More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3427 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  100 
 
 		 368 aa  759    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 365 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 355 aa  206  5e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  49.38 
 
 		 420 aa  159  9e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 227 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  38.03 
 
 		 634 aa  150  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 373 aa  150  3e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 439 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 659 aa  144  3e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 539 aa  143  5e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 362 aa  143  5e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 492 aa  142  6e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  44.94 
 
 		 474 aa  142  9e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 738 aa  142  9e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 476 aa  142  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 569 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2969  sensory box/GGDEF family protein  42.53 
 
 		 315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 487 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.5 
 
 		 1078 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.39 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 753 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 410 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  43.31 
 
 		 580 aa  139  6e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 332 aa  139  7e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 407 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.94 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 403 aa  138  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 354 aa  138  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 378 aa  138  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  40.61 
 
 		 689 aa  138  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 381 aa  137  4e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 775 aa  136  4e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.25 
 
 		 302 aa  135  8e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.36 
 
 		 505 aa  135  9e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 351 aa  135  9e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 452 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  36.44 
 
 		 466 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 466 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  36.44 
 
 		 466 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 559 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  36.44 
 
 		 466 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 466 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  36.44 
 
 		 454 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  36.44 
 
 		 454 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 735 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 347 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 510 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 291 aa  134  3e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.04 
 
 		 772 aa  134  3e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 634 aa  134  3.9999999999999996e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.83 
 
 		 325 aa  133  5e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 361 aa  133  6e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 467 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.41 
 
 		 407 aa  132  6.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  41.67 
 
 		 609 aa  132  7.999999999999999e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.31 
 
 		 901 aa  132  7.999999999999999e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.48 
 
 		 424 aa  132  7.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  41.67 
 
 		 709 aa  132  9e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 646 aa  132  9e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 366 aa  132  9e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  43.51 
 
 		 428 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 510 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 620 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 456 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 510 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 510 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 637 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 507 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  36 
 
 		 628 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 591 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.5 
 
 		 419 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  38.58 
 
 		 768 aa  130  3e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  38.58 
 
 		 768 aa  130  3e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 736 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 237 aa  130  5.0000000000000004e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 381 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 714 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 521 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 521 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 521 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 527 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  42.01 
 
 		 457 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 507 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  35.71 
 
 		 484 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.82 
 
 		 710 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 718 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 322 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  41.42 
 
 		 457 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.18 
 
 		 578 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.06 
 
 		 297 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1579  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.48 
 
 		 324 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3489  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  42.01 
 
 		 457 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.51 
 
 		 1000 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 555 aa  127  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.82 
 
 		 792 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.63 
 
 		 454 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>