More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4400 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  92.7 
 
 		 493 aa  915    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  93.51 
 
 		 493 aa  939    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  64.02 
 
 		 495 aa  644    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  100 
 
 		 493 aa  1007    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  61.35 
 
 		 508 aa  566  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 487 aa  448  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  41.65 
 
 		 486 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  41.65 
 
 		 486 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  41.65 
 
 		 486 aa  389  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  41.65 
 
 		 486 aa  388  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 485 aa  385  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  41.16 
 
 		 485 aa  381  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 485 aa  377  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  38.88 
 
 		 485 aa  372  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 485 aa  375  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  40.75 
 
 		 486 aa  370  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  40 
 
 		 512 aa  357  2.9999999999999997e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 485 aa  351  1e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4411  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 485 aa  347  4e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.244707 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  40.29 
 
 		 490 aa  338  9.999999999999999e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  39.7 
 
 		 490 aa  335  1e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  37.73 
 
 		 477 aa  326  6e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 490 aa  323  4e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 477 aa  319  7.999999999999999e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  36.49 
 
 		 498 aa  318  1e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  37.39 
 
 		 491 aa  318  2e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 476 aa  309  1.0000000000000001e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  35.32 
 
 		 477 aa  289  7e-77  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 253 aa  154  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 532 aa  154  4e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 411 aa  152  1e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 432 aa  152  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 307 aa  151  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 564 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 459 aa  147  6e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 372 aa  147  6e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  49.1 
 
 		 821 aa  147  6e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  42.58 
 
 		 516 aa  144  3e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  42.58 
 
 		 516 aa  144  3e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 502 aa  144  4e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  46.74 
 
 		 823 aa  144  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  46.2 
 
 		 818 aa  144  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 432 aa  143  6e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  45 
 
 		 249 aa  143  7e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.37 
 
 		 797 aa  143  9e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 405 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 753 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.06 
 
 		 769 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 582 aa  141  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 732 aa  142  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 202 aa  141  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 227 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 332 aa  141  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3878  diguanylate cyclase  28.47 
 
 		 474 aa  141  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.431493  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  47.31 
 
 		 385 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 548 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  44.5 
 
 		 502 aa  140  7e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 510 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 510 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 623 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  41.74 
 
 		 510 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.6 
 
 		 457 aa  139  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 510 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 569 aa  139  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  44.32 
 
 		 457 aa  139  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 237 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 758 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 487 aa  138  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  50.31 
 
 		 525 aa  139  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 550 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 492 aa  138  2e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 634 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.1 
 
 		 901 aa  138  3.0000000000000003e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.4 
 
 		 792 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  45.08 
 
 		 386 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  48.1 
 
 		 735 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  42.5 
 
 		 949 aa  138  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0147  membrane associated GGDEF protein  29.71 
 
 		 487 aa  137  4e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.44 
 
 		 818 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 361 aa  137  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 362 aa  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 578 aa  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  45.71 
 
 		 354 aa  137  5e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  36 
 
 		 498 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 457 aa  137  5e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  42.14 
 
 		 565 aa  137  5e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  49.69 
 
 		 525 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 1037 aa  137  6.0000000000000005e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 681 aa  137  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 661 aa  136  7.000000000000001e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  43.46 
 
 		 501 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 395 aa  136  9e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 570 aa  136  9e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 436 aa  136  9e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  48.72 
 
 		 318 aa  136  9e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 794 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 352 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2043  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.47 
 
 		 419 aa  136  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>