More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3523 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  71.27 
 
 		 456 aa  649    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  100 
 
 		 452 aa  915    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3377  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.08 
 
 		 563 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.528008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1857  chemotaxis sensory transducer  47.43 
 
 		 563 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3378  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.13 
 
 		 563 aa  227  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4809  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.9 
 
 		 563 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3610  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.66 
 
 		 563 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.400148 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4286  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.41 
 
 		 563 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0772  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.08 
 
 		 561 aa  211  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0337  chemotaxis sensory transducer  43.02 
 
 		 563 aa  205  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.760858  normal  0.789667 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4580  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.28 
 
 		 563 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  52.97 
 
 		 738 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2902  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.54 
 
 		 563 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.32606  normal  0.0943242 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0336  chemotaxis sensory transducer  41.22 
 
 		 563 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  55.56 
 
 		 227 aa  194  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  54.75 
 
 		 735 aa  190  5e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2367  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer precursor  41.98 
 
 		 562 aa  186  9e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.287749 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0489  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.3 
 
 		 564 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.301128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  55.49 
 
 		 753 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5119  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.5 
 
 		 563 aa  177  4e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  53.85 
 
 		 736 aa  173  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2368  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer precursor  37.98 
 
 		 561 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1830  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.79 
 
 		 563 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  42.29 
 
 		 689 aa  164  3e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  43.39 
 
 		 768 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 659 aa  161  2e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5120  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.64 
 
 		 563 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.45 
 
 		 1078 aa  159  9e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.43 
 
 		 669 aa  159  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  45.74 
 
 		 432 aa  158  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.4 
 
 		 424 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  50.31 
 
 		 366 aa  155  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 476 aa  152  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 336 aa  150  3e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  43.45 
 
 		 340 aa  150  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  45.56 
 
 		 634 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.45 
 
 		 772 aa  149  1.0000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 432 aa  147  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 539 aa  147  5e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  49.12 
 
 		 237 aa  146  8.000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.71 
 
 		 610 aa  146  8.000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.51 
 
 		 901 aa  145  1e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 451 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 380 aa  144  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 487 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 454 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  47.31 
 
 		 531 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  49.41 
 
 		 362 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 714 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 365 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  44.51 
 
 		 418 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 620 aa  139  7.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 431 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  44.59 
 
 		 492 aa  138  2e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  46.63 
 
 		 474 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 420 aa  138  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3837  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 452 aa  138  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0314898  normal  0.0363493 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.81 
 
 		 302 aa  138  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.91 
 
 		 505 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  48.45 
 
 		 591 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  35.85 
 
 		 559 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.08 
 
 		 419 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 485 aa  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  44.85 
 
 		 425 aa  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 387 aa  137  4e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  41.05 
 
 		 320 aa  137  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 		 800 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 		 796 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0214  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 362 aa  136  8e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3838  diguanylate cyclase  29.3 
 
 		 452 aa  136  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210475  normal  0.0305933 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 778 aa  136  9e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 322 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 354 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 322 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  35.32 
 
 		 439 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  43.09 
 
 		 368 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.51 
 
 		 646 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.1 
 
 		 791 aa  134  3e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 485 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  42.94 
 
 		 431 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  45 
 
 		 460 aa  134  3.9999999999999996e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  39.78 
 
 		 459 aa  134  3.9999999999999996e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  42.94 
 
 		 430 aa  133  5e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  42.94 
 
 		 431 aa  133  5e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  42.94 
 
 		 430 aa  133  5e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  42.94 
 
 		 430 aa  133  5e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  42.94 
 
 		 431 aa  133  6e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  44.17 
 
 		 323 aa  133  6e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  42.94 
 
 		 431 aa  133  6e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 532 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 521 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  41.18 
 
 		 430 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 438 aa  131  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  44.92 
 
 		 758 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  40.94 
 
 		 430 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 430 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.95 
 
 		 353 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>