More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2931 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  93.98 
 
 		 432 aa  788    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  100 
 
 		 432 aa  892    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 459 aa  240  4e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 422 aa  226  6e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  41.9 
 
 		 914 aa  205  1e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1953  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.74 
 
 		 632 aa  193  5e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2263  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.13 
 
 		 632 aa  191  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 		 807 aa  191  2.9999999999999997e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1292  histidine kinase  41.92 
 
 		 498 aa  186  5e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.0780099999999995e-22 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1642  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.45 
 
 		 1131 aa  187  5e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0330659  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2781  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.63 
 
 		 897 aa  182  9.000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3017  sensor histidine kinase  38.49 
 
 		 524 aa  176  5e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413812  normal  0.591209 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1737  diguanylate cyclase  32.15 
 
 		 390 aa  176  6e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0222793  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2314  sensory box histidine kinase/response regulator  41.98 
 
 		 982 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.581555  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  52.41 
 
 		 227 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  41.74 
 
 		 738 aa  167  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.7 
 
 		 772 aa  167  4e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.16 
 
 		 669 aa  166  8e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  45.36 
 
 		 753 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 659 aa  162  2e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0558  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 		 893 aa  160  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.843554  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.29 
 
 		 505 aa  159  7e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  41.88 
 
 		 715 aa  159  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50 
 
 		 419 aa  158  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.74 
 
 		 610 aa  158  2e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  47.43 
 
 		 689 aa  158  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 237 aa  158  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 366 aa  157  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3532  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.02 
 
 		 1271 aa  155  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.16 
 
 		 424 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 487 aa  154  4e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 456 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1009  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  33.6 
 
 		 655 aa  153  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 736 aa  152  8e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.29 
 
 		 1078 aa  152  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2151  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.78 
 
 		 1184 aa  151  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.02 
 
 		 901 aa  150  5e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 611 aa  150  6e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  41.57 
 
 		 340 aa  149  7e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2430  histidine kinase  39.91 
 
 		 629 aa  149  7e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.73405  normal  0.136698 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 768 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 439 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 369 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3269  response regulator  34.91 
 
 		 600 aa  147  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.633194  normal  0.184781 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.59 
 
 		 583 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  46.5 
 
 		 378 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 		 686 aa  147  4.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 539 aa  147  5e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.65 
 
 		 730 aa  147  5e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 361 aa  146  9e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 555 aa  146  9e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  49.4 
 
 		 559 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.12 
 
 		 791 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 532 aa  144  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 355 aa  145  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 583 aa  144  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  44 
 
 		 735 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 452 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 336 aa  144  3e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.71 
 
 		 800 aa  143  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 493 aa  143  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.2 
 
 		 454 aa  142  8e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 476 aa  143  8e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.71 
 
 		 796 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.12 
 
 		 796 aa  143  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  42.69 
 
 		 493 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  43.64 
 
 		 609 aa  142  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  43.64 
 
 		 709 aa  142  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 492 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 420 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  48.45 
 
 		 455 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 559 aa  140  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 591 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 314 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.97 
 
 		 308 aa  139  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 454 aa  139  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.43 
 
 		 407 aa  139  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 381 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.67 
 
 		 302 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 365 aa  139  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 312 aa  139  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 493 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2069  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.98 
 
 		 1184 aa  138  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 495 aa  138  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 477 aa  138  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 714 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 291 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 532 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  44.87 
 
 		 425 aa  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  45.51 
 
 		 418 aa  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 778 aa  137  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.69 
 
 		 796 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 339 aa  137  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 307 aa  137  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 637 aa  137  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 510 aa  136  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 510 aa  136  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>