More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0422 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  100 
 
 		 524 aa  1056    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  59.04 
 
 		 521 aa  625  1e-178  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  58.03 
 
 		 518 aa  604  1.0000000000000001e-171  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  40.74 
 
 		 520 aa  385  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  30.5 
 
 		 518 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  29.03 
 
 		 518 aa  205  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  28.94 
 
 		 518 aa  203  5e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  28.94 
 
 		 518 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  28.94 
 
 		 518 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  28.74 
 
 		 518 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 518 aa  201  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 518 aa  201  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  28.74 
 
 		 518 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  29.86 
 
 		 518 aa  200  5e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  29.13 
 
 		 518 aa  200  5e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  28.76 
 
 		 530 aa  200  5e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  27.36 
 
 		 514 aa  191  4e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  28.11 
 
 		 518 aa  186  7e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  31.12 
 
 		 518 aa  180  7e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  28.16 
 
 		 518 aa  177  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  28.54 
 
 		 518 aa  170  5e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  30.89 
 
 		 461 aa  156  7e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 696 aa  156  9e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  30.63 
 
 		 614 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 451 aa  154  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  24.9 
 
 		 536 aa  152  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  29.28 
 
 		 565 aa  151  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  30.5 
 
 		 690 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  29.75 
 
 		 677 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  32.31 
 
 		 671 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  31.69 
 
 		 668 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  29.91 
 
 		 645 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 642 aa  140  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 645 aa  136  8e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  29.6 
 
 		 653 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 559 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 460 aa  119  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 681 aa  114  3e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  24.29 
 
 		 508 aa  114  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 391 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  35.85 
 
 		 622 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 370 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  32.56 
 
 		 516 aa  109  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 381 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 680 aa  109  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  31.98 
 
 		 516 aa  108  3e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 650 aa  107  5e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48220  cyclic di-GMP signal transduction protein  34.44 
 
 		 344 aa  107  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.590583  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 448 aa  107  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 448 aa  107  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  36.77 
 
 		 311 aa  106  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  35.1 
 
 		 610 aa  106  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 312 aa  105  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 636 aa  105  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1270  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 318 aa  105  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 631 aa  105  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 624 aa  104  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 614 aa  104  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 464 aa  103  5e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.18 
 
 		 303 aa  103  6e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  30.73 
 
 		 312 aa  103  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 738 aa  103  7e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  34.19 
 
 		 560 aa  103  7e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 599 aa  103  7e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 459 aa  103  7e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.84 
 
 		 324 aa  103  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.73 
 
 		 312 aa  103  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  32.97 
 
 		 460 aa  102  1e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.2 
 
 		 792 aa  103  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  26.41 
 
 		 458 aa  102  1e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 461 aa  102  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1725  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  34.5 
 
 		 709 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.671328  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.62 
 
 		 772 aa  102  1e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 492 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 492 aa  102  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 311 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 311 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 311 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  36.77 
 
 		 311 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 512 aa  102  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 311 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  36.77 
 
 		 311 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 311 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.19 
 
 		 797 aa  102  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  31.3 
 
 		 483 aa  102  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 492 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.46 
 
 		 558 aa  102  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 492 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.97 
 
 		 610 aa  101  3e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  32.14 
 
 		 428 aa  101  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  37.42 
 
 		 585 aa  101  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.48 
 
 		 313 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0733  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 514 aa  101  3e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.057951  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.48 
 
 		 313 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.03 
 
 		 686 aa  101  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 492 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.84 
 
 		 326 aa  101  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.48 
 
 		 313 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  35.06 
 
 		 474 aa  101  4e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 764 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>