
 
 
457 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.31 
 
 
646 aa  145  9e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  37.25 
 
 
362 aa  145  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  47.47 
 
 
422 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  46.71 
 
 
732 aa  145  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  50.31 
 
 
464 aa  145  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  46.75 
 
 
369 aa  145  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.18 
 
 
459 aa  144  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  43.48 
 
 
634 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  46.47 
 
 
410 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  44.83 
 
 
466 aa  145  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 
794 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.72 
 
 
353 aa  144  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.29 
 
 
505 aa  144  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  38.67 
 
 
477 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1554  GGDEF domain-containing protein  41.85 
 
 
389 aa  144  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.84144  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  43.23 
 
 
361 aa  144  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.4 
 
 
1073 aa  144  3e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  45.51 
 
 
227 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  45.09 
 
 
457 aa  144  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2370  diguanylate cyclase  44.3 
 
 
554 aa  144  4e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  46.67 
 
 
637 aa  143  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  38.71 
 
 
620 aa  143  4e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.67 
 
 
492 aa  143  4e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  44.58 
 
 
405 aa  143  4e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  43.86 
 
 
486 aa  144  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  42.93 
 
 
372 aa  143  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  47.02 
 
 
510 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  44.83 
 
 
457 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  47.02 
 
 
510 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  47.02 
 
 
510 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.51 
 
 
306 aa  143  5e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.4 
 
 
586 aa  142  7e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 
309 aa  142  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  43.52 
 
 
498 aa  142  7e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  45.61 
 
 
466 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  45.61 
 
 
466 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  42.55 
 
 
490 aa  142  9e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  45.61 
 
 
466 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  45.61 
 
 
466 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  46.88 
 
 
689 aa  142  9e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>