More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004246 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  86.68 
 
 		 521 aa  939    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  100 
 
 		 518 aa  1055    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  58.03 
 
 		 524 aa  587  1e-166  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  42.22 
 
 		 520 aa  400  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  29.42 
 
 		 530 aa  204  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  28.74 
 
 		 518 aa  201  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  28.35 
 
 		 518 aa  200  7e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  28.35 
 
 		 518 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  28.16 
 
 		 518 aa  198  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  28.16 
 
 		 518 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  28.4 
 
 		 518 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  27.59 
 
 		 518 aa  196  7e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  28.51 
 
 		 518 aa  195  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  27.98 
 
 		 518 aa  194  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  27.98 
 
 		 518 aa  194  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  28.45 
 
 		 518 aa  187  5e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  28.18 
 
 		 518 aa  187  5e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  28.6 
 
 		 518 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  27.8 
 
 		 514 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  28.28 
 
 		 518 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  26.52 
 
 		 536 aa  172  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  27.11 
 
 		 518 aa  162  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  31.12 
 
 		 614 aa  162  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  36.28 
 
 		 461 aa  157  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 451 aa  151  3e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  31.42 
 
 		 696 aa  150  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  34.05 
 
 		 671 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  30.91 
 
 		 690 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  29.21 
 
 		 642 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  32.97 
 
 		 668 aa  140  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 645 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  30.18 
 
 		 645 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  28.93 
 
 		 653 aa  136  8e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  28.34 
 
 		 677 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  34.03 
 
 		 565 aa  129  9.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  29.33 
 
 		 460 aa  124  4e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  24.68 
 
 		 508 aa  115  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 559 aa  114  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  34.95 
 
 		 624 aa  110  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.92 
 
 		 772 aa  110  7.000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 631 aa  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 650 aa  107  5e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 641 aa  106  9e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 610 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 622 aa  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 312 aa  104  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.48 
 
 		 610 aa  103  7e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  33.75 
 
 		 636 aa  103  7e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.77 
 
 		 901 aa  103  8e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  26.05 
 
 		 516 aa  103  8e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  34.76 
 
 		 391 aa  102  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  34.71 
 
 		 334 aa  102  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 624 aa  102  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  25.63 
 
 		 516 aa  101  3e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 465 aa  101  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 448 aa  101  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 448 aa  101  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 599 aa  101  4e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  26.41 
 
 		 516 aa  100  6e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 554 aa  100  6e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1270  diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 318 aa  100  7e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 314 aa  100  8e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  33.93 
 
 		 430 aa  99.8  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0267  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 1320 aa  99.8  1e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 405 aa  99.4  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  32.51 
 
 		 636 aa  99.8  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  30.77 
 
 		 498 aa  99.8  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.2 
 
 		 1262 aa  99.8  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 625 aa  99.4  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 625 aa  99.4  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 625 aa  99.4  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  33.33 
 
 		 430 aa  99  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.22 
 
 		 310 aa  98.6  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.92 
 
 		 324 aa  99  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.68 
 
 		 916 aa  99  2e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.99 
 
 		 686 aa  99  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  36.15 
 
 		 461 aa  98.6  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 764 aa  98.6  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 521 aa  98.2  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  29.78 
 
 		 614 aa  97.8  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.97 
 
 		 312 aa  97.8  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0733  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 514 aa  97.8  4e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.057951  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 280 aa  97.8  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 764 aa  97.8  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.63 
 
 		 308 aa  97.8  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  27.88 
 
 		 354 aa  97.8  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.95 
 
 		 438 aa  97.8  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  34.36 
 
 		 431 aa  97.4  5e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  30.56 
 
 		 311 aa  97.4  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 764 aa  97.4  5e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  30.2 
 
 		 621 aa  97.4  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.48 
 
 		 1078 aa  97.4  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  34.73 
 
 		 689 aa  97.4  5e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  35.37 
 
 		 430 aa  97.4  6e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  34.36 
 
 		 431 aa  97.4  6e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.57 
 
 		 305 aa  97.1  6e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  35.37 
 
 		 430 aa  97.4  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  35.37 
 
 		 430 aa  97.4  6e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  28.84 
 
 		 355 aa  97.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  30.64 
 
 		 370 aa  97.4  6e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>