More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3932 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 402 aa  799    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  85.82 
 
 		 469 aa  647    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  98.51 
 
 		 469 aa  786    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  94.78 
 
 		 460 aa  724    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 482 aa  295  7e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1650  diguanylate cyclase  37.53 
 
 		 472 aa  233  3e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1722  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 472 aa  231  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.396894  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2135  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  37.27 
 
 		 472 aa  230  3e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.329432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2009  diguanylate cyclase  36.86 
 
 		 482 aa  223  4e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0406773 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01479  predicted diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2124  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0045948  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01490  hypothetical protein  40.65 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2136  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 315 aa  210  4e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  38.94 
 
 		 496 aa  209  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2518  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 500 aa  198  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.784165 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1338  diguanylate cyclase  33.25 
 
 		 469 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0898942  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1604  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 279 aa  188  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.608459  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2643  diguanylate cyclase  35.02 
 
 		 470 aa  186  5e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  47.72 
 
 		 231 aa  168  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  30.51 
 
 		 489 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0540  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 489 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 380 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 610 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 540 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  44.13 
 
 		 631 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  30.92 
 
 		 722 aa  139  7.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  46.47 
 
 		 625 aa  139  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  45.56 
 
 		 624 aa  138  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 680 aa  137  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 625 aa  138  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 499 aa  137  4e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 625 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 625 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 385 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 365 aa  134  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 469 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 385 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 641 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 385 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  46.82 
 
 		 409 aa  133  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 621 aa  133  5e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 220 aa  133  5e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 628 aa  133  6e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 485 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  36.74 
 
 		 476 aa  133  6.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.63 
 
 		 827 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 634 aa  132  7.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 532 aa  132  9e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  42.44 
 
 		 641 aa  132  9e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  46.47 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.18 
 
 		 531 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 624 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 325 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  40.57 
 
 		 493 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 611 aa  132  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.09 
 
 		 730 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 391 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 391 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  44.02 
 
 		 555 aa  132  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 382 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 253 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  41.46 
 
 		 818 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 493 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  27.9 
 
 		 480 aa  131  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  42.26 
 
 		 325 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 410 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 325 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  42.25 
 
 		 689 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 513 aa  130  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 405 aa  130  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 622 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 493 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 555 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 392 aa  130  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 628 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 381 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 628 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  40.8 
 
 		 823 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.86 
 
 		 572 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 377 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 1037 aa  129  8.000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 492 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.65 
 
 		 698 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 621 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  42.25 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 623 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  49.62 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 401 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.31 
 
 		 772 aa  129  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 298 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  38.95 
 
 		 411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 308 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 464 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  41.48 
 
 		 411 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.71 
 
 		 463 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 392 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  38.15 
 
 		 949 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>