More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1953 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  100 
 
 		 454 aa  912    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  53.12 
 
 		 736 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  48.43 
 
 		 492 aa  156  9e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  48.6 
 
 		 753 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 659 aa  154  2e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 476 aa  154  4e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 768 aa  150  5e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 373 aa  150  7e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.27 
 
 		 1078 aa  149  1.0000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  47.73 
 
 		 432 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 438 aa  147  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  47.37 
 
 		 486 aa  147  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.71 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  47.37 
 
 		 237 aa  147  5e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.26 
 
 		 772 aa  146  9e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45 
 
 		 424 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 227 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.55 
 
 		 505 aa  143  8e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  43.78 
 
 		 689 aa  142  9e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 738 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 456 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 485 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 486 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.12 
 
 		 796 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 486 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 486 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 452 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 486 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.27 
 
 		 901 aa  141  1.9999999999999998e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 485 aa  141  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 321 aa  141  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.66 
 
 		 454 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 322 aa  140  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.5 
 
 		 800 aa  140  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 432 aa  139  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.56 
 
 		 890 aa  138  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  42.02 
 
 		 425 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.56 
 
 		 890 aa  138  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  46.24 
 
 		 485 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 485 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.95 
 
 		 419 aa  138  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  45.03 
 
 		 485 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.57 
 
 		 444 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.54 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 539 aa  137  4e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 510 aa  137  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 510 aa  137  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 510 aa  137  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 378 aa  137  5e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  44.44 
 
 		 634 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  48.54 
 
 		 312 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.54 
 
 		 312 aa  136  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 503 aa  136  9e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  49.06 
 
 		 380 aa  136  9e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  43.18 
 
 		 410 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  41.44 
 
 		 418 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.37 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.71 
 
 		 794 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 336 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  43.18 
 
 		 410 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 591 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  34.65 
 
 		 340 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.2 
 
 		 610 aa  134  1.9999999999999998e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 490 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.95 
 
 		 312 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2150  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.17 
 
 		 1643 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.133009  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  47.95 
 
 		 366 aa  135  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.18 
 
 		 410 aa  134  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 387 aa  134  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 430 aa  134  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 430 aa  134  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 430 aa  134  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 430 aa  134  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  43.81 
 
 		 510 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 360 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 532 aa  133  5e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 355 aa  134  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 559 aa  133  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  48.81 
 
 		 311 aa  133  6e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 439 aa  133  6.999999999999999e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2284  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.61 
 
 		 410 aa  133  7.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 427 aa  132  9e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.24 
 
 		 791 aa  132  9e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 339 aa  132  9e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 430 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 714 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  43.07 
 
 		 343 aa  132  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  48.47 
 
 		 385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  39.05 
 
 		 712 aa  131  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  48.54 
 
 		 510 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 583 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 308 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 369 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 308 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 459 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45 
 
 		 796 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 361 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.25 
 
 		 730 aa  131  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 764 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  44.85 
 
 		 466 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>