More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2782 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  93.63 
 
 		 518 aa  1001    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  76.64 
 
 		 518 aa  816    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  79.34 
 
 		 514 aa  848    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  93.44 
 
 		 518 aa  998    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  95.95 
 
 		 518 aa  1012    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  77.03 
 
 		 518 aa  836    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  93.44 
 
 		 518 aa  999    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  97.3 
 
 		 518 aa  1025    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  66.34 
 
 		 518 aa  715    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  81.66 
 
 		 518 aa  881    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  71.04 
 
 		 518 aa  745    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  100 
 
 		 518 aa  1051    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  100 
 
 		 518 aa  1051    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  71.04 
 
 		 530 aa  774    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  93.82 
 
 		 518 aa  1002    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  93.82 
 
 		 518 aa  1001    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  30.02 
 
 		 518 aa  223  9e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  28.28 
 
 		 536 aa  222  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  29.67 
 
 		 521 aa  206  6e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 461 aa  201  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  27.53 
 
 		 520 aa  197  4.0000000000000005e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  27.98 
 
 		 518 aa  194  3e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  29.35 
 
 		 524 aa  189  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 614 aa  184  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  32.07 
 
 		 696 aa  179  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  28.93 
 
 		 565 aa  179  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 642 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 645 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  36.75 
 
 		 668 aa  173  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  36.75 
 
 		 671 aa  173  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  31.23 
 
 		 645 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 460 aa  171  4e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  34.34 
 
 		 677 aa  167  5e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  33.33 
 
 		 690 aa  167  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  29.68 
 
 		 451 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 653 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  27.49 
 
 		 508 aa  158  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  27.79 
 
 		 516 aa  151  3e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  28.71 
 
 		 516 aa  149  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 559 aa  146  8.000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  41.13 
 
 		 622 aa  144  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  39.5 
 
 		 355 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  30.22 
 
 		 599 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 631 aa  134  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  38.72 
 
 		 1726 aa  133  6.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  40.09 
 
 		 625 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  40.09 
 
 		 625 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  39.45 
 
 		 624 aa  131  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  41.51 
 
 		 308 aa  131  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  40.09 
 
 		 625 aa  131  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  42.5 
 
 		 308 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 342 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 382 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  40.09 
 
 		 625 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  40.55 
 
 		 610 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 461 aa  129  9.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  38.77 
 
 		 624 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 614 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1570  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 516 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 304 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.57 
 
 		 820 aa  128  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 427 aa  128  3e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  43.89 
 
 		 621 aa  128  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 388 aa  127  5e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  39.38 
 
 		 235 aa  127  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  39.38 
 
 		 275 aa  127  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 308 aa  127  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  36.82 
 
 		 1629 aa  126  9e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  40.24 
 
 		 474 aa  126  9e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  36.24 
 
 		 560 aa  126  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48220  cyclic di-GMP signal transduction protein  38.27 
 
 		 344 aa  126  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.590583  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  39.21 
 
 		 628 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 388 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 459 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 324 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  39.39 
 
 		 722 aa  124  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.4 
 
 		 772 aa  124  3e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  38.94 
 
 		 628 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  38.77 
 
 		 621 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 308 aa  124  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 628 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 536 aa  124  6e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 316 aa  123  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 438 aa  124  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.17 
 
 		 960 aa  123  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  36 
 
 		 555 aa  123  8e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 347 aa  123  8e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 487 aa  123  9e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 764 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  31.65 
 
 		 349 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  39.13 
 
 		 609 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 764 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 414 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 324 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 324 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 220 aa  122  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  37.34 
 
 		 325 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>