More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2608 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  100 
 
 		 380 aa  769    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 373 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  37.97 
 
 		 531 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 403 aa  160  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 395 aa  159  6e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  32.13 
 
 		 395 aa  157  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  31.17 
 
 		 405 aa  158  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  31.27 
 
 		 413 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  34.99 
 
 		 400 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 467 aa  152  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 381 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 487 aa  151  2e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  46.59 
 
 		 466 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  46.59 
 
 		 466 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  46.59 
 
 		 466 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  46.59 
 
 		 454 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  46.59 
 
 		 454 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  46.59 
 
 		 466 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  46.59 
 
 		 466 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.56 
 
 		 317 aa  147  3e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  29.15 
 
 		 407 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 373 aa  147  4.0000000000000006e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 381 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 378 aa  145  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 409 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  46.24 
 
 		 628 aa  144  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  42.36 
 
 		 386 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  44.5 
 
 		 227 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  47.31 
 
 		 474 aa  142  7e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6762  diguanylate cyclase  32.53 
 
 		 411 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322015  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  34 
 
 		 415 aa  141  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  33 
 
 		 386 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.11 
 
 		 407 aa  139  7.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.24 
 
 		 578 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 436 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  30.95 
 
 		 392 aa  139  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.93 
 
 		 820 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 620 aa  138  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  33.43 
 
 		 397 aa  138  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 479 aa  138  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 347 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.94 
 
 		 797 aa  137  4e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 438 aa  137  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 359 aa  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.15 
 
 		 698 aa  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  29.64 
 
 		 411 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.42 
 
 		 505 aa  136  7.000000000000001e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  46.24 
 
 		 686 aa  135  9e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 582 aa  135  9e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 354 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  47.13 
 
 		 492 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.75 
 
 		 531 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 559 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.27 
 
 		 792 aa  134  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.29 
 
 		 1000 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 426 aa  134  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0532  diguanylate cyclase  30 
 
 		 400 aa  134  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.457975  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 753 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  29.73 
 
 		 387 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 321 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 460 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  42 
 
 		 291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  40.33 
 
 		 548 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 466 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  33.22 
 
 		 371 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  33.22 
 
 		 371 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.97 
 
 		 424 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 312 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  33.22 
 
 		 366 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  27.76 
 
 		 389 aa  133  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  41.32 
 
 		 334 aa  133  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  44.71 
 
 		 502 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 738 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  33.22 
 
 		 371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  33.22 
 
 		 371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  33.22 
 
 		 371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  35.33 
 
 		 411 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 409 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 611 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.89 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  45.24 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  44.38 
 
 		 451 aa  131  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  29.69 
 
 		 385 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  34.63 
 
 		 641 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 385 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.33 
 
 		 730 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.85 
 
 		 312 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 736 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 329 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.99 
 
 		 751 aa  130  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  31.78 
 
 		 411 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 385 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  43.92 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>