More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0544 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  100 
 
 
414 aa  833    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  33.89 
 
 
381 aa  170  5e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  32.77 
 
 
382 aa  159  9e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  40.74 
 
 
346 aa  158  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  31.51 
 
 
381 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  33.79 
 
 
401 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  35.45 
 
 
388 aa  152  7e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  33.24 
 
 
381 aa  151  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  42.93 
 
 
355 aa  151  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  34.68 
 
 
388 aa  149  6e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  38.97 
 
 
565 aa  143  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.78 
 
 
438 aa  143  7e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  38.64 
 
 
460 aa  142  8e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  41.26 
 
 
377 aa  140  3e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  38.05 
 
 
373 aa  140  4.999999999999999e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  31.71 
 
 
381 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  41.9 
 
 
485 aa  138  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.71 
 
 
407 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  33.22 
 
 
372 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.94 
 
 
304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  41.92 
 
 
370 aa  137  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0893  diguanylate cyclase  41.85 
 
 
424 aa  136  6.0000000000000005e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.294746  normal  0.440044 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0758  diguanylate cyclase  29.2 
 
 
404 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017578  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  46.99 
 
 
354 aa  135  9e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  33.55 
 
 
342 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  34.86 
 
 
413 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40.78 
 
 
485 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  39.25 
 
 
467 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  50.64 
 
 
356 aa  134  3e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  32.91 
 
 
382 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.22 
 
 
550 aa  133  5e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.23 
 
 
314 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  46.75 
 
 
671 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  43.5 
 
 
334 aa  132  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  41.9 
 
 
485 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  40.98 
 
 
461 aa  132  9e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  44.81 
 
 
696 aa  132  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.52 
 
 
901 aa  132  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  40.96 
 
 
563 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  40.68 
 
 
220 aa  132  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  40.43 
 
 
563 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
714 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  43.94 
 
 
295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  42.55 
 
 
235 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  41.48 
 
 
614 aa  131  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  43.78 
 
 
457 aa  131  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  40.22 
 
 
485 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  40.22 
 
 
485 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  42.55 
 
 
275 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  43.82 
 
 
267 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  39.04 
 
 
559 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  42.19 
 
 
361 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  46.75 
 
 
668 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  28.3 
 
 
357 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  40.91 
 
 
360 aa  129  9.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.26 
 
 
454 aa  129  9.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  40.22 
 
 
370 aa  129  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  35.22 
 
 
768 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  37.04 
 
 
464 aa  129  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  45.4 
 
 
362 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.07 
 
 
539 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  34.65 
 
 
443 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  47.8 
 
 
614 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2687  diguanylate cyclase  45.81 
 
 
316 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.563731 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  43.83 
 
 
372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  42.31 
 
 
551 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  44.51 
 
 
544 aa  127  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  40.1 
 
 
555 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  41.3 
 
 
457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  44.72 
 
 
457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.23 
 
 
314 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  34.1 
 
 
439 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  37.07 
 
 
435 aa  127  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  44.81 
 
 
517 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  41.95 
 
 
530 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  42.04 
 
 
615 aa  127  5e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  39.9 
 
 
518 aa  127  5e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.76 
 
 
307 aa  126  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  44.23 
 
 
458 aa  126  7e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  50.65 
 
 
437 aa  126  7e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  44.03 
 
 
466 aa  126  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.34 
 
 
317 aa  126  9e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  42.33 
 
 
455 aa  125  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.34 
 
 
317 aa  126  9e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.65 
 
 
1078 aa  125  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  37.1 
 
 
435 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  42.5 
 
 
518 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0911  sensory box histidine kinase  42.16 
 
 
581 aa  125  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  40.34 
 
 
403 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  46.84 
 
 
357 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  40.99 
 
 
628 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  43.79 
 
 
472 aa  125  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.36 
 
 
686 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  44.59 
 
 
459 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  42.24 
 
 
542 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  41.14 
 
 
387 aa  125  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  36.76 
 
 
518 aa  124  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  42.95 
 
 
681 aa  125  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  35.8 
 
 
775 aa  125  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  32.48 
 
 
375 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>