More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3540 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  100 
 
 		 365 aa  740    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  56.09 
 
 		 355 aa  382  1e-105  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  34.66 
 
 		 368 aa  216  7e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  47.15 
 
 		 474 aa  161  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 738 aa  157  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 227 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 714 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  51.92 
 
 		 354 aa  154  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  43.13 
 
 		 437 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.6 
 
 		 669 aa  152  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 736 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  50.62 
 
 		 464 aa  151  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  47.17 
 
 		 471 aa  151  2e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 438 aa  150  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 439 aa  150  4e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  49.03 
 
 		 369 aa  149  6e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 387 aa  149  6e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.48 
 
 		 407 aa  149  6e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 487 aa  149  7e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.03 
 
 		 1078 aa  149  8e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  48.12 
 
 		 753 aa  149  9e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 476 aa  149  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  44.08 
 
 		 768 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  40.09 
 
 		 381 aa  147  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 380 aa  146  6e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 432 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  42.65 
 
 		 370 aa  145  9e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 432 aa  145  9e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  48.47 
 
 		 373 aa  145  1e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 452 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.45 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 336 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.31 
 
 		 686 aa  144  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 237 aa  144  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 355 aa  144  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  31.86 
 
 		 381 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 775 aa  143  4e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.64 
 
 		 419 aa  143  5e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 492 aa  142  8e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  48.59 
 
 		 351 aa  142  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 381 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 735 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  39.56 
 
 		 493 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.91 
 
 		 791 aa  140  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.1 
 
 		 796 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  46.05 
 
 		 366 aa  140  3.9999999999999997e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  36.17 
 
 		 402 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.18 
 
 		 730 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  46.54 
 
 		 378 aa  139  4.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  44.72 
 
 		 689 aa  139  4.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 532 aa  139  6e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 493 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 456 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 544 aa  138  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.25 
 
 		 800 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  36.88 
 
 		 469 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0303  GGDEF family protein  43.67 
 
 		 554 aa  138  2e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.25 
 
 		 796 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.25 
 
 		 796 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.98 
 
 		 941 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  44.79 
 
 		 459 aa  137  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.24 
 
 		 424 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.91 
 
 		 794 aa  136  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 493 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 521 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 401 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  40.83 
 
 		 418 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 405 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 460 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 202 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.66 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0272  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 554 aa  135  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  45.35 
 
 		 448 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 778 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 414 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 454 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1554  GGDEF domain-containing protein  47.88 
 
 		 389 aa  134  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.84144  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  42.26 
 
 		 425 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 		 646 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 357 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  35.91 
 
 		 340 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  45.45 
 
 		 400 aa  133  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 659 aa  133  5e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 517 aa  133  6e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.35 
 
 		 710 aa  133  6e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  40.29 
 
 		 495 aa  133  6e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 372 aa  133  6e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  40.43 
 
 		 411 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  41.21 
 
 		 422 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 382 aa  132  9e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 420 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 539 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.61 
 
 		 901 aa  132  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.16 
 
 		 496 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 357 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  45 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>