More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1739 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  100 
 
 		 308 aa  626  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  96.1 
 
 		 308 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  62.54 
 
 		 308 aa  377  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  59.67 
 
 		 308 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  54.4 
 
 		 306 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  54.87 
 
 		 307 aa  297  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  44.2 
 
 		 325 aa  234  2.0000000000000002e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  43.97 
 
 		 306 aa  224  2e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1806  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.851232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 680 aa  155  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.33 
 
 		 772 aa  147  2.0000000000000003e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  47.2 
 
 		 355 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 381 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3264  diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.399065 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  48.1 
 
 		 753 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.3 
 
 		 901 aa  143  4e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  34.75 
 
 		 303 aa  142  5e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 354 aa  142  6e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  44.23 
 
 		 381 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 681 aa  142  8e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 492 aa  142  8e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 611 aa  142  9e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  44.24 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 227 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0237  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 427 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.124528  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.87 
 
 		 424 aa  140  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 381 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 610 aa  140  3.9999999999999997e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  45.73 
 
 		 457 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  45.4 
 
 		 425 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 355 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1592  GGDEF domain-containing protein  30.74 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  43.48 
 
 		 565 aa  138  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  45.96 
 
 		 355 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 608 aa  138  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 532 aa  138  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 401 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  44.57 
 
 		 624 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.51 
 
 		 348 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 466 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.23 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.51 
 
 		 348 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 325 aa  136  4e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  42.2 
 
 		 609 aa  136  4e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 354 aa  136  5e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 650 aa  135  6.0000000000000005e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  44.85 
 
 		 355 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 460 aa  136  6.0000000000000005e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 460 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 487 aa  135  8e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 696 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.12 
 
 		 416 aa  135  9e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.31 
 
 		 791 aa  134  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  44.17 
 
 		 418 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 495 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.88 
 
 		 1078 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 385 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  41.07 
 
 		 346 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 621 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 628 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.05 
 
 		 367 aa  135  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  42.37 
 
 		 689 aa  134  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 525 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.81 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 628 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 518 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2700  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 417 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.8 
 
 		 355 aa  133  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  37.96 
 
 		 498 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 372 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 628 aa  133  5e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 172 aa  133  5e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 631 aa  133  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 638 aa  132  6e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 382 aa  132  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  44.17 
 
 		 668 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 280 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 352 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 332 aa  132  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  40.88 
 
 		 234 aa  132  7.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  45.78 
 
 		 459 aa  132  7.999999999999999e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.53 
 
 		 710 aa  132  9e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0261  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.17 
 
 		 463 aa  132  9e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.3078  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 267 aa  132  9e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.73 
 
 		 416 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  42.42 
 
 		 722 aa  131  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  32.87 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 1774 aa  132  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  46.58 
 
 		 690 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.29 
 
 		 469 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.56 
 
 		 730 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.58 
 
 		 564 aa  132  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 357 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 414 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 533 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 		 305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 518 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 518 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>