More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2409 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  96.85 
 
 		 381 aa  753    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  100 
 
 		 381 aa  779    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  81.67 
 
 		 377 aa  614  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  45.45 
 
 		 323 aa  153  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  43.85 
 
 		 323 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 495 aa  144  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  46.2 
 
 		 548 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  44.21 
 
 		 563 aa  140  3.9999999999999997e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  43.07 
 
 		 753 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  42.63 
 
 		 318 aa  139  7e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  46.19 
 
 		 388 aa  139  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.35 
 
 		 1032 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  47.88 
 
 		 552 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 411 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 392 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 329 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 631 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  47.02 
 
 		 525 aa  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 570 aa  136  5e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 611 aa  136  5e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 		 531 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 559 aa  135  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 374 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  40 
 
 		 411 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  47.27 
 
 		 525 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 172 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 318 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 1774 aa  134  3e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 519 aa  134  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  40.5 
 
 		 502 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  39.92 
 
 		 392 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 422 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 390 aa  133  5e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 405 aa  133  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.48 
 
 		 332 aa  133  6e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 410 aa  133  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 582 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 564 aa  132  7.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 517 aa  132  9e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  46.91 
 
 		 409 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  39.13 
 
 		 533 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  31.21 
 
 		 415 aa  132  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.05 
 
 		 730 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.38 
 
 		 550 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 680 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.24 
 
 		 751 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 540 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.16 
 
 		 1000 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3406  diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 623 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  38.92 
 
 		 411 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 530 aa  130  3e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 469 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  37.29 
 
 		 422 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 622 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 459 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2339  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 307 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.94 
 
 		 550 aa  130  5.0000000000000004e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  40.09 
 
 		 357 aa  130  6e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 582 aa  129  6e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 492 aa  129  6e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  43.67 
 
 		 346 aa  129  6e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  38.71 
 
 		 402 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  44.75 
 
 		 323 aa  129  7.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 380 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.6 
 
 		 457 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 610 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.95 
 
 		 444 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28880  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  45.56 
 
 		 409 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.46801 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  39.5 
 
 		 1636 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 460 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 354 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  46.02 
 
 		 493 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 632 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  29.9 
 
 		 396 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4307  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.25 
 
 		 327 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  46.58 
 
 		 351 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45 
 
 		 827 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 312 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 736 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 464 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  40.31 
 
 		 385 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 572 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  41.28 
 
 		 358 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  41.03 
 
 		 1726 aa  127  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  39.66 
 
 		 422 aa  128  2.0000000000000002e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 357 aa  127  2.0000000000000002e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  45.68 
 
 		 587 aa  128  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 304 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.3 
 
 		 328 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 583 aa  128  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  38.91 
 
 		 378 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.45 
 
 		 698 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 559 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.85 
 
 		 792 aa  127  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  41.5 
 
 		 509 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>